Auxílio à pesquisa 16/24716-3 - Bacteriologia, Campylobacter coli - BV FAPESP
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Sequenciamento do genoma, transcriptoma e análise fenotípica de linhagens de Campylobacter coli isoladas de diversas fontes no Brasil

Processo: 16/24716-3
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Juliana Pfrimer Falcão
Beneficiário:Juliana Pfrimer Falcão
Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Bacteriologia  Campylobacter coli 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Campylobacter coli | Sequenciamento do genoma completo | Sequenciamento do Transcriptoma | Testes fenotípicos relacionados a virulência | Bacteriologia

Resumo

A campilobacteriose é uma zoonose de distribuição mundial representando um enorme desafio para a saúde e um elevado impacto sócio econômico. As espécies C. coli e C. jejuni são causas comuns de gastroenterite em humanos afetando anualmente cerca de 2,4 milhões de pessoas nos Estados Unidos e estima-se que 9 milhões de pessoas na Europa. Entretanto, pouco se sabe a respeito do processo de patogênese desse gênero bacteriano, e dentre os poucos estudos realizados com esse propósito, até o momento, a grande maioria foi realizado para a espécie C. jejuni. Especificamente no Brasil, o estudo e o isolamento de C. coli não são muito frequentes, o que dificulta avaliar a importância desse patógeno no país. Esse projeto tem como objetivos analisar comparativamente por testes fenotípicos, sequenciamento do genoma e transcriptoma 50 linhagens de C. coli isoladas de humanos, animais, ambiente e alimentos, por 16 anos no país. Serão realizados para todas as linhagens testes fenotípicos de flutuação da temperatura, resistência ao NaCl, stress ácido e oxidativo, invasão à células epiteliais, multiplicação e sobrevivência em macrófagos de humanos (U937) e frangos (HD11) e análise da expressão de transcritos de citocinas inflamatórias em células CACO-2 por RT-qPCR para linhagens que apresentarem resultados significativos diante dos testes acima citados. Será realizado o sequenciamento do genoma total de 50 linhagens de C. coli e o sequenciamento do transcriptoma (RNA-seq) de duas linhagens de C. coli que apresentarem diferenças significativas frente aos testes fenotípicos acima citados. Os RNAs dessas linhagens serão extraídos após os ensaios de tolerância ao stress ácido e invasão a células CACO-2. Ademais, será realizada a determinação da dose letal média (DL50) dessas duas linhagens de C. coli. Devido à escassez de estudos envolvendo a espécie de C. coli, estudos que objetivem a elucidação da patogenicidade, virulência e diversidade genotípica são inéditos e de grande importância. Os resultados a serem obtidos deverão contribuir para uma melhor caracterização de C. coli isolados de diversas fontes durante 16 anos no Brasil, colaborando para um melhor entendimento da diversidade genotípica e fenotípica, patogenicidade e virulência desse patógeno considerado de grande importância mundial. (AU)

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MARTINS IMORI, PRISCILLA FERNANDA; CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, and Yersinia kristensenii Strains from Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 32, . (16/05817-3, 16/24716-3, 13/25191-3)
CAMPIONI, FABIO; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; BERGAMINI, ALZIRA MARIA MORATO; FALCAO, JULIANA PFRIMER. henotypic analyses of Salmonella enterica serovar Enteritidis strains isolated in the pre- and post-epidemic period in Brazi. Brazilian Journal of Microbiology, v. 52, n. 1, SI, . (16/24716-3, 13/25191-3)
SERIBELLI, AMANDA AP.; DA SILVA, PATRICK; DA CRUZ, MARCELO FERREIRA; DE ALMEIDA, FERNANDA; FRAZAO, MILIANE R.; MEDEIROS, MARTA I. C.; RODRIGUES, DALIA DOS P.; KICH, JALUSA D.; