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Estudos de genômica e transcriptômica de patógenos virais de importância em medicina veterinária

Resumo

As técnicas de genômica e transcriptômica vêm se consolidando como importantes ferramentas no estudo de patógenos e da interação dos mesmos com seus hospedeiros. A linha de pesquisa desenvolvida no Laboratório de Virologia e Diagnóstico Molecular, sempre se focou no desenvolvimento, aplicação e melhorias das técnicas sorológicas e de biologia molecular aplicadas ao estudo de importantes patógenos em Medicina Veterinária. Atualmente já estamos aplicando ferramentas de sequenciamento de nova geração, denominados "NGS" em projetos de doutorado e de pesquisa em colaboração. Essa ferramenta é muito adequada para estudos de genômica pelo fato de ter o poder de sequenciar genomas inteiros dos patógenos. Nesse aspecto a aplicação dessa técnica no estudo da Anemia Infecciosa Equina (AIE) é de fundamental importância. Não temos estudos no Brasil onde se realizou o sequenciamento completo desse genoma. As técnicas de biologia molecular (PCR do DNA pro-viral ou RT-PCR) são necessárias para confirmação de infecção em diferentes situações e sem o conhecimento da diversidade genética desses vírus no Brasil a aplicação das mesmas é muito difícil. Fato que muitos primer já descritos na literatura não se aplicam a nossa realidade. Assim nos associamos com pesquisadores da Emprapa pantanal (que providenciará amostras do pantanal sul) e da UFMT (que providenciará amostras do pantanal norte). Esses pesquisadores já colaboram em projeto de controle da AIE financiado pela própria Embrapa. No que se refere à aplicação da transcriptômica no estudo da expressão gênica diferencial, conhecida como RNA Seq, vimos que muito poderíamos contribuir no estudo, patogenia de infecções importantes que ainda ha muito a se conhecer. Assim, desenvolvemos os outros três subprojetos para darmos continuidade a estudos que já realizamos em nosso laboratório. Assim, vamos utilizar essa ferramenta para análises de expressão diferencial associadas ao herpesvírus bovino 5, onde temos a colaboração do Prof. Alexandre Secorun Borges e na continuidade dos estudos com o coronavírus felino (FeCoV), responsável pela peritonite infecciosa felina. Ainda nesse projeto com FeCoV iremos dar continuidade a projeto de validação de ELISA para quantificação de anticorpos contra esse vírus bolsa de doutorado recentemente aprovada (FAPESP14/02994-6). Em relação ao vírus que já estudamos desde 2002, o circovírus suíno 2 (PCV2), agora que nossos estudos estão rendendo publicações importantes e nosso trabalhos renderam a obtenção de uma célula persistentemente infectada. Esse fato é inédito no mundo e por essa razão resolvemos envidar esforços para estudar melhor esse fenômeno que pode trazer importantes contribuições no entendimento da patogenia dessa infecção. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MALOSSI, CAMILA DANTAS; FIORATTI, EDUARDO GORZONI; CARDOSO, JEDSON FERREIRA; MAGRO, ANGELO JOSE; KROON, ERNA GEESSIEN; AGUIAR, DANIEL MOURA DE; BORGES, ALICE MAMEDE COSTA MARQUE; NOGUEIRA, MARCIA FURLAN; ULLMANN, LEILA SABRINA; ARAUJO, JR., JOAO PESSOA. High Genomic Variability in Equine Infectious Anemia Virus Obtained from Naturally Infected Horses in Pantanal, Brazil: An Endemic Region Case. Viruses-Basel, v. 12, n. 2 FEB 2020. Citações Web of Science: 1.
TANIWAKI, SUELI A.; ARAUJO JR, JOAO P.; BRANDAO, PAULO E. First Nearly Complete Genome Sequence of Feline immunodeficiency virus from Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 39 SEP 2017. Citações Web of Science: 0.
ULLMANN, LEILA SABRINA; TOZATO, CLAUDIA DE CAMARGO; MALOSSI, CAMILA DANTAS; DA CRUZ, TAIS FUKUTA; CAVALCANTE, RAISSA VASCONCELOS; KURISSIO, JACQUELINE KAZUE; CAGNINI, DIDIER QUEVEDO; RODRIGUES, MARIANNA VAZ; BIONDO, ALEXANDER WELKER; ARAUJO, JR., JOAO PESSOA. Comparative clinical sample preparation of DNA and RNA viral nucleic acids for a commercial deep sequencing system (Illumina MiSeq (R)). Journal of Virological Methods, v. 220, p. 60-63, AUG 2015. Citações Web of Science: 9.

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