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Metagenômica viral de Dengue, Chikungunya e Zika vírus: acompanhar, explicar e prever a transmissão e distribuição espaço-temporal no Brasil

Processo: 16/01735-2
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de fevereiro de 2017 - 31 de janeiro de 2019
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Ester Cerdeira Sabino
Beneficiário:Ester Cerdeira Sabino
Instituição-sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Epidemiologia  Doenças transmissíveis  Viroma  Virologia  Dengue  Febre de Chikungunya  Vírus Zika 

Resumo

A dengue é hiperendêmica no Brasil, com mais de 8 milhões de casos reportados entre 2000-2015. A transmissão e disseminação dos quatro sorotipos do vírus da dengue (DENV) é relatada no país através do mosquito vetor (Aedes aegypti). Além do DENV outros dois vírus Chikungunya (CHIKV) e Zika (ZIKV) foram introduzidos no Brasil e vem causando graves epidemias, porém a situação pode se complicar ainda mais uma vez que estas ainda não iniciamos o período de chuvas. Este projeto é uma colaboração entre pesquisadores do Instituto de Medicina Tropical (IMT/USP), Universidade de Oxford (UO) e do Blood Systems Research Institute (BSRI), num esforço de reconstruir em detalhes a dinâmica de transmissão de linhagens virais circulantes no Brasil, utilizando dados epidemiológicos e do hospedeiro humano para melhor entender a patogênese destes vírus. A infraestrutura já estabelecida pela equipe brasileira tem permitido a coleta de amostras de sangue de indivíduos de diferentes cidades do Brasil que serão incluídas no projeto e com este projeto serão recrutadas outras cidades, o que permitirá a coleta de isolados das epidemias atuais de DENV, CHIKV e ZIKV. O objetivo deste estudo é realizar a metagenômica viral de amostras coletadas em várias cidades brasileiras utilizando sequenciamento de próxima geração para elucidar e predizer a dinâmica espacial e transmissão do DENV, CHIKV e ZIKV no Brasil. Captaremos no mínimo 400 DENV, 200 CHIKV e 200 ZIKV, amostras que serão sequenciadas os ácidos nucleicos totais, visando o sequenciamento de um ou mais vírus. Os vírus que através desta abordagem não forem sequenciados completamente serão então amplificados os trechos faltantes e re-sequenciados. As sequencias obtidas serão então submetidas a montagem "de novo", através de um "pipeline" do BSRI, para reconstrução dos genomas virais, as sequências consensos geradas serão submetidas à caracterização genética focando na identificação das redes de transmissão e propagação viral. As sequências consensos serão alinhadas com outras disponíveis no Genbank e submetidas a análises de máxima verossimilhança e bayesiana, visando determinar as relações evolutivas das cepas circulantes nos contextos nacional e global. Modelos de substituição nucleotídica apropriada, relógio molecular e coalescente serão determinados utilizando estimadores de média harmônica, como por exemplo, path sampling e stepping stone. Taxas de movimentação das linhagens virais entre as populações serão quantificadas utilizando abordagens filogeográficas discretas. Coordenadas de latitude e longitude serão aplicadas a cada isolado, para usar modelos de difusão contínua e resumir as estatísticas epidemiológicas, como a velocidade de dispersão. Modelos skyline de coalescência e nascimento-morte serão usados para estimar a taxa de crescimento da epidemia através do tempo das diferentes linhagens circulantes. Taxas de mudanças sinônimas e não-sinônimas serão quantificadas utilizando contagem de renascimento e algoritmos recentes para quantificar adaptação molecular, os quais vêm sendo desenvolvidos pela equipe de Oxford. Vírus dos casos mais graves de dengue também serão sequenciados e analisados para verificar se há algum "motif" ou mutação associada com severidade. A associação entre mutações e severidade será testada levando-se em conta a incerteza filogenética. Em resumo, o estudo irá combinar dados genéticos, ecológicos, clínicos e de vigilância para entender a epidemiologia do DENV, CHIKV e ZIKV, bem como interações DENV-hospedeiro que possam fundamentar a gravidade da doença. A proposta visa reduzir os encargos causados por importantes surtos deste vírus no Brasil, com benefícios potenciais para a saúde pública e desenvolvimento de vacinas. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio::
Um efeito tardio da febre amarela 
Sangre limpia contra la fiebre amarilla 
Sangre limpia contra la fiebre amarilla 
Contra-ataque à febre amarela 
Mapeamento genético do vírus da febre amarela traça origens e dispersão do vírus no Brasil 
