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Redes regulatórias e sinalização associadas à cana energia

Processo: 14/50921-8
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático
Vigência: 01 de setembro de 2016 - 31 de agosto de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Glaucia Mendes Souza
Beneficiário:Glaucia Mendes Souza
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores principais:Helaine Carrer
Bolsa(s) vinculada(s):20/10876-4 - Ferramentas de bioinformática para integração de dados na plataforma SUCEST-FUN, BP.TT
20/07851-0 - Estudo da expressão gênica de genes relacionados ao desenvolvimento e acúmulo de biomassa em cana-de-açúcar, BP.IC
19/17104-0 - Avaliação dos componentes de parede celular de progênies de cana-de-açúcar contrastantes para produção de biomassa, BP.IC
+ mais bolsas vinculadas 19/05397-2 - Desenvolvimento e gerenciamento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN, BP.TT
18/17561-9 - Elementos regulatórios do metabolismo de carbono em cana-de-açúcar, BP.DD
18/09867-0 - Obtenção da cana energia por transgenia, BP.PD
18/13520-6 - Análises morfológicas e agrotecnológicas de progênies de Saccharum spp, BP.TT
17/14279-8 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e cultivo in vitro de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT
17/02842-0 - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN, BP.TT
17/02270-6 - Avaliação do transcriptoma de progênies contrastantes para o acúmulo de biomassa e identificação de redes de regulação, BP.PD
17/02851-9 - Avaliação de parâmetros bioquímicos e fisiológicos em progênies contrastantes de cana-energia, BP.IC
17/01515-5 - Análise fenotípica de progênie de cana-energia e transformação genética de variedades comerciais de cana-de-açúcar, BP.TT
16/21008-8 - Estudo dos metabólitos de cana-de-açúcar ao longo do seu desenvolvimento em campo, BP.DD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Biologia computacional  Biologia de sistemas  Cana-de-açúcar  Cana-energia  Metaboloma  Transcriptoma 

Resumo

Nós pretendemos acrescentar conhecimento ao sistema cana-de-açúcar, usando abordagens de análise da fisiologia, de análise de elementos regulatórios, do transcriptoma e do metaboloma em variedades comerciais e em cruzamentos com espécies ancestrais em plantios que se assemelham ao realizado nas indústrias sucroalcooleiras e também em experimentos em casa de vegetação. O estudo das redes regulatórias de cana-de-açúcar será feito com auxílio da técnica de Chip-Seq e de RNAseq com as quais poderemos identificar possíveis regiões regulatórias é promotoras no genoma referência de cana-de-açúcar sequenciado e parcialmente montado pelo grupo e colaboradores/ Através da utilização de abordagens da Biologia de Sistemas e biologia sintética, iremos definir os principais alvos ou redes de genes para o melhoramento da cana-de-açúcar com o aumento de sua produtividade, alteração do conteúdo de sacarose, fibra e lignina e assim desenvolver a Cana-Energia O grande volume de dados gerado será armazenado no banco de dados SUCEST-FUN (http://sucest-fun.org) onde é possível avaliar e interrogar os dados com foco em diferentes aspectos. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Treinamento técnico em bioinformática no Instituto de Química da USP 
Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial 
Doutorado direto em Bioinformática e Genômica com bolsa da FAPESP  
Pós-doutorado em Biologia Molecular de Plantas com Bolsa da FAPESP  
Pós-Doutorado em Genômica e Bioinformática de cana-de-açúcar com Bolsa da FAPESP 
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (55 total):
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Veja online: Cientistas brasileiras quebram um recorde da genética (03/Dez/2019)
Bioinformática en Colombia (Colômbia): Concluyen la mayor secuenciación del genoma de la caña de azúcar comercial (02/Fev/2020)
Agronews Castilla y León (Espanha): Publican la secuencia genómica más completa de la caña de azúcar comercial (10/Jan/2020)
Fundacion Antama (Espanha): Publican la secuencia genómica más completa de la caña de azúcar comercial (08/Jan/2020)
Mundo Agropecuario (Venezuela): Científicos brasileños publican la secuencia genómica más completa de caña de azúcar comercial (17/Dez/2019)
AgroAvances (Bolívia): Científicos brasileños publican la secuencia genómica más completa de caña de azúcar comercial (17/Dez/2019)
Espaço Ecológico no Ar: Cientistas brasileiras lideram o maior e mais completo mapeamento genético já feito da cana-de-açúcar (14/Dez/2019)
Energia que Fala com Você: Cientistas brasileiras quebram um recorde da genética (13/Dez/2019)
El Espectador (Uruguai): Concluyen la mayor secuenciación del genoma de la caña de azúcar comercial (10/Dez/2019)
Portal do Agronegócio: Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (09/Dez/2019)
ChileBIO (Chile): Científicos brasileños publican la secuencia genómica más completa de la caña de azúcar comercial (09/Dez/2019)
Sucesso no Campo: Montada sequência de genoma mais completo da cana (08/Dez/2019)
Prosyscom (EUA): Most complete commercial sugarcane genome sequence assembled (08/Dez/2019)
