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Elementos de transposição e seu impacto no genoma de bactérias e plantas

Processo: 04/02851-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de agosto de 2004 - 30 de abril de 2009
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Marie-Anne van Sluys
Beneficiário:Marie-Anne van Sluys
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):08/51638-7 - Genômica comparativa de enzimas de degradação da parede celular vegetal em Xanthomonas, Xylella e Stenotrophomonas, BP.MS
08/03697-4 - Análise da região promotora do elemento retrosol, BP.IC
08/03862-5 - Gate: elementos de transposição e seu impacto no genoma de bactérias e plantas, BP.TT
+ mais bolsas vinculadas 06/61559-1 - Elementos de transposição e seu impacto no genoma de bactérias e plantas, BP.TT
06/53763-8 - Obtenção e caracterização de sequências genômicas correspondentes a transposons Mutator de cana-de-açúcar, BP.IC
05/58770-0 - O sistema mutator em cana-de-açúcar: uma análise comparativa com arroz, BP.DD
05/57923-7 - Estudo doperfil transcricional do retrotransposon retrolyc 1 em mutantes de tomate Micro-Tom e em suspensão ceular de fumo, BP.MS
05/51172-0 - Expressão do retrotransposon retrolyc1a em Nicotiana tabacum submetido a condições de estresse abiótico, BP.IC
04/15129-0 - Análise genômica macro comparativa entre Leifsonia xyli subs. cynodontis e Leifsonia xyli subsp. xyli, BP.DD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Bactérias  Genomas  Plantas  Xylella fastidiosa 
Publicação FAPESP:http://www.fapesp.br/tematicos/bio_sluys.pdf

Resumo

Elementos de transposição são sequências genéticas móveis responsáveis em parte por, gerar variabilidade genética. Variabilidade esta gerada como consequência da capacidade intrínseca de mudar de lugar nos genomas em que se encontram associados. Este projeto pretende analisar o impacto destes elementos em genomas de plantas e em bactérias. A abordagem experimental será diversificada uma vez que elementos distintos e com conhecimento inerente heterogêneo são a base deste projeto. Em plantas, daremos continuidade aos trabalhos iniciados pelo grupo quando do isolamento e caracterização do retrotransposon Retrolycl e o estudo estará centrado no controle da expressão do elemento em nível transcricional. Ainda no contexto de Solanaceae, iniciaremos uma busca por retroelementos em plantas silvestres e cultivadas de Solanum dando ênfase ao estudo do polimorfismo de inserção associado à ploidia e domesticação das espécies selecionadas. A partir do projeto SUCEST foram identificadas 21 famílias de elementos de transposição presentes e expressos no genoma de cana de açúcar. Pretendemos aprofundar os estudos em quatro destas famílias sendo elas a família dos transposons do tipo Mu e hAT, assim como dos retroelementos Tntl e Hopscotch. De um lado, será avaliada a atividade de transposição destes elementos e também a contribuição dos progenitores em elementos de transposição na constituição do genoma híbrido de cana de açúcar. A função integrase é uma atividade protéica associada ao corte da cadeia fosfodiéster da molécula de DNA e é comum as transposases, recombinases, resolvases e integrases, sendo que o que as diferencia é o modo em que o corte é efetivamente gerado na molécula. Neste contexto a ampliação dos estudos do grupo para incluir integrases presentes nos genomas bacterianos tem como objetivo a comparação do conteúdo em integrases e das regiões associadas de quatro linhagens de Xylella fastidiosa. A avaliação da contribuição genética de cada uma das regiões associadas às integrases será realizada in silico e armazenada em um banco de dados desenvolvido para este fim. Com o desenvolvimento deste projeto acreditamos que haverá contribuição efetiva no conhecimento da diversificação dos elementos e do impacto destes, sobre a estabilidade e diferenciação dos genomas de organismos filogeneticamente próximos. (AU)

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE SETTA, NATHALIA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; CAPY, PIERRE; APARECIDA CARARETO, CLAUDIA MARCIA. Copia Retrotransposon in the Zaprionus Genus: Another Case of Transposable Element Sharing with the Drosophila melanogaster Subgroup. Journal of Molecular Evolution, v. 72, n. 3, p. 326-338, MAR 2011. Citações Web of Science: 4.
DE SETTA, NATHALIA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; CAPY, PIERRE; CARARETO, CLAUDIA M. A. Multiple invasions of Gypsy and Micropia retroelements in genus Zaprionus and melanogaster subgroup of the genus Drosophila. BMC Evolutionary Biology, v. 9, DEC 2 2009. Citações Web of Science: 11.
MENOSSI, M.; SILVA-FILHO, M. C.; VINCENTZ, M.; VAN-SLUYS, M.-A.; SOUZA, G. M. Sugarcane functional genomics: gene discovery for agronomic trait development. International Journal of Plant Genomics, v. 2008, 2008.
ZERILLO, MARCELO M.; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; CAMARGO, LUIS EDUARDO A.; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA B. Characterization of new IS elements and studies of their dispersion in two subspecies of Leifsonia xyli. BMC Microbiology, v. 8, 2008. Citações Web of Science: 8.

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