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The pangenome of the Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV)

Processo: 15/24764-5
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Vigência: 01 de março de 2016 - 31 de agosto de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Paolo Marinho de Andrade Zanotto
Beneficiário:Paolo Marinho de Andrade Zanotto
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Sequenciamento de nova geração  Baculoviridae  Diversidade genética  Virologia  Controle biológico 

Resumo

O Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus é o bioinseticida viral mais amplamente utilizado no mundo que tem sido empregado no Brasil por mais de 30 anos como agente de controle biológico da lagarta-da-soja (Anticarsia gemmatalis). Diversos variantes derivados de populações naturais deste vírus já foram analisados previamente por meio de perfis de restrição de DNA, evidenciando a presença de diversos polimorfismos, muitos dos quais, no entanto, não foram caracterizadas em detalhes. O presente avaliou a diversidade genômica de 17 isolados geográficos selvagens de AgMNPV obtidos entre os anos de 1980 a 1990, no Brasil, Argentina e Uruguai. As amostras coletadas são populações virais genéticamente heterogêneas de ocorrência natural em cultivos de soja sem histórico de uso de baculovírus como bioinseticida. Entre os 17 genomas reconstruídos a alta compactação da informação genética manteve-se conservada ao longo da história evolutiva de AgMNPV, com a maioria das ORFs dispostas de maneira contígua ou sobrepostas umas as outras. Rearranjos estruturais significativos, tais como inversões e translocações, não foram observados. Por outro lado, deleções e inserções de uma ou mais bases foram comuns, muitas das quais mudaram o quadro de leitura de algumas ORFs. A partir de dados do proteoma estrutural do isolado 2D, foi possível identificar um novo peptídeo codificado por uma ORF aninhada e conservada em todos os isolados analizados (ORF29b). Um novo gene hipotético com possível origem em lepidóptero (ORF25b) foi identificado em dois genótipos; e o gene bro-a mostrou-se ausente em muitos isolados. Análises de diversidade genética interpopulacionais mostraram que a maioria dos genes de AgMNPV é pouco variável, sendo os genes mais diversos localizados em loci que coincidem com regiões variáveis mapeadas em estudos anteriores. Os resultados obtidos reforçam a percepção de que grandes vírus de DNA evoluem principalmente sob baixas taxas de substituição, e por meio de duplicações, ganhos e perdas gênicas. (AU)