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Genômica aplicada à produção de ruminantes

Processo: 14/07566-2
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de março de 2015 - 30 de novembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:José Bento Sterman Ferraz
Beneficiário:José Bento Sterman Ferraz
Instituição-sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
Pesq. associados:Felipe Perecin ; Fernando Sebastián Baldi Rey ; Flávio Vieira Meirelles ; Heidge Fukumasu ; Joanir Pereira Eler ; Luiz Lehmann Coutinho ; Marcelo Beltrão Molento ; Rachel Santos Bueno Carvalho ; Ricardo Vieira Ventura
Bolsa(s) vinculada(s):17/21573-0 - Avaliação genômica em bovinos compostos da raça Montana utilizando dados reais e simulados, aplicando o método do passo único genômico BLUP, BP.DR
18/13902-6 - Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS) aplicada à produção de embriões in vitro em bovinos da raça Nelore, BP.IC
18/06725-0 - Validação de CNV (variação do número de cópias de regiões genômicas) por qPCR, BP.IC
+ mais bolsas vinculadas 18/06728-0 - Gerenciamento de bancos de dados genômicos, BP.IC
18/04923-0 - Genômica aplicada à produção de ruminantes, BP.TT
17/10493-5 - Estudo de associação genômica em resistência à parasitas gastrointestinais em ovinos Santa Inês utilizando SNPs e CNVs, BP.PD
17/10103-2 - Efeitos da endogamia sobre a uniformidade de progênie de touros Nelore, BP.MS
16/11585-8 - Análise de polimorfismos funcionais associados a eficiência alimentar em bovinos Nelore, BP.IC
15/22276-3 - Abordagem de biologia de sistemas para a determinação de mecanismos moleculares associados à eficiência alimentar de bovinos Nelore, BP.DR
15/01059-4 - Análise metabolômica sérica associada à eficiência alimentar em bovinos Nelore, BP.MS - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Reprodução animal  Bovinos  Gado Nelore  Bos taurus indicus  Eficiência alimentar  Biologia de sistemas  Qualidade da carne  Genômica  Análise de sequência de DNA  RNA mensageiro  Análise de sequência de RNA 

Resumo

A pecuária de corte é um dos principais destaques do agronegócio nacional, e tem grande importância no mercado mundial, pois o Brasil possui um dos maiores rebanhos de bovinos do mundo, com mais de 200 milhões de cabeças. Esse rebanho é composto, predominantemente por animais de origem Bos indicus, sendo que a raça Nelore e seus cruzamentos compõe aproximadamente 90% do total. Os dados efetivos de produção de carne bovina em 2012 indicam que 16,5% foram exportadas e a maior parte da produção (83,5%) abasteceu o mercado interno. (Foram retirados os dados informativos do rebanho de Ovinos). Devido à importância, interesse econômico e aumento da produção de alimentos, melhorias são necessárias para maior eficiência de produção, como, por exemplo, a seleção de animais geneticamente superiores e resistentes ao ambiente adverso dos trópicos. O uso de painéis contendo centenas de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP - Single Nucleotide Polymorphisms) tem possibilitado aos programas de melhoramento genético animal traçar estratégias para identificação de genes ou regiões genômicas responsáveis pelas características de interesse, tornando mais eficiente o processo de seleção. A metodologia de Genome-wide Association Study (GWAS) compara os resultados dos painéis de alta densidade disponíveis em indivíduos não relacionados, que possuam uma condição fenotípica de interesse, para identificar marcadores associados a tal fenótipo, e pode apontar regiões de interesse no genoma que possam influenciar em características quantitativas. O objetivo deste projeto é realizar um estudo de genética de sistemas, abordando análises de associação genômica, desequilíbrio de ligação, variações do número de cópias de regiões genômicas (CNVs) e enriquecimento funcional em medidas de crescimento, reprodução, qualidade de carne e eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore (Foram retirados os objetivos dos estudos de Ovinos). Adicionalmente, realizar um estudo de expressão gênica global (sequenciamento do RNA mensageiro total - RNA-Seq) e dos mecanismos epigenéticos de controle da expressão da eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore. Com o expertise gerado, as metodologias poderão, ainda dentro da abrangência deste projeto temático, ser aplicadas a outras espécies animais. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Baixa eficiência alimentar em nelores está associada a inflamações no fígado 