Revista Amazônia: Cientistas brasileiras lideram mapeamento genético da cana-de-açúcar (07/Dez/2019)
Portal do Agronegócio: Montada sequência de genoma mais completo da cana (06/Dez/2019)
Blog da Elena Aparecida dos Santos: Montada sequência de genoma mais completo da cana (06/Dez/2019)
Agrolink: Montada sequência de genoma mais completo da cana (05/Dez/2019)
ABC - Academia Brasileira de Ciências : Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (05/Dez/2019)
Espaço Ecológico no Ar: Cientistas quebram um recorde da genética com o sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar (05/Dez/2019)
Abisolo - Associação Brasileira das Indústrias de Tecnologia em Nutrição Vegetal: Concluído maior sequenciamento do genoma da Cana-de-Açúcar comercial (05/Dez/2019)
Conexão Planeta: Duas cientistas brasileiras lideram o maior e mais completo mapeamento genético já feito da cana-de-açúcar (05/Dez/2019)
Renova Mídia: Cientistas do Brasil decifram genoma da cana-de-açúcar (05/Dez/2019)
Food Ingredients First (Holanda): Brazilian scientists sequence “most complete” commercial sugarcane genome (05/Dez/2019)
UniversoAgro: Grupo da USP publica o mais completo genoma da cana-de-açúcar (04/Dez/2019)
International Service for the Acquisition of Agri-biotech Applications (Filipinas): Brazilian Scientists Publish Most Complete Genome Sequence of Commercial Sugarcane (04/Dez/2019)
LabNetwork: Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (04/Dez/2019)
Jornal Cana: Grupo da USP publica o mais completo genoma da cana (04/Dez/2019)
O Sul: Cientistas brasileiras quebraram um recorde de genética (04/Dez/2019)
Mundo Agropecuario (Venezuela): MAIS SEQUCIA COMERCIAL ABRANGENTE DO GENOMA DE CANA MONTADO (04/Dez/2019)
Agronovas: Pesquisadores desvendam genoma da cana de açúcar (04/Dez/2019)
Datagro: Grupo da USP publica o mais completo genoma da cana (04/Dez/2019)
Brasil CT&I: Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (04/Dez/2019)
MSN: Cientistas brasileiros lideram mais completo mapeamento do genoma da cana (03/Dez/2019)
TN Petróleo online: Concluído maior sequenciamento do genoma da Cana de Açúcar comercial (03/Dez/2019)
Brasilagro: Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (03/Dez/2019)
Phys.Org (Reino Unido): Most complete commercial sugarcane genome sequence assembled (03/Dez/2019)
Rural Pecuária: Concluído maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (03/Dez/2019)
Esteta : Concluído maior sequenciamento do genoma da Cana de Açúcar comercial (03/Dez/2019)
Revista Cultivar Máquinas online: Concluído maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (03/Dez/2019)
Jornal da USP online: Grupo da USP publica o mais completo genoma da cana de açúcar (03/Dez/2019)
Planeta online: Cientistas brasileiros lideram mais completo mapeamento do genoma da cana (03/Dez/2019)
JC Notícias (São Paulo, SP): Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (03/Dez/2019)
Portal Canaonline: Concluído maior sequenciamento do genoma da Cana de Açúcar comercial (03/Dez/2019)
Revista Attalea Agronegócios online: Concluído maior sequenciamento do genoma da Cana de Açúcar comercial (03/Dez/2019)
Jornal Preliminar: Concluído o maior sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar comercial (03/Dez/2019)
Agrovista Profits (Índia): Most complete commercial sugarcane genome sequence has been assembled (03/Dez/2019)
Portal Varada: Cientistas brasileiras quebram um recorde da genética (03/Dez/2019)
7thSpace: Most complete commercial sugarcane genome sequence has been assembled (03/Dez/2019)
Central das Notícias: Cientistas brasileiras quebram um recorde da genética (03/Dez/2019)
Central das Notícias: Cientistas brasileiros lideram mais completo mapeamento do genoma da cana (03/Dez/2019)
Health Medicine Network (EUA): Most complete commercial sugarcane genome sequence has been assembled (02/Dez/2019)
Science Codex: Most complete commercial sugarcane genome sequence has been assembled (02/Dez/2019)
Scienmag Science Magazine (Reino Unido): Most Complete Commercial Sugarcane Genome Sequence Has Been Assembled (02/Dez/2019)
Brightsurf: Most complete commercial sugarcane genome sequence has been assembled (02/Dez/2019)
NovaCana: Pesquisadores encontram mais de 370 mil genes em cultivar comercial da cana-de-açúcar (29/Nov/2019)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SOUZA, GLAUCIA MENDES; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LEE, HAYAN; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; HOTTA, CARLOS TAKESHI; GAIARSA, JONAS WEISSMANN; DINIZ, AUGUSTO LIMA; OLIVEIRA, MAURO DE MEDEIROS; FERREIRA, SAVIO DE SIQUEIRA; NISHIYAMA, MILTON YUTAKA; TEN-CATEN, FELIPE; RAGAGNIN, GEOVANI TOLFO; ANDRADE, PABLO DE MORAIS; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; PANDYA, RAVI; KIM, CHANGSOO; GUO, HUI; DURHAM, ALAN MITCHELL; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; ZHANG, QING; MING, RAY; SCHATZ, MICHAEL C.; DAVIDSON, BOB; PATERSON, ANDREW H.; HECKERMAN, DAVID. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GIGASCIENCE, v. 8, n. 12 DEC 2019. Citações Web of Science: 3.
