Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia

• Processo: 14/50921-8
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
• Vigência: 01 de setembro de 2016 - 31 de agosto de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
• Beneficiário: Glaucia Mendes Souza
• Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Helaine Carrer
• Bolsa(s) vinculada(s): 21/09063-1 - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para integração de dados na plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; 20/10876-4 - Ferramentas de bioinformática para integração de dados na plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; 20/07851-0 - Estudo da expressão gênica de genes relacionados ao desenvolvimento e acúmulo de biomassa em cana-de-açúcar, BP.IC; + mais bolsas vinculadas 19/17104-0 - Avaliação dos componentes de parede celular de progênies de cana-de-açúcar contrastantes para produção de biomassa, BP.IC; 19/05397-2 - Desenvolvimento e gerenciamento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; 18/17561-9 - Elementos regulatórios do metabolismo de carbono em cana-de-açúcar, BP.DD; 18/13520-6 - Análises morfológicas e agrotecnológicas de progênies de Saccharum spp, BP.TT; 18/09867-0 - Obtenção da cana energia por transgenia, BP.PD; 17/14279-8 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e cultivo in vitro de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT; 17/02842-0 - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN, BP.TT; 17/02270-6 - Avaliação do transcriptoma de progênies contrastantes para o acúmulo de biomassa e identificação de redes de regulação, BP.PD; 17/02851-9 - Avaliação de parâmetros bioquímicos e fisiológicos em progênies contrastantes de cana-energia, BP.IC; 17/01515-5 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e transformação genética de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT; 16/21008-8 - Estudo dos metabólitos de cana-de-açúcar ao longo do seu desenvolvimento em campo, BP.DD - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Biologia computacional Biologia de sistemas Cana-de-açúcar Cana-energia Metaboloma Transcriptoma

Resumo

Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar, usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias é promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores/ Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos. (AU)

Publicações científicas

(5)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NACHTIGALL, PEDRO G.; KASHIWABARA, ANDRE Y.; DURHAM, ALAN M. CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 22, n. 3 MAY 2021. Citações Web of Science: 3.

DINIZ, AUGUSTO LIMA; RODRIGUES DA SILVA, DANIELLE IZILDA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LAMAS COSTA, MAXIMILLER DAL-BIANCO; TEN-CATEN, FELIPE; LI, FORREST; VILELA, ROMEL DUARTE; MENOSSI, MARCELO; WARE, DOREEN; ENDRES, LAURICIO; SOUZA, GLAUCIA MENDES. Amino Acid and Carbohydrate Metabolism Are Coordinated to Maintain Energetic Balance during Drought in Sugarcane. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 21, n. 23 DEC 2020. Citações Web of Science: 0.

SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA; TEN-CATEN, FELIPE; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO; ANDRADE, PABLO DE MORAIS; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; PANDYA, RAVI; KIM, CHANGSOO; GUO, HUI; DURHAM, ALAN MITCHELL; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; ZHANG, QING; MING, RAY; SCHATZ, MICHAEL C.; DAVIDSON, BOB; PATERSON, ANDREW H.; HECKERMAN, DAVID. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12 DEC 2019. Citações Web of Science: 3.

DINIZ, AUGUSTO L.; FERREIRA, SAVIO S.; TEN-CATEN, FELIPE; MARGARIDO, GABRIEL R. A.; DOS SANTOS, JOAO M.; BARBOSA, GERALDO V. DE S.; CARNEIRO, MONALISA S.; SOUZA, GLAUCIA M. Genomic resources for energy cane breeding in the post genomics era. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, v. 17, p. 1404-1414, 2019. Citações Web of Science: 0.

ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; TANG, HAIBAO; ZHANG, QING; HUA, XIUTING; MA, XIAOKAI; ZHU, FAN; JONES, TYLER; ZHU, XINGUANG; BOWERS, JOHN; WAI, CHING MAN; ZHENG, CHUNFANG; SHIL, YAN; CHEN, SHUAI; XU, XIUMING; YUE, JINGJING; NELSONS, DAVID R.; HUANG, LIXIAN; LI, ZHEN; XU, HUIMIN; ZHOU, DONG; WANG, YONGJUN; HU, WEICHANG; LIN, JISHAN; DENG, YOUJIN; PANDEY, NEHA; MANCINI, MELINA; ZERPA, DESSIREE; NGUYEN, JULIE K.; WANG, LIMING; YU, LIANG; XIN, YINGHUI; GE, LIANGFA; ARRO, JIE; HAN, JENNIFER O.; CHAKRABARTY, SETU; PUSHKO, MARIJA; ZHANG, WENPING; MA, YANHONG; MA, PANPAN; LV, MINGJU; CHEN, FAMING; ZHENG, GUANGYONG; XU, JINGSHENG; YANG, ZHENHUI; DENG, FANG; CHEN, XUEQUN; LIAO, ZHENYANG; ZHANG, XUNXIAO; LIN, ZHICONG; LIN, HAI; YAN, HANSONG; KUANG, ZHENG; ZHONG, WEIMIN; LIANG, PINGPING; WANG, GUOFENG; YUAN, YUAN; SHI, JIAXIAN; HOU, JINXIANG; LIN, JINGXIAN; JIN, JINGJING; CAO, PEIJIAN; SHEN, QIAOCHU; JIANG, QING; ZHOU, PING; MA, YAYING; ZHANG, XIAODAN; XU, RONGRONG; LIU, JUAN; ZHOU, YONGMEI; JIA, HAIFENG; MA, QING; QI, RUI; ZHANG, ZHILIANG; FANG, JINGPING; FANG, HONGKUN; SONG, JINJIN; WANG, MENGJUAN; DONG, GUANGRUI; WANG, GANG; CHEN, ZHENG; MA, TENG; LIU, HONG; DHUNGANA, SINGHA R.; HUSS, SARAH E.; YANG, XIPING; SHARMA, ANUPMA; TRUJILLO, JHON H.; MARTINEZ, MARIA C.; HUDSON, MATTHEW; RIASCOS, JOHN J.; SCHULER, MARY; CHEN, LI-QING; BRAUN, DAVID M.; LI, LEI; YU, QINGYI; WANG, JIANPING; WANG, KAI; SCHATZ, MICHAEL C.; HECKERMAN, DAVID; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; SOUZA, GLAUCIA MENDES; MOORE, PAUL H.; SANKOFF, DAVID; VANBUREN, ROBERT; PATERSON, ANDREW H.; NAGAI, CHIFUMI; MING, RAY. Allele-defined genome of the autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum L.. Nature Genetics, v. 50, n. 11, p. 1565+, NOV 2018. Citações Web of Science: 37.