Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia

• Processo: 14/50921-8
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
• Vigência: 01 de setembro de 2016 - 30 de novembro de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Glaucia Mendes Souza
• Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Helaine Carrer
• Bolsa(s) vinculada(s): 22/00444-5 - Avaliação da expressão do transgene GLA02 em experimentos de seca em casa de vegetação, BP.TT; 21/12841-6 - Confirmação da expressão em cana transgênica a partir da detecção da proteína repórter YFP, BP.TT; 21/09063-1 - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para integração de dados na plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; + mais bolsas vinculadas 20/10876-4 - Ferramentas de bioinformática para integração de dados na plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; 20/07851-0 - Estudo da expressão gênica de genes relacionados ao desenvolvimento e acúmulo de biomassa em cana-de-açúcar, BP.IC; 19/17104-0 - Avaliação dos componentes de parede celular de progênies de cana-de-açúcar contrastantes para produção de biomassa, BP.IC; 19/05397-2 - Desenvolvimento e gerenciamento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; 18/17561-9 - Elementos regulatórios do metabolismo de carbono em cana-de-açúcar, BP.DD; 18/13520-6 - Análises morfológicas e agrotecnológicas de progênies de Saccharum spp, BP.TT; 18/09867-0 - Obtenção da cana energia por transgenia, BP.PD; 17/14279-8 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e cultivo in vitro de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT; 17/02842-0 - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; 17/02270-6 - Avaliação do transcriptoma de progênies contrastantes para o acúmulo de biomassa e identificação de redes de regulação, BP.PD; 17/02851-9 - Avaliação de parâmetros bioquímicos e fisiológicos em progênies contrastantes de cana-energia, BP.IC; 17/01515-5 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e transformação genética de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT; 16/21008-8 - Estudo dos metabólitos de cana-de-açúcar ao longo do seu desenvolvimento em campo, BP.DD - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia de sistemas Cana-de-açúcar Cana-energia Metaboloma Transcriptoma Bioenergia

Resumo

Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar, usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias é promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores/ Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos. (AU)

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DINIZ, AUGUSTO L.; FERREIRA, SAVIO S.; TEN-CATEN, FELIPE; MARGARIDO, GABRIEL R. A.; DOS SANTOS, JOAO M.; BARBOSA, GERALDO V. DE S.; CARNEIRO, MONALISA S.; SOUZA, GLAUCIA M.. Genomic resources for energy cane breeding in the post genomics era. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, v. 17, p. 1404-1414, 2019. (14/50921-8, 16/06917-1, 15/22993-7, 17/02842-0, 17/02270-6)

ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; TANG, HAIBAO; ZHANG, QING; HUA, XIUTING; MA, XIAOKAI; ZHU, FAN; JONES, TYLER; ZHU, XINGUANG; BOWERS, JOHN; et al. Allele-defined genome of the autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum L.. Nature Genetics, v. 50, n. 11, p. 1565+, NOV 2018. (14/50921-8, 08/52146-0, 12/51062-3)

OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; BONADIO, IGOR; DE MELO, ALICIA LIE; SOUZA, GLAUCIA MENDES; DURHAM, ALAN MITCHELL. TSSFinder-fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 22, n. 6, NOV 2021. (11/50761-2, 14/50921-8)

NACHTIGALL, PEDRO G.; KASHIWABARA, ANDRE Y.; DURHAM, ALAN M.. CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 22, n. 3, MAY 2021. (14/50921-8)

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12, DEC 2019. (16/06917-1, 11/50761-2, 13/23048-9, 13/18322-4, 08/52074-0, 15/22993-7, 17/02270-6, 13/07467-1, 14/50921-8, 17/02842-0, 08/52146-0, 15/15346-5, 16/17545-8, 12/51062-3)

DINIZ, AUGUSTO LIMA; RODRIGUES DA SILVA, DANIELLE IZILDA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LAMAS COSTA, MAXIMILLER DAL-BIANCO; TEN-CATEN, FELIPE; LI, FORREST; VILELA, ROMEL DUARTE; MENOSSI, MARCELO; WARE, DOREEN; ENDRES, LAURICIO; et al. Amino Acid and Carbohydrate Metabolism Are Coordinated to Maintain Energetic Balance during Drought in Sugarcane. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 21, n. 23, DEC 2020. (13/13659-0, 15/01764-0, 17/02270-6, 17/02842-0, 14/50921-8, 19/15852-9)