Publicações científicas (21)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE ALMEIDA SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; GEBIM POLIZEL, GUILHERME HENRIQUE; GRIGOLETTO, LAIS; FERNANDES, ARICIA CHRISTOFARO; BONIN, MARINA DE NADAI; GOMES, RODRIGO DA COSTA; CARVALHO, MINOS ESPERANDIO; DA LUZ E SILVA, SAULO; LEME, PAULO ROBERTO; ROSSI JUNIOR, PAULO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO. The genetic and genomic effects of Nellore lineages on feed efficiency, intake and performance. LIVESTOCK SCIENCE, v. 228, p. 104-108, OCT 2019. Citações Web of Science: 0.
PERIPOLLI, ELISA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; AMORIM, SABRINA THAISE; ANTUNES DE LEMOS, MARCOS VINICIUS; GRIGOLETTO, LAIS; KLUSKA, SABRINA; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; ELER, JOANIR PEREIRA; MATTOS, ELISANGELA CHICARONI; BALDI, FERNANDO. Genome-wide scan for runs of homozygosity in the composite Montana Tropical (R) beef cattle. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, AUG 2019. Citações Web of Science: 0.
BERTON, MARIANA P.; SILVA, ROSIANE P.; CARVALHO, FELIPE E.; JUSTINO CHIAIA, HERMENEGILDO LUCAS; OLIVEIRA, PRISCILA S.; ELER, JOANIR P.; BANCHERO, GEORGGET; FERRAZ, JOSE B. S.; BALDI, FERNANDO. Genetic parameter estimates for gastrointestinal nematode parasite resistance and maternal efficiency indicator traits in Santa Ines breed. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, JULY 2019. Citações Web of Science: 0.
FONSECA, LEYDIANA D.; ELER, JOANIR P.; PEREIRA, MIKAELE A.; ROSA, ALESSANDRA F.; ALEXANDRE, PAMELA A.; MONCAU, CRISTINA T.; SALVATO, FERNANDA; ROSA-FERNANDES, LIVIA; PALMISANO, GIUSEPPE; FERRAZ, JOSE B. S.; FUKUMASU, HEIDGE. Liver proteomics unravel the metabolic pathways related to Feed Efficiency in beef cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, MAR 29 2019. Citações Web of Science: 0.
ALEXANDRE, PAMELA A.; NAVAL-SANCHEZ, MARINA; PORTO-NETO, LAERCIO R.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; REVERTER, ANTONIO; FUKUMASU, HEIDGE. Systems Biology Reveals NR2F6 and TGFB1 as Key Regulators of Feed Efficiency in Beef Cattle. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, MAR 22 2019. Citações Web of Science: 0.
CARVALHO, M. E.; BALDI, F. S.; ALEXANDRE, P. A.; SANTANA, M. H. A.; VENTURA, R. V.; BUENO, R. S.; BONIN, M. N.; REZENDE, F. M.; COUTINHO, L. L.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S. Genomic regions and genes associated with carcass quality in Nelore cattle. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 1 FEB 26 2019. Citações Web of Science: 0.
BUSSIMAN, F. O.; DOS SANTOS, B. A.; ABREU SILVA, B. C.; PEREZ, B. C.; PEREIRA, G. L.; CHARDULO, L. A. L.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S.; MATTOS, E. C.; CURI, R. A.; BALIEIRO, J. C. C. Allelic and genotypic frequencies of the DMRT3 gene in the Brazilian horse breed Mangalarga Marchador and their association with types of gait. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 1 FEB 25 2019. Citações Web of Science: 0.
NOVAIS, FRANCISCO JOSE; LISBOA PIRES, PEDRO RATTO; ALEXANDRE, PAMELA ALMEIDA; DROMMS, ROBERT A.; IGLESIAS, AMADEU HOSHI; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; STYCZYNSKI, MARK PHILIP-WALTER; FUKUMASU, HEIDGE. Identification of a metabolomic signature associated with feed efficiency in beef cattle. BMC Genomics, v. 20, JAN 7 2019. Citações Web of Science: 3.
AMORIM, SABRINA THAISE; KLUSKA, SABRINA; BERTON, MARIANA PIATTO; ANTUNES DE LEMOS, MARCOS VINICIUS; PERIPOLLI, ELISA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; MARTIN, JESUS FERNANDEZ; SAURA ALVAREZ, MARIA; VILLANUEVA GAVINA, BEATRIZ; ANGEL TORO, MIGUEL; BANCHERO, GEORGGET; OLIVEIRA, PRISCILA SILVA; GRIGOLETTO, LAIS; ELER, JOANIR PEREIRA; BALDI, FERNANDO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO. Genomic study for maternal related traits in Santa Ines sheep breed. LIVESTOCK SCIENCE, v. 217, p. 76-84, NOV 2018. Citações Web of Science: 1.
GEBIM POLIZEL, GUILHERME HENRIQUE; GRIGOLETTO, LAIS; CARVALHO, MINOS ESPERANDIO; ROSSI JUNIOR, PAULO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; DE ALMEIDA SANTANA, MIGUEL HENRIQUE. Genetic correlations and heritability estimates for dry matter intake, weight gain and feed efficiency of Nellore cattle in feedlot. LIVESTOCK SCIENCE, v. 214, p. 209-210, AUG 2018. Citações Web of Science: 3.
OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; PEREZ, B. C.; COLE, J. B.; SANTANA, M. H. A.; SILVEIRA, J.; MAZZONI, G.; VENTURA, R. V.; SANTANA JUNIOR, M. L.; KADARMIDEEN, H. N.; GARRICK, D. J.; FERRAZ, J. B. S. Genomic study and Medical Subject Headings enrichment analysis of early pregnancy rate and antral follicle numbers in Nelore heifers. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 95, n. 11, p. 4796-4812, NOV 2017. Citações Web of Science: 6.
BERTON, MARIANA PIATTO; DE OLIVEIRA SILVA, RAFAEL MEDEIROS; PERIPOLLI, ELISA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; MARTIN, JESUS FERNANDEZ; ALVAREZ, MARIA SAURA; GAVINA, BEATRIZ VILLANUEVA; TORO, MIGUEL ANGEL; BANCHERO, GEORGGET; OLIVEIRA, PRISCILA SILVA; ELER, JOANIR PEREIRA; BALDI, FERNANDO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO. Genomic regions and pathways associated with gastrointestinal parasites resistance in Santa Ines breed adapted to tropical climate. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, SEP 4 2017. Citações Web of Science: 9.
MACEDO MOTA, LUCIO FLAVIO; BONAFE, CRISTINA MOREIRA; ALEXANDRE, PAMELA ALMEIDA; SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; NOVAIS, FRANCISCO JOSE; TORIYAMA, ERIKA; PIRES, ALDRIN VIEIRA; SILVA, SAULO DA LUZ; LEME, PAULO ROBERTO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; FUKUMASU, HEIDGE. Circulating leptin and its muscle gene expression in Nellore cattle with divergent feed efficiency. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, SEP 1 2017. Citações Web of Science: 2.
FREUA, MATEUS CASTELANI; DE ALMEIDA SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; VENTURA, RICARDO VIEIRA; TEDESCHI, LUIS ORLINDO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO. Using a system of differential equations that models cattle growth to uncover the genetic basis of complex traits. JOURNAL OF APPLIED GENETICS, v. 58, n. 3, p. 393-400, AUG 2017. Citações Web of Science: 1.
MAZZONI, GIANLUCA; PEDERSEN, HANNE S.; DE OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; ALEXANDRE, PAMELA; RAZZA, EDUARDO M.; CALLESEN, HENRIK; HYTTEL, POUL; NOGUEIRA, MARCELO F. G.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; KADARMIDEEN, HAJA N. Application of integrative genomics and systems biology to conventional and in vitro reproductive traits in cattle. ANIMAL REPRODUCTION, v. 14, n. 3, p. 507-513, JUL-SEP 2017. Citações Web of Science: 2.
BRUNA FOLEGATTI SANTANA; RICARDO DA FONSECA; MATOS MANUEL; GERARDO CORNELIO MAMANI MAMANI; JOANIR PEREIRA ELER; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ. Viabilidade do uso de características “dias para um peso específico” em programas de melhoramento genético de bovinos da raça Nelore. Rev. bras. saúde prod. anim., v. 18, n. 2, p. 260-268, Jun. 2017.
GRIGOLETTO, L.; PEREZ, B. C.; SANTANA, M. H. A.; BALDI, F.; FERRAZ, J. B. S. Genetic contribution of cytoplasmic lineage effect on feed efficiency in Nellore cattle. LIVESTOCK SCIENCE, v. 198, p. 52-57, APR 2017. Citações Web of Science: 2.
FREUA, MATEUS CASTELANI; DE ALMEIDA SANTANA, MIGUEL HENRIQUE; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO. A new approach for applied nutritional models: Computing parameters of dynamic mechanistic growth models using genorne-wide prediction. LIVESTOCK SCIENCE, v. 190, p. 131-135, AUG 2016. Citações Web of Science: 1.
GRIGOLETTO, L.; MATTOS, E. C.; SANTANA, M. H. A.; BALDI, F.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S. Inclusion of cytoplasmic lineage effect and direct-maternal genetic covariance for genetic evaluation of growth traits in Nellore cattle. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 3 2016. Citações Web of Science: 0.
SANTANA, M. H. A.; FREUA, M. C.; DO, D. N.; VENTURA, R. V.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S. Systems genetics and genome-wide association approaches for analysis of feed intake, feed efficiency, and performance in beef cattle. Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4 2016. Citações Web of Science: 3.
ALEXANDRE, PAMELA A.; KOGELMAN, LISETTE J. A.; SANTANA, MIGUEL H. A.; PASSARELLI, DANIELLE; PULZ, LIDIA H.; FANTINATO-NETO, PAULO; SILVA, PAULO L.; LEME, PAULO R.; STREFEZZI, RICARDO F.; COUTINHO, LUIZ L.; FERRAZ, JOSE B. S.; ELER, JOANIE P.; KADARMIDEEN, HAJA N.; FUKUMASU, HEIDGE. Liver transcriptomic networks reveal main biological processes associated with feed efficiency in beef cattle. BMC Genomics, v. 16, DEC 18 2015. Citações Web of Science: 44.

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