Mapeamento genético do vírus da febre amarela traça origens e dispersão do vírus no Brasil 
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Publicações científicas (29)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; GILL, DANIELLE ELISE; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA S.; MONTEIRO, FRED JULIO COSTA; VILLANOVA, FABIOLA; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; MAEDA, ADRIANA YURIKA; DE SOUZA, RENATO PEREIRA; et al. Guapiacu virus, a new insect-specific flavivirus isolated from two species of Aedes mosquitoes from Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, . (13/21719-3, 17/00021-9, 16/01735-2, 19/21706-5, 12/23645-4)
FIGUEIREDO-MELLO, CLAUDIA; BOAS CASADIO, LUCIANA VILAS; AVELINO-SILVA, VIVIAN LIDA; YEH-LI, HO; SZTAJNBOK, JAQUES; JOELSONS, DANIEL; ANTONIO, MARILIA BORDIGNON; REBELLO PINHO, JOAO RENATO; MALTA, FERNANDA DE MELLO; GOMES-GOUVEA, MICHELE SOARES; et al. Efficacy of sofosbuvir as treatment for yellow fever: protocol for a randomised controlled trial in Brazil (SOFFA study). BMJ OPEN, v. 9, n. 11, . (16/01735-2)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; et al. Detection and Characterization of Enterovirus B73 from a Child in Brazil. Viruses-Basel, v. 11, n. 1, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; et al. Recombination Located over 2A-2B Junction Ribosome Frameshifting Region of Saffold Cardiovirus. Viruses-Basel, v. 10, n. 10, . (15/12944-9, 16/01735-2, 17/00021-9)
LUCHS, ADRIANA; TARDY, KAELAN; TAHMASEBI, ROOZBEH; MORILLO, SIMONE GUADAGNUCCI; MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO DE PADUA; MORAIS, VANESSA DOS SANTOS; BRUSTULIN, RAFAEL; TELES, MARIA DA APARECIDA RODRIGUES; DE AZEVEDO, LAIS SAMPAIO; DE SOUZA, ELLEN VIANA; et al. Human astrovirus types 1, 4 and 5 circulating among children with acute gastroenteritis in a rural Brazilian state, 2010-2016. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 166, n. 11, . (19/21706-5, 15/12944-9, 17/00021-9, 20/11182-6, 20/02469-0, 16/01735-2)
TAHMASEBI, ROOZBEH; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; TARDY, KAELAN; TINKER, RORY J.; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; ARANHA WATANABE, ARIPUANA SAKURADA; et al. Genomic Analyses of Potential Novel Recombinant Human Adenovirus C in Brazil. Viruses-Basel, v. 12, n. 5, . (17/00021-9, 16/01735-2)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; MORAIS, VANESSA S.; COSTA MONTEIRO, FRED JULIO; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA S.; PICANCO SOUTO, RAIMUNDO NONATO; VILLANOVA, FABIOLA; TAHMASEBI, ROOZBEH; HEFFORD, PHILIP MICHAEL; DENG, XUTAO; et al. Aedes aegyptifrom Amazon Basin Harbor High Diversity of Novel Viral Species. Viruses-Basel, v. 12, n. 8, . (16/01735-2, 19/21706-5, 17/00021-9)
JAQUELINE GOES DE JESUS; KARINA ROCHA DUTRA; FLAVIA CRISTINA DA SILVA SALES; INGRA MORALES CLARO; ANA CAROLINA TERZIAN; DARLAN DA SILVA CANDIDO; SARAH C HILL; JULIEN THÉZÉ; CELESTE TORRES; TATIANA LANG D’AGOSTINI; et al. Genomic detection of a virus lineage replacement event of dengue virus serotype 2 in Brazil, 2019. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 115, p. -, . (15/14313-6, 15/12295-0, 18/14389-0, 16/01735-2, 13/21719-3)
FAHSBENDER, ELIZABETH; DA-COSTA, ANTONIO CHARLYS; GILL, DANIELLE ELISE; MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO DE PADUA; BRUSTULIN, RAFAEL; MONTEIRO, FRED JULIO COSTA; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA SILVA; RIBEIRO, EDCELHA SOARES D'ATHAIDE; SABINO, ESTER CERDEIRA; DELWART, ERIC. Plasma virome of 781 Brazilians with unexplained symptoms of arbovirus infection include a novel parvovirus and densovirus. PLoS One, v. 15, n. 3, . (17/00021-9, 16/01735-2)
CUNHA, MARIANA SEQUETIN; LUCHS, ADRIANA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; PEREIRA DOS SANTOS, FABIANA CRISTINA; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; SOUZA MARINHO, ROBSON DOS SANTOS; WITKIN, STEVEN S.; VILLANOVA, FABIOLA; et al. Detection and characterization of Ilheus and Iguape virus genomes in historical mosquito samples from Southern Brazil. Acta Tropica, v. 205, . (17/00021-9, 16/01735-2)
FERNANDES, LICIA NATAL; COLETTI, THAIS DE MOURA; COSTA MONTEIRO, FRED JULIO; DA SILVA REGO, MARLISSON OCTAVIO; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; SOUZA MARINHO, ROBSON DOS SANTOS; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; WITKIN, STEVEN S.; DENG, XUTAO; et al. A Novel Highly Divergent Strain of Cell Fusing Agent Virus (CFAV) in Mosquitoes from the Brazilian Amazon Region. Viruses-Basel, v. 10, n. 12, . (16/18204-0, 16/01735-2, 17/00021-9)
