Novas fronteiras em proteômica estrutural: caracterizando estruturas de proteínas e complexos proteicos por espectrometria de massas

• Processo: 14/17264-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2016
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Fabio Cesar Gozzo
• Beneficiário: Fabio Cesar Gozzo
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Pesquisadores principais: Kleber Gomes Franchini
• Pesquisadores associados: Brenno Amaro Dasilveira Neto ; Leandro Martinez ; Munir Salomao Skaf ; Paulo Costa Carvalho
• Auxílio(s) vinculado(s): 17/14476-8 - EMU concedido no processo 2014/17264-3: sistema nanoUPLC 2D, AP.EMU
• Bolsa(s) vinculada(s): 20/00144-6 - Proteômica estrutural: desenho, síntese e aplicação de agentes de ligação cruzada de nova geração, BP.PD; 19/07961-2 - Implementação, avaliação e aplicação do uso de dados de espectrometria de massas na modelagem de estrutura de proteínas, BP.MS; 18/10209-8 - Bases Moleculares e Estruturais dos Módulos 1, 2 e 4 do Complexo Enzimático Policetídeo Sintase, DEBS, de Saccharopolyspora erythraea, BP.PD; 16/13195-2 - Modelagem da estrutura de proteínas e de complexos protéicos usando dados de espectrometria de massas, BP.DR
• Assunto(s): Espectrometria de massas Modelagem molecular Elementos estruturais de proteínas Proteínas Proteômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Espectrometria de massas | estrutura de proteínas | Modelagem molecular | Proteínas e complexos proteicos | Espectrometria de massas

Resumo

O estudo de interações proteicas é uma importante área de desenvolvimento para se entender as funções das proteínas. No entanto, essa é também uma das áreas de maior dificuldade experimental, devido à inerente complexidade estrutural de proteínas e peptídeos. Os métodos de elucidação estrutural de alta resolução (e.g. difração de raios-X e ressonância magnética nuclear) são hoje os métodos de escolha para esses tipos de estudos. Entretanto, a grande maioria das proteínas e seus respectivos complexos apresentam grandes dificuldades de serem resolvidos por esses métodos, abrindo a possibilidade para se utilizar métodos alternativos na caracterização estrutural de proteínas e seus complexos. Neste sentido, a espectrometria de massas tipo elétron spray (MS) é uma ferramenta muito atrativa devido às suas características intrínsecas, tais como alta sensibilidade e ampla aplicabilidade. Nosso grupo vem desenvolvendo com sucesso expertise na análise de cross-links para proteínas e peptídeos para elucidação estrutural por MS (da Silva et al, 2013, Fioramonte et al., 2012; Santos et al., 2011a; Santos et al., 2011b; Santos et al., 2010; Iglesias et al., 2010; Iglesias et al., 2009). Neste projeto, pretendemos caracterizar estruturas de proteínas, bem como de complexos proteína-proteína e proteína-peptídeo utilizando MS. Esses experimentos serão realizados por determinação de distâncias atômicas utilizando diferentes cross-linkers que permitirão análises de conformações, bem como a determinação de sítios de interação e enovelamentos proteicos. Além dos dados de cross-linking, dados de experimentos de troca H/D e mobilidade iônica serão utilizados para se obter informações a respeito da dinâmica de proteínas e complexos. Diante desses dados, iremos gerar informações novas e relevantes para o entendimento da estrutura de proteínas isoladas e complexadas, o que ainda é uma condição limitante na elucidação da função molecular e celular das proteínas e peptídeos de interesse biológico. (AU)

Publicações científicas

(12)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ADAO, REGINA; ZANPHORLIN, LETICIA M.; LIMA, TATIANI B.; SRIRANGANADANE, DEV; DAHLSTROM, KATHE M.; PINHEIRO, GLAUCIA M. S.; GOZZO, FABIO C.; BARBOSA, LEANDRO R. S.; RAMOS, CARLOS H. I.. Revealing the interaction mode of the highly flexible Sorghum bicolor Hsp70/Hsp90 organizing protein (Hop): A conserved carboxylate clamp confers high affinity binding to Hsp90. JOURNAL OF PROTEOMICS, v. 191, n. SI, p. 191-201, JAN 16 2019. (14/17264-3, 15/15822-1, 12/50161-8)

RASHEED, NADIA; LIMA, TATIANI B.; MERCALDI, GUSTAVO F.; NASCIMENTO, ANDREY F. Z.; SILVA, ANA L. S.; RIGHETTO, GERMANNA L.; BAR-PELED, LIRON; SHEN, KUANG; SABATINI, DAVID M.; GOZZO, FABIO C.; et al. C7orf59/LAMTOR4 phosphorylation and structural flexibility modulate Ragulator assembly. FEBS OPEN BIO, v. 9, n. 9, JULY 2019. (17/21455-7, 14/17264-3, 14/12445-0)

SANTOS, MARLON D. M.; CAMILLO-ANDRADE, AMANDA CAROLINE; KURT, LOUISE U.; CLASEN, MILAN A.; LYRA, EDUARDO; GOZZO, FABIO C.; BATISTA, MICHEL; VALENTE, RICHARD H.; BRUNORO, GISELLE V. F.; BARBOSA, VALMIR C.; et al. Mixed-Data Acquisition: Next-Generation Quantitative Proteomics Data Acquisition. JOURNAL OF PROTEOMICS, v. 222, JUN 30 2020. (14/17264-3)

