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Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia

Processo: 14/50921-8
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
Vigência: 01 de setembro de 2016 - 31 de agosto de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Glaucia Mendes Souza
Beneficiário:Glaucia Mendes Souza
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Pesquisadores principais:Helaine Carrer
Bolsa(s) vinculada(s):18/17561-9 - Elementos regulatórios do metabolismo de carbono em cana-de-açúcar, BP.DD
18/13520-6 - Análises morfológicas e agrotecnológicas de progênies de Saccharum spp, BP.TT
18/09867-0 - Obtenção da cana energia por transgenia, BP.PD
+ mais bolsas vinculadas 17/14279-8 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e cultivo in vitro de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT
17/02842-0 - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN, BP.TT
17/02270-6 - Avaliação do transcriptoma de progênies contrastantes para o acúmulo de biomassa e identificação de redes de regulação, BP.PD
17/02851-9 - Avaliação de parâmetros bioquímicos e fisiológicos em progênies contrastantes de cana-energia, BP.IC
17/01515-5 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e transformação genética de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT
16/21008-8 - Estudo dos metabólitos de cana-de-açúcar ao longo do seu desenvolvimento em campo, BP.DD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Biologia computacional  Biologia de sistemas  Cana-de-açúcar  Cana-energia  Metaboloma  Transcriptoma 

Resumo

Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar, usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias é promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores/ Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Doutorado direto em Bioinformática e Genômica com bolsa da FAPESP  
Pós-doutorado em Biologia Molecular de Plantas com Bolsa da FAPESP  
Pós-Doutorado em Genômica e Bioinformática de cana-de-açúcar com Bolsa da FAPESP 

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; TANG, HAIBAO; ZHANG, QING; HUA, XIUTING; MA, XIAOKAI; ZHU, FAN; JONES, TYLER; ZHU, XINGUANG; BOWERS, JOHN; WAI, CHING MAN; ZHENG, CHUNFANG; SHIL, YAN; CHEN, SHUAI; XU, XIUMING; YUE, JINGJING; NELSONS, DAVID R.; HUANG, LIXIAN; LI, ZHEN; XU, HUIMIN; ZHOU, DONG; WANG, YONGJUN; HU, WEICHANG; LIN, JISHAN; DENG, YOUJIN; PANDEY, NEHA; MANCINI, MELINA; ZERPA, DESSIREE; NGUYEN, JULIE K.; WANG, LIMING; YU, LIANG; XIN, YINGHUI; GE, LIANGFA; ARRO, JIE; HAN, JENNIFER O.; CHAKRABARTY, SETU; PUSHKO, MARIJA; ZHANG, WENPING; MA, YANHONG; MA, PANPAN; LV, MINGJU; CHEN, FAMING; ZHENG, GUANGYONG; XU, JINGSHENG; YANG, ZHENHUI; DENG, FANG; CHEN, XUEQUN; LIAO, ZHENYANG; ZHANG, XUNXIAO; LIN, ZHICONG; LIN, HAI; YAN, HANSONG; KUANG, ZHENG; ZHONG, WEIMIN; LIANG, PINGPING; WANG, GUOFENG; YUAN, YUAN; SHI, JIAXIAN; HOU, JINXIANG; LIN, JINGXIAN; JIN, JINGJING; CAO, PEIJIAN; SHEN, QIAOCHU; JIANG, QING; ZHOU, PING; MA, YAYING; ZHANG, XIAODAN; XU, RONGRONG; LIU, JUAN; ZHOU, YONGMEI; JIA, HAIFENG; MA, QING; QI, RUI; ZHANG, ZHILIANG; FANG, JINGPING; FANG, HONGKUN; SONG, JINJIN; WANG, MENGJUAN; DONG, GUANGRUI; WANG, GANG; CHEN, ZHENG; MA, TENG; LIU, HONG; DHUNGANA, SINGHA R.; HUSS, SARAH E.; YANG, XIPING; SHARMA, ANUPMA; TRUJILLO, JHON H.; MARTINEZ, MARIA C.; HUDSON, MATTHEW; RIASCOS, JOHN J.; SCHULER, MARY; CHEN, LI-QING; BRAUN, DAVID M.; LI, LEI; YU, QINGYI; WANG, JIANPING; WANG, KAI; SCHATZ, MICHAEL C.; HECKERMAN, DAVID; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; SOUZA, GLAUCIA MENDES; MOORE, PAUL H.; SANKOFF, DAVID; VANBUREN, ROBERT; PATERSON, ANDREW H.; NAGAI, CHIFUMI; MING, RAY. Allele-defined genome of the autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum L.. Nature Genetics, v. 50, n. 11, p. 1565+, NOV 2018. Citações Web of Science: 3.

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