Estendendo as fronteiras em interações biomoleculares: docking e avaliação da energia livre

• Processo: 14/06565-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Alessandro Silva Nascimento
• Beneficiário: Alessandro Silva Nascimento
• Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de acoplamento molecular Receptores citoplasmáticos e nucleares Elementos estruturais de proteínas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: docking molecular | Energia Livre | estrutura e função de proteínas | interação molecular | Receptores nucleares | Receptor-Ligante | Biologia Estrutural

Resumo

Estima-se em 3051 o número de genes presentes no genoma humano cuja função é passível de regulação por agentes externos (druggable genome). No entanto, apenas 266 proteínas são atualmente empregadas para regulação farmacológica. Com os rápidos avanços da biologia estrutural torna-se cada vez mais atraente o uso da informação estrutural disponível para a proposição de novas 'sondas químicas' com vistas à modulação de funções biológicas. Dois desafios neste contexto são a seleção de compostos capazes de interagir com uma macromolécula biológica e a avaliação da afinidade deste complexo receptor-ligante. Neste projeto propomos o desenvolvimento de uma ferramenta computacional que combina estratégias baseadas na estrutura do receptor com aquelas baseadas na estrutura de um ligante bioativo conhecido para a proposição de novas moléculas candidatas a ligante. A mesma ferramenta é empregada para a geração de ensembles visando a avaliação da energia livre de interação. Aplicaremos este modelo em um sistema modelo (lisozima do fago T4), bem como em receptores nucleares envolvidos na regulação do metabolismo humano. (AU)

Publicações científicas

(12)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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