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Estendendo as fronteiras em interações biomoleculares: docking e avaliação da energia livre

Processo: 14/06565-2
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de novembro de 2014 - 31 de outubro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Alessandro Silva Nascimento
Beneficiário:Alessandro Silva Nascimento
Instituição-sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Simulação de acoplamento molecular  Receptores citoplasmáticos e nucleares  Elementos estruturais de proteínas 

Resumo

Estima-se em 3051 o número de genes presentes no genoma humano cuja função é passível de regulação por agentes externos (druggable genome). No entanto, apenas 266 proteínas são atualmente empregadas para regulação farmacológica. Com os rápidos avanços da biologia estrutural torna-se cada vez mais atraente o uso da informação estrutural disponível para a proposição de novas 'sondas químicas' com vistas à modulação de funções biológicas. Dois desafios neste contexto são a seleção de compostos capazes de interagir com uma macromolécula biológica e a avaliação da afinidade deste complexo receptor-ligante. Neste projeto propomos o desenvolvimento de uma ferramenta computacional que combina estratégias baseadas na estrutura do receptor com aquelas baseadas na estrutura de um ligante bioativo conhecido para a proposição de novas moléculas candidatas a ligante. A mesma ferramenta é empregada para a geração de ensembles visando a avaliação da energia livre de interação. Aplicaremos este modelo em um sistema modelo (lisozima do fago T4), bem como em receptores nucleares envolvidos na regulação do metabolismo humano. (AU)

Publicações científicas (8)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SONODA, MILTON T.; GODOY, ANDRE S.; PELLEGRINI, VANESSA O. A.; KADOWAKI, MARCO A. S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Structure and dynamics of Trichoderma harzianum Cel7B suggest molecular architecture adaptations required for a wide spectrum of activities on plant cell wall polysaccharides. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, v. 1863, n. 6, p. 1015-1026, JUN 2019. Citações Web of Science: 0.
FARRO, ERICK GIANCARLO S.; LEITE, ANA ELISA T.; SILVA, ISABELA A.; FILGUEIRAS, JEFFERSON G.; DE AZEVEDO, EDUARDO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S. GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. International Journal of Biological Macromolecules, v. 117, p. 7-16, OCT 1 2018. Citações Web of Science: 1.
FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MANZINE, LIVIA R.; CAMILO, CESAR M.; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S. Structural and biochemical characterization of a GH3 beta-glucosidase from the probiotic bacteria Bifidobacterium adolescentis. Biochimie, v. 148, p. 107-115, MAY 2018. Citações Web of Science: 3.
MUNIZ, HELOISA S.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S. Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking. PLoS One, v. 12, n. 3 MAR 21 2017. Citações Web of Science: 1.
FLORINDO, RENATA N.; SOUZA, VALQUIRIA P.; MUTTI, HEMILY S.; CAMILO, CESAR; MANZINE, LIVIA REGINA; MARANA, SANDRO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S. Structural insights into beta-glucosidase transglycosylation based on biochemical, structural and computational analysis of two GH1 enzymes from Trichoderma harzianum. NEW BIOTECHNOLOGY, v. 40, n. B, p. 218-227, JAN 25 2017. Citações Web of Science: 8.
GODOY, ANDRE SCHUTZER; CAMILO, CESAR MOISES; KADOWAKI, MARCO ANTONIO; MUNIZ, HELOISA DOS S.; SANTO, MELISSA ESPIRITO; MURAKAMI, MARIO TYAGO; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; POLIKARPOV, IGOR. Crystal structure of beta 1 -> 6-galactosidase from Bifidobacterium bifidum S17: trimeric architecture, molecular determinants of the enzymatic activity and its inhibition by alpha-galactose. FEBS Journal, v. 283, n. 22, p. 4097-4112, NOV 2016. Citações Web of Science: 6.
MUNIZ, HELOISA DOS SANTOS; NASCIMENTO, ALESSANDRO S. Ligand- and receptor-based docking with LiBELa. Journal of Computer-Aided Molecular Design, v. 29, n. 8, p. 713-723, AUG 2015. Citações Web of Science: 4.
MALTAROLLO, VINICIUS G.; TOGASHI, MARIE; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.; HONORIO, KATHIA M. Structure-Based Virtual Screening and Discovery of New PPAR delta/gamma Dual Agonist and PPAR delta and gamma Agonists. PLoS One, v. 10, n. 3 MAR 13 2015. Citações Web of Science: 14.

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