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Estudos estruturais de proteínas usando luz síncrotron

Processo: 99/03387-4
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Temático
Vigência: 01 de outubro de 1999 - 30 de setembro de 2005
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Igor Polikarpov
Beneficiário:Igor Polikarpov
Instituição-sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Pesquisadores principais:Jörg Kobarg
Bolsa(s) vinculada(s):05/53931-5 - Dinâmica molecular dos mecanismos de dissociação do hormônio estrógeno de seu receptor nuclear, BP.PD
05/53853-4 - Estudos de oligomerização de receptores nucleares através da técnica de Espalhamento de Raios-X a Baixo Ângulo (SAXS), BP.IC
05/51352-8 - Estudos estruturais de proteínas usando luz síncrotron, BP.TT
+ mais bolsas vinculadas 04/12198-0 - Estudos estruturais da proteína tirosina fosfatase n de ratos, BP.MS
04/12201-1 - Resolução estrutural da protease de HIV-1 do subtipo C selvagem, BP.MS
04/08070-9 - Estudos estruturais do receptor de mineralocorticóide humano, BP.DD
04/11890-8 - Estudos estruturais e cinéticos de proteases de subtipos brasileiros de HIV-1 e seus complexos com inibidores, BP.PD
03/07416-6 - Proteínas co-repressoras e co-ativadoras dos receptores dos hormônios tireoidianos e suas interações com estes receptores: estudos estruturais, BP.DD
03/08110-8 - Estudos estruturais do receptor de andrógeno e suas interações com ligantes, BP.DD
03/09462-5 - Estudos estruturais e funcionais dos receptores nucleares dos hormônios tireoideanos: em busca de novos ligantes, BP.DD
03/09461-9 - Produção heteróloga de proteases de HIV de subtipos brasileiros para estudos cristalográficos e enzimáticos, BP.IC
03/12288-7 - Estudos de ativação in vivo de receptores nucleares tr na presença de extratos de plantas brasileiras, BP.IC
02/14041-6 - Estudos estruturais das interações dos receptores dos hormônios tireoideanos com os seus elementos responsivos do DNA, BP.DD
02/13577-0 - Estudos cristalográficos de receptores de hormônios tireoideanos e suas interações com ligantes, BP.PD
02/08751-0 - Estudos estruturais de proteínas usando luz síncrotron, BP.TT
02/02861-9 - Estudos estruturais de proteínas usando luz síncrotron, BP.TT
02/02503-5 - Estudos de dimerização dos recptores dos hormônios tireiodianos, BP.IC
01/07014-0 - Estudos estruturais de carbohidrases de fungos, BP.DD
01/01580-3 - Refinamento e análises estrutural do domínio C-terminal da proteína "E2" do "papillomavirus" bovino, BP.IC
00/08940-2 - Cristalografia de proteínas com luz síncrotron, BP.TT
00/02093-6 - Estudos estruturais de hexoquinase de Saccharomyces cerevisiae, BP.PD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Cristalografia de proteínas  Difração por raios X  Macromolécula  Radiação síncrotron 

Resumo

Até o presente momento a cristalografia macromolecular é o método mais poderoso e também o mais utilizado para a solução de estrutura tridimensional de proteínas e ácidos nucleicos com resolução atômica ou quase atômica. Estas estruturas tridimensionais estão contribuindo na compreensão de vários processos presentes nas células vivas, tais como catalização enzimática, resposta imunológica, infeção viral, divisão celular, transferência de informação genética, entre outros. Além disso, o conhecimento das estruturas das proteínas é essencial para o desenho de novas drogas e modificações de proteínas através da engenharia genética. O Brasil é único país do Hemisfério sul que possui síncrotron com linha de luz dedicada a cristalografia de proteínas. A linha de luz que começou a funcionar cerca de um ano e meio atrás, apresenta o fluxo de raios-X bastante elevado e já serviu para realização de mais de 60 diferentes projetos cristalográficos do Brasil e de outros países como Argentina, México, Rússia, Alemanha, Austrália e Estados Unidos. O interesse principal deste projeto é o desenvolvimento de métodos e equipamentos específicos ao estudo de cristalografia de proteínas com luz síncrotron, bem como a otimização destes métodos para condições de coleta de dados na linha de cristalografia de proteínas do LNLS. Isto tornaria mais fácil e mais rápido a determinação da estrutura tridimensional (3D)de moléculas de proteínas para a compreensão das suas funções. Otimização de coleta de dados nativos e derivados, incluindo técnicas de substituição isomorfa múltipla/simples com espalhamento anômalo (MIRASISIRAS) e difração anômala à único/múltiplos comprimento(s) de onda (SADIMAD), será aplicada no caso de quinze projetos estruturais diferentes. Estes sub-projetos serão resolvidos usando o métodos de substituição molecular (II.1, II.2, II.5- II.8, II.12- II.15 e, possivelmente,11.4), técnicas de substituição isomorfa e difração anômala (II.3, II.4, II.9- II.11). Estudos estruturais com resolução atômica serão realizados dentro do sub-projeto II. 14, e possivelmente outros sub-projetos. Técnicas crio-cristalográficas estão sendo otimizadas para uso na linha de cristalografia de proteínas do LNLS e serão plenamente usadas durante de execução do projeto. Sub-projetos estruturais estão direcionados para estudos de proteínas relacionadas com problemas de saúde humana (II. 1, II.3, II.4, II.6), infecção viral (II.5), tratamento de câncer (II.2), processos inflamatórios (II.7), envenenamento(II.14, II.15); aplicações industriais (II.9- II.11); estudos biológicos de proteínas glicosiladas (H. 1, 11. 8-H.11) e proteínas da via glicolítica (11. 12, H. 13).As proteínas em estudo variam de pequeno peptídeo não-glicosilado (7.5kDa) a moléculas grandes e pesadamente glicosiladas (~100 kDa, 15% de glicolisação). As técnicas de luz síncrotron são o pivô e o elo de ligação dos projetos. Muitos deles seriam difíceis ou, as vezes impossíveis, de serem realizados sem uso de luz síncrotron. Desenvolvimento de técnicas modernas de uso de luz síncrotron aplicadas à biologia molecular estrutural e testes rigorosos das mesmas durante execução de grande número de projetos estruturais aumentará significativamente a velocidade e qualidade de coleta de dados e resolução das estruturas. Isto criará a base para futuros projetos de genoma estrutural e desenho racional de fármacos. Os avanços técnicos e tecnológicos alcançados durante a execução deste projeto beneficiarão toda a comunidade cristalográfica do Brasil e Mercosul. A riqueza de informação estrutural coletada neste projeto poderá sugerir novas soluções para problemas relacionados a saúde humana, medicina e aplicações industriais. O projeto temático esta dividido em duas partes: estudos metodológicos e estudos estruturais. Na parte dos estudos metodológicos prevemos otimizar os métodos de coleta de dados de difração dos cristais nativos e derivados com luz síncrotron, visando particularmente resolução das estruturas inéditas. Na parte dos estudos estruturais apresentamos 15 propostas de pesquisa de determinação das várias estruturas protéicas de interesse biológico. (AU)

Publicações científicas (10)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
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