CLASEN, MILAN A.; KURT, LOUISE U.; SANTOS, MARLON D. M.; LIMA, DIOGO B.; LIU, FAN; GOZZO, FABIO C.; BARBOSA, VALMIR C.; CARVALHO, PAULO C.. Increasing confidence in proteomic spectral deconvolution through mass defect. Bioinformatics, v. 38, n. 22, p. 2-pg., 2022-09-21. (14/50867-3, 14/17264-3)

LIMA, DIOGO B.; MELCHIOR, JOHN T.; MORRIS, JAMIE; BARBOSA, VALMIR C.; CHAMOT-ROOKE, JULIA; FIORAMONTE, MARIANA; SOUZA, TATIANA A. C. B.; FISCHER, JULIANA S. G.; GOZZO, FABIO C.; CARVALHO, PAULO C.; et al. Characterization of homodimer interfaces with cross-linking mass spectrometry and isotopically labeled proteins. Nature Protocols, v. 13, n. 3, p. 431-458, MAR 2018. (14/17264-3, 12/10862-7)

GEWEHR, MAYARA C. F.; TEIXEIRA, ALEXANDRE A. S.; SANTOS, BRUNA A. C.; BIONDO, LUANA A.; GOZZO, FABIO C.; CORDIBELLO, AMANDA M.; EICHLER, ROSANGELA A. S.; RECKZIEGEL, PATRICIA; DA SILVA, RENEE N. O.; DOS SANTOS, NILTON B.; et al. The Relevance of Thimet Oligopeptidase in the Regulation of Energy Metabolism and Diet-Induced Obesity. BIOMOLECULES, v. 10, n. 2, FEB 2020. (14/17264-3, 16/04000-3, 04/04933-2, 15/20657-0)

DOS SANTOS, RICARDO N.; BOTTINO, GUILHERME F.; GOZZO, FABIO C.; MORCOS, FARUCK; MARTINEZ, LEANDRO. Structural complementarity of distance constraints obtained from chemical cross-linking and amino acid coevolution. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 88, n. 4, NOV 2019. (18/14274-9, 10/16947-9, 15/13667-9, 18/24293-0, 13/08293-7, 14/17264-3)

DOS SANTOS, CAMILA RAMOS; DE GIUSEPPE, PRISCILA OLIVEIRA; MOREIRA DE SOUZA, FLAVIO HENRIQUE; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; DOMINGUES, MARIANE NORONHA; SIQUEIRA PIROLLA, RENAN AUGUSTO; HONORATO, RODRIGO VARGAS; COSTA TONOLI, CELISA CALDANA; BUENO DE MORAIS, MARIANA ABRAHAO; DE MATOS MARTINS, VANESA PEIXOTO; et al. The mechanism by which a distinguishing arabinofuranosidase can cope with internal di-substitutions in arabinoxylans. BIOTECHNOLOGY FOR BIOFUELS, v. 11, AUG 11 2018. (13/13309-0, 14/17264-3, 15/26982-0, 14/07135-1)

DOS SANTOS, RICARDO N.; FERRARI, ALLAN J. R.; DE JESUS, HUGO C. R.; GOZZO, FABIO C.; MORCOS, FARUCK; MARTINEZ, LEANDRO. Enhancing protein fold determination by exploring the complementary information of chemical cross-linking and coevolutionary signals. Bioinformatics, v. 34, n. 13, p. 2201-2208, JUL 1 2018. (13/08293-7, 13/05475-7, 16/13195-2, 14/17264-3, 15/13667-9, 10/16947-9)

FIORAMONTE, MARIANA; RAMOS DE JESUS, HUGO CESAR; RAMOS FERRARI, ALLAN JHONATHAN; LIMA, DIOGO BORGES; DREKENER, ROBERTA LOPES; DUARTE CORREIA, CARLOS ROQUE; OLIVEIRA, LUCIANA GONZAGA; DA COSTA NEVES-FERREIRA, ANA GISELE; CARVALHO, PAULO COSTA; GOZZO, FABIO CESAR. XPlex: An Effective, Multiplex Cross-Linking Chemistry for Acidic Residues. Analytical Chemistry, v. 90, n. 10, p. 6043-6050, MAY 15 2018. (14/50249-8, 16/13195-2, 14/17264-3, 12/10862-7, 14/12727-5)

FERRARI, ALLAN J. R.; GOZZO, FABIO C.; MARTINEZ, LEANDRO. Statistical force-field for structural modeling using chemical cross-linking/mass spectrometry distance constraints. Bioinformatics, v. 35, n. 17, p. 3005-3012, SEP 1 2019. (13/08293-7, 13/05475-7, 18/14274-9, 16/13195-2, 14/17264-3, 13/23814-3, 10/16947-9)

ADAO, REGINA; ZANPHORLIN, LETICIA M.; LIMA, TATIANI B.; SRIRANGANADANE, DEV; DAHLSTROM, KATHE M.; PINHEIRO, GLAUCIA M. S.; GOZZO, FABIO C.; BARBOSA, LEANDRO R. S.; RAMOS, CARLOS H. I.. Revealing the interaction mode of the highly flexible Sorghum bicolor Hsp70/Hsp90 organizing protein (Hop): A conserved carboxylate clamp confers high affinity binding to Hsp90. JOURNAL OF PROTEOMICS, v. 191, p. 11-pg., 2019-01-16. (14/17264-3, 12/50161-8, 15/15822-1)

Patente(s) depositada(s) como resultado deste projeto de pesquisa