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Identificação de locos de interesse zootécnico na galinha doméstica

Processo: 14/08704-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de agosto de 2014 - 31 de março de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Luiz Lehmann Coutinho
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba, SP, Brasil
Pesq. associados:Ana Silvia Alves Meira Tavares Moura ; Clarissa Boschiero ; Gabriel Rodrigues Alves Margarido
Auxílios(s) vinculado(s):14/24604-5 - EMU concedido no processo 2014/08704-0: Robot Beckman Biomek FXp target PrEP Express, AP.EMU
Bolsa(s) vinculada(s):17/25119-1 - Avaliação de gene associado ao desenvolvimento muscular por meio de edição gênica (CRISPR/Cas9), BP.DR
16/20440-3 - Análise epigenética de perfil de metilação em frangos submetidos à condições de estresse no ambiente de produção, BP.PD
16/13589-0 - Validação e associação de SNPs não tolerados com características de crescimento muscular e deposição de gordura em galinhas, BP.MS
+ mais bolsas vinculadas 15/10111-0 - Detecção e caracterização de SNPs no gene LEPR por sequenciamento de nova geração em galinhas, BP.IC
15/00616-7 - Identificação e caracterização de CNVs no genoma da galinha e associação com desenvolvimento de músculo de peito, BP.DR
14/21380-9 - Estudo de associação ampla do genoma para deposição de gordura e rendimento de carcaça em galinhas, BP.DR - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Genomas  Biologia computacional  Análise de sequência de DNA  Galinhas 

Resumo

A galinha doméstica é um importante animal de produção com proteína de alto valor biológico para o consumo humano. Avanços tecnológicos têm permitido a identificação de variações genéticas de forma rápida e com custo relativamente baixo. Os chips densos de SNPs são um recurso valioso para estudos genéticos, tais como a seleção genômica e detecção de loci de características quantitativas. Além disso, com a utilização de milhares de SNPs/INDELs através de metodologias estatísticas apropriadas é possível identificar regiões que tenham sido submetidas à seleção positiva. O objetivo deste projeto é a identificação de regiões genômicas na galinha que controlam características de importância zootécnica. Para este fim realizaremos um estudo de associação global do genoma em 1.000 frangos de corte de uma população experimental com um chip denso de SNPs (600K); re-sequenciamento do genoma completo de quatro linhagens experimentais abatidas em 1999 e 2013 (corte, postura de ovos brancos com e sem seleção, postura de ovos castanhos); identificação, anotação e validação de variações genéticas por meio de Bioinformática; identificação de varreduras seletivas e a construção de um catálogo de variações genéticas para as linhagens brasileiras de galinhas que será comparado com outros bancos de dados. As informações geradas irão complementar os estudos de mapeamento de QTLs já conduzidos por nosso grupo e permitirão um avanço significativo na compreensão dos mecanismos genéticos envolvidos nos processos biológicos de interesse para a avicultura, além de contribuir para o desenvolvimento de ferramentas para a seleção genética de animais superiores e formação de recursos humanos. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Frango mais saudável, com mais carne e menos gordura 

Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MOREIRA, GABRIEL COSTA MONTEIRO; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; PERTILLE, FABIO; LEDUR, MONICA CORREA; MEIRA TAVARES MOURA, ANA SILVIA ALVES; GARRICK, DORIAN J.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Integration of genome wide association studies and whole genome sequencing provides novel insights into fat deposition in chicken. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, NOV 1 2018. Citações Web of Science: 0.
MARCHESI, J. A. P.; BUZANSKAS, M. E.; CANTAO, M. E.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. O.; JOAQUIM, L. B.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; SBARDELLA, A. P.; FIGUEIREDO, E. A. P.; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P.; LEDUR, M. C. Relationship of runs of homozygosity with adaptive and production traits in a paternal broiler line. ANIMAL, v. 12, n. 6, p. 1126-1134, JUN 2018. Citações Web of Science: 0.
MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; TREVISOLI, PRISCILA ANCHIETA; CANTAO, MAURICIO E.; LEDUR, MONICA CORREA; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; MEIRA TAVARES MOURA, ANA SILVIA ALVES; GARRICK, DORIAN; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. A genome-wide association study reveals novel genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in broiler chickens. BMC Genomics, v. 19, MAY 21 2018. Citações Web of Science: 2.
BOSCHIERO, CLARISSA; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; GHEYAS, ALMAS ARA; GODOY, THAIS FERNANDA; GASPARIN, GUSTAVO; SAMPAIO CORREA MARIANI, PILAR DRUMMOND; PADUAN, MARCELA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; LEDUR, MONICA CORREA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Genome-wide characterization of genetic variants and putative regions under selection in meat and egg-type chicken lines. BMC Genomics, v. 19, JAN 25 2018. Citações Web of Science: 3.
PERTILLE, FABIO; BRANTSAETER, MARGRETHE; NORDGREEN, JANICKE; COUTINHO, LUIZ LEHMANN; JANCZAK, ANDREW M.; JENSEN, PER; GUERRERO-BOSAGNA, CARLOS. DNA methylation profiles in red blood cells of adult hens correlate with their rearing conditions. Journal of Experimental Biology, v. 220, n. 19, p. 3579-3587, OCT 1 2017. Citações Web of Science: 4.
PERTILLE, FABIO; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; ZANELLA, RICARDO; DA SILVA NUNES, JOSE DE RIBAMAR; BOSCHIERO, CLARISSA; ROVADOSCKI, GREGORI ALBERTO; MOURAO, GERSON BARRETO; LEDUR, MONICA CORREA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Genome-wide association study for performance traits in chickens using genotype by sequencing approach. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, FEB 9 2017. Citações Web of Science: 2.
PERTILLE, FABIO; GUERRERO-BOSAGNA, CARLOS; DA SILVA, VINICIUS HENRIQUE; BOSCHIERO, CLARISSA; DA SILVA NUNES, JOSE DE RIBAMAR; LEDUR, MONICA CORREA; JENSEN, PER; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. High-throughput and Cost-effective Chicken Genotyping Using Next-Generation Sequencing. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, MAY 25 2016. Citações Web of Science: 11.

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