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Identificação de uma assinatura genética preditiva/prognóstica na Doença de Chagas: abordagem de biologia de sistemas (FAPESP/ANR-BLANC-BR-FR-CHAGAS)

Processo: 16/11149-3
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Pesquisador Visitante - Internacional
Vigência: 19 de outubro de 2016 - 08 de novembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Imunologia - Imunologia Aplicada
Pesquisador responsável:Edecio Cunha Neto
Beneficiário:Edecio Cunha Neto
Pesquisador visitante: Christophe Chevillard
Inst. do pesquisador visitante: Génétique et Immunologie des Maladies Parasitaires, França
Instituição-sede: Instituto do Coração Professor Euryclides de Jesus Zerbini (INCOR). Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP (HCFMUSP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia de sistemas  Doença de Chagas  Cardiomiopatia chagásica  Genética  Expressão gênica  Intercâmbio de pesquisadores 

Resumo

A doença de Chagas (DC), causada pelo protozoário parasita Trypanosoma cruzi, after ca. 15 milhões de pessoas. Cerca de 30% dos pacientes desenvolvem a cardiopatia chagásica crônica, CCC, uma cardiomiopatia inflamatória especialmente letal que ocorre décadas após a infecção inicial, enquanto a maioria dos pacientes persiste na forma indeterminada, (FI; 60%). A severidade clínica na doença de Chagas é correlacionada com a ocorrência de miocardite, e a sobrevida é pior que aquela por outras etiologias não inflamatórias de cardiomiopatia. Dados surgem que a miocardite tem um papel importante na patogenia e progressão da doença. A doença de Chagas é um a doença negligenciada, sem vacinas ou drogas antiparasitárias efetivas na fase crônica da doença. Quando a maior parte dos pacientes é diagnosticada. O desenvolvimento de drogas eficazes para a CCC é prejudicado pelo conhecimento limitado da sua patogenia. Agregação familiar de casos, assim como o fato que apenas 30% dos pacientes infetados desenvolvem a CCC sugerem a existência de um componente genético na suscetibilidade à doença. Além disso, estudos caso controle prévios identificaram alguns genes associados à suscetibilidade à CCC. O desfecho da doença de Chagas e definido em última instancia no miocárdio dos pacientes infectados. Nós hipotetizamos que a expressão de muitos genes e proteínas patogeneticamente relevantes no miocárdio de pacientes CCC é controlado por polimorfismos genéticos. O corolário é que pode ser possível estabelecer uma assinatura genética do hospedeiro com valor prognóstico, baseado nesses polimorfismos genéticos. Para tal, usaremos abordagem de biologia de sistemas para identificar 1) genes/proteínas que estejam diferencialmente expressos e 2) polimorfismos funcionais que possam controlar sua expressão ou função. Esse projeto é baseado em dois objetivos distintos. No primeiro, vamos identificar genes e proteínas diferencialmente expressos no miocárdio CCC. Análise proteômica e transcriptômica dessas amostras permitirá a identificação dos genes e proteínas diferencialmente expressos. Análise de metilação e perfil de microRNA serão realizados para filtrar genes regulados por esses dois mecanismos-a caracterização desses genes e proteínas, perfil de metilação e microRNA seriam um projeto por sí só. A lista resultante será usada nas abordagens genéticas. Os pesquisadores envolvidos já têm colaboração intensa estabelecida desde 2010 para criar uma grande coorte multicêntrica de pacientes chagásicos. Até o início do projeto tínhamos 1300 pacientes CCC e 300 FI. Nosso objetivo é de obter um coorte principal (700 CCC/400 FI) e uma coorte independente de replicação (300 CCC/300FI). O segundo objetivo é a identificação de variantes genéticos associados à progressão da doença. A primeira abordagem é um estudo de caso-controle dos variantes genéticos dos genes candidatos mais fortes identificados no objetivo 1, onde polimorfismos de sítio único (SNPs) serão genotipados usando a tecnologia Sequenom. Também caracterizaremos famílias com múltiplos casos de (incluindo 2 irmãos com CCC e um com FI) por sequenciamento global de exoma, para identificar variantes funcionais raras compartilhadas apenas pelos casos CCC mas não pelos parentes que não desenvolvem cardiopatia (Forma indeterminada da doença de Chagas). Serão realizadas análises estatísticas uni e multivariadas para identificar marcadores associados. Análises funcionais avaliarão se SNPs afetam a expressão gênica ou estrutura proteica. A identificação de conjuntos de marcadores terá um valor prognóstico combinado para progressão da doença em nível do paciente individual, permitindo acompanhamento próximo e tratamento precoce daqueles que apresentarem as assinaturas genéticas de alto risco. Além disso, esse estudo fornecerá grande quantidade de informação para decifrar os mecanismos subjacentes à progressão para a cardiopatia crônica e sua forma grave, e também identificar alvos terapêuticos futuros. (AU)

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