TINKER, RORY J.; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; TAHMASEBI, ROOZBEH; MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO DE PADUA; DOS SANTOS MORAIS, VANESSA; PANDEY, RAMENDRA PATI; JOSE-ABREGO, ALEXIS; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; CUNHA, MARIANA SEQUETIN; et al. Norovirus strains in patients with acute gastroenteritis in rural and low-income urban areas in northern Brazil. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 166, n. 3, p. 905-913, . (17/00021-9, 15/12944-9, 16/01735-2, 19/21706-5)
AUDREY CILLI; ADRIANA LUCHS; ELCIO LEAL; DANIELLE GILL; FLAVIO AUGUSTO DE PÁDUA MILAGRES; SHIRLEY VASCONCELOS KOMNINAKIS; RAFAEL BRUSTULIN; MARIA DA APARECIDA RODRIGUES TELES; MÁRCIA CRISTINA ALVES BRITO SAYÃO LOBATO; ROGÉRIO TOGISAKI DAS CHAGAS; et al. Human sapovirus GI.2 and GI.3 from children with acute gastroenteritis in northern Brazil. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 114, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
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DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; LEAL, ELCIO; GILL, DANIELLE; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; BRUSTULIN, RAFAEL; RODRIGUES TELES, MARIA DA APARECIDA; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; et al. Discovery of Cucumis melo endornavirus by deep sequencing of human stool samples in Brazil. VIRUS GENES, v. 55, n. 3, p. 332-338, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; COSTA MONTEIRO, FRED JULIO; REGO, MARLISSON OCTAVIO DA S.; D'ATHAIDE RIBEIRO, EDCELHA SOARES; DE CASTRO, DANIELA FUNAYAMA; CASEIRO, MARCOS MONTANI; SOUZA MARINHO, ROBSON DOS SANTOS; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; WITKIN, STEVEN S.; DENG, XUTAO; et al. Detection of RNA-Dependent RNA Polymerase of Hubei Reo-Like Virus 7 by Next-Generation Sequencing in Aedes aegypti and Culex quinquefasciatus Mosquitoes from Brazil. Viruses-Basel, v. 11, n. 2, . (17/00021-9, 16/01735-2)
LEAL, ELCIO; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; DE DEUS ALVES SOARES, CASSIA VITORIA; et al. Recombinant Strains of Human Parechovirus in Rural Areas in the North of Brazil. Viruses-Basel, v. 11, n. 6, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
ROSA, ULISSES ALVES; RIBEIRO, GEOVANI DE OLIVEIRA; VILLANOVA, FABIOLA; LUCHS, ADRIANA; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; TAHMASEBI, ROOZBEH; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; et al. First identification of mammalian orthoreovirus type 3 by gut virome analysis in diarrheic child in Brazil. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
CUNHA, MARIANA SEQUETIN; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; COUTO DE AZEVEDO FERNANDES, NATALIA COELHO; GUERRA, JULIANA MARIOTTI; PEREIRA DOS SANTOS, FABIANA CRISTINA; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; D'AGOSTINO, LEANDRO GUARIGLIA; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; WITKIN, STEVEN S.; RESSIO, RODRIGO ALBERGARIA; et al. Epizootics due to Yellow Fever Virus in Sao Paulo State, Brazil: viral dissemination to new areas (2016-2017). SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, . (17/00021-9, 16/01735-2)
CUNHA, MARIANA SEQUETIN; FARIA, NUNO RODRIGUES; CALEIRO, GIOVANA SANTOS; CANDIDO, DARLAN SILVA; HILL, SARAH C.; CLARO, INGRA MORALES; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; NOGUEIRA, JULIANA SILVA; MAEDA, ADRIANA YURIKA; DA SILVA, FERNANDA GISELE; et al. Genomic evidence of yellow fever virus in Aedes scapularis, southeastern Brazil, 2016. Acta Tropica, v. 205, . (17/00021-9, 18/14389-0, 16/01735-2)
LUCHS, ADRIANA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; CILLI, AUDREY; VASCONCELOS KOMNINAKIS, SHIRLEY CAVALCANTE; COMPAGNOLI CARMONA, RITA DE CASSIA; BOEN, LAIS; MORILLO, SIMONE GUADAGNUCCI; SABINO, ESTER CERDEIRA; SAMPAIO TAVARES TIMENETSKY, MARIA DO CARMO. Spread of the emerging equine-like G3P[8] DS-1-like genetic backbone rotavirus strain in Brazil and identification of potential genetic variants. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 100, n. 1, p. 7-25, . (15/12944-9, 17/00021-9, 16/01735-2)
ARANHA WATANABE, ARIPUANA SAKURADA; LUCHS, ADRIANA; LEAL, ELCIO; DE PADUA MILAGRES, FLAVIO AUGUSTO; KOMNINAKIS, SHIRLEY VASCONCELOS; GILL, DANIELLE ELISE; BRITO SAYAO LOBATO, MARCIA CRISTINA ALVES; BRUSTULIN, RAFAEL; DAS CHAGAS, ROGERIO TOGISAKI; NEVES DOS SANTOS ABRAO, MARIA DE FATIMA; et al. Complete Genome Sequences of Six Human Bocavirus Strains from Patients with Acute Gastroenteritis in the North Region of Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 17, . (15/12944-9, 16/01735-2, 17/00021-9)

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