DINIZ, AUGUSTO L.; FERREIRA, SAVIO S.; TEN-CATEN, FELIPE; MARGARIDO, GABRIEL R. A.; DOS SANTOS, JOAO M.; BARBOSA, GERALDO V. DE S.; CARNEIRO, MONALISA S.; SOUZA, GLAUCIA M. Genomic resources for energy cane breeding in the post genomics era. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, v. 17, p. 1404-1414, 2019. Citações Web of Science: 0.
ZHANG, JISEN; ZHANG, XINGTAN; TANG, HAIBAO; ZHANG, QING; HUA, XIUTING; MA, XIAOKAI; ZHU, FAN; JONES, TYLER; ZHU, XINGUANG; BOWERS, JOHN; WAI, CHING MAN; ZHENG, CHUNFANG; SHIL, YAN; CHEN, SHUAI; XU, XIUMING; YUE, JINGJING; NELSONS, DAVID R.; HUANG, LIXIAN; LI, ZHEN; XU, HUIMIN; ZHOU, DONG; WANG, YONGJUN; HU, WEICHANG; LIN, JISHAN; DENG, YOUJIN; PANDEY, NEHA; MANCINI, MELINA; ZERPA, DESSIREE; NGUYEN, JULIE K.; WANG, LIMING; YU, LIANG; XIN, YINGHUI; GE, LIANGFA; ARRO, JIE; HAN, JENNIFER O.; CHAKRABARTY, SETU; PUSHKO, MARIJA; ZHANG, WENPING; MA, YANHONG; MA, PANPAN; LV, MINGJU; CHEN, FAMING; ZHENG, GUANGYONG; XU, JINGSHENG; YANG, ZHENHUI; DENG, FANG; CHEN, XUEQUN; LIAO, ZHENYANG; ZHANG, XUNXIAO; LIN, ZHICONG; LIN, HAI; YAN, HANSONG; KUANG, ZHENG; ZHONG, WEIMIN; LIANG, PINGPING; WANG, GUOFENG; YUAN, YUAN; SHI, JIAXIAN; HOU, JINXIANG; LIN, JINGXIAN; JIN, JINGJING; CAO, PEIJIAN; SHEN, QIAOCHU; JIANG, QING; ZHOU, PING; MA, YAYING; ZHANG, XIAODAN; XU, RONGRONG; LIU, JUAN; ZHOU, YONGMEI; JIA, HAIFENG; MA, QING; QI, RUI; ZHANG, ZHILIANG; FANG, JINGPING; FANG, HONGKUN; SONG, JINJIN; WANG, MENGJUAN; DONG, GUANGRUI; WANG, GANG; CHEN, ZHENG; MA, TENG; LIU, HONG; DHUNGANA, SINGHA R.; HUSS, SARAH E.; YANG, XIPING; SHARMA, ANUPMA; TRUJILLO, JHON H.; MARTINEZ, MARIA C.; HUDSON, MATTHEW; RIASCOS, JOHN J.; SCHULER, MARY; CHEN, LI-QING; BRAUN, DAVID M.; LI, LEI; YU, QINGYI; WANG, JIANPING; WANG, KAI; SCHATZ, MICHAEL C.; HECKERMAN, DAVID; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; SOUZA, GLAUCIA MENDES; MOORE, PAUL H.; SANKOFF, DAVID; VANBUREN, ROBERT; PATERSON, ANDREW H.; NAGAI, CHIFUMI; MING, RAY. Allele-defined genome of the autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum L.. Nature Genetics, v. 50, n. 11, p. 1565+, NOV 2018. Citações Web of Science: 37.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.