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Estudos de genômica e transcriptômica de patógenos virais de importância em medicina veterinária

Processo: 14/13532-3
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de setembro de 2014 - 31 de agosto de 2016
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Medicina Veterinária Preventiva
Pesquisador responsável:João Pessoa Araújo Junior
Beneficiário:João Pessoa Araújo Junior
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Pesq. associados:Alexandre Secorun Borges ; Daniel Moura de Aguiar ; Márcia Furlan Nogueira Tavares de Lima
Assunto(s):Virologia veterinária  Interações hospedeiro-patógeno  Vírus da anemia infecciosa equina  Coronavirus felino  Herpesvirus bovino 5  Vírus Zika  Circovirus  Técnicas de diagnóstico molecular  Genômica  Transcriptômica  Sequenciamento de nova geração  Expressão gênica diferencial  Análise de sequência de RNA 

Resumo

As técnicas de genômica e transcriptômica vêm se consolidando como importantes ferramentas no estudo de patógenos e da interação dos mesmos com seus hospedeiros. A linha de pesquisa desenvolvida no Laboratório de Virologia e Diagnóstico Molecular, sempre se focou no desenvolvimento, aplicação e melhorias das técnicas sorológicas e de biologia molecular aplicadas ao estudo de importantes patógenos em Medicina Veterinária. Atualmente já estamos aplicando ferramentas de sequenciamento de nova geração, denominados "NGS" em projetos de doutorado e de pesquisa em colaboração. Essa ferramenta é muito adequada para estudos de genômica pelo fato de ter o poder de sequenciar genomas inteiros dos patógenos. Nesse aspecto a aplicação dessa técnica no estudo da Anemia Infecciosa Equina (AIE) é de fundamental importância. Não temos estudos no Brasil onde se realizou o sequenciamento completo desse genoma. As técnicas de biologia molecular (PCR do DNA pro-viral ou RT-PCR) são necessárias para confirmação de infecção em diferentes situações e sem o conhecimento da diversidade genética desses vírus no Brasil a aplicação das mesmas é muito difícil. Fato que muitos primer já descritos na literatura não se aplicam a nossa realidade. Assim nos associamos com pesquisadores da Emprapa pantanal (que providenciará amostras do pantanal sul) e da UFMT (que providenciará amostras do pantanal norte). Esses pesquisadores já colaboram em projeto de controle da AIE financiado pela própria Embrapa. No que se refere à aplicação da transcriptômica no estudo da expressão gênica diferencial, conhecida como RNA Seq, vimos que muito poderíamos contribuir no estudo, patogenia de infecções importantes que ainda ha muito a se conhecer. Assim, desenvolvemos os outros três subprojetos para darmos continuidade a estudos que já realizamos em nosso laboratório. Assim, vamos utilizar essa ferramenta para análises de expressão diferencial associadas ao herpesvírus bovino 5, onde temos a colaboração do Prof. Alexandre Secorun Borges e na continuidade dos estudos com o coronavírus felino (FeCoV), responsável pela peritonite infecciosa felina. Ainda nesse projeto com FeCoV iremos dar continuidade a projeto de validação de ELISA para quantificação de anticorpos contra esse vírus bolsa de doutorado recentemente aprovada (FAPESP14/02994-6). Em relação ao vírus que já estudamos desde 2002, o circovírus suíno 2 (PCV2), agora que nossos estudos estão rendendo publicações importantes e nosso trabalhos renderam a obtenção de uma célula persistentemente infectada. Esse fato é inédito no mundo e por essa razão resolvemos envidar esforços para estudar melhor esse fenômeno que pode trazer importantes contribuições no entendimento da patogenia dessa infecção. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MALOSSI, CAMILA DANTAS; FIORATTI, EDUARDO GORZONI; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; MAGRO, ANGELO JOSE; KROON, ERNA GEESSIEN; AGUIAR, DANIEL MOURA DE; BORGES, ALICE MAMEDE COSTA MARQUE; NOGUEIRA, MARCIA FURLAN; ULLMANN, LEILA SABRINA; ARAUJO, JR., JOAO PESSOA. High Genomic Variability in Equine Infectious Anemia Virus Obtained from Naturally Infected Horses in Pantanal, Brazil: An Endemic Region Case. Viruses-Basel, v. 12, n. 2 FEB 2020. Citações Web of Science: 1.
TANIWAKI, SUELI A.; ARAUJO JR, JOAO P.; BRANDAO, PAULO E. First Nearly Complete Genome Sequence of Feline immunodeficiency virus from Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 39 SEP 2017. Citações Web of Science: 0.
ULLMANN, LEILA SABRINA; TOZATO, CLAUDIA DE CAMARGO; MALOSSI, CAMILA DANTAS; DA CRUZ, TAIS FUKUTA; CAVALCANTE, RAISSA VASCONCELOS; KURISSIO, JACQUELINE KAZUE; CAGNINI, DIDIER QUEVEDO; RODRIGUES, MARIANNA VAZ; BIONDO, ALEXANDER WELKER; ARAUJO, JR., JOAO PESSOA. Comparative clinical sample preparation of DNA and RNA viral nucleic acids for a commercial deep sequencing system (Illumina MiSeq (R)). Journal of Virological Methods, v. 220, p. 60-63, AUG 2015. Citações Web of Science: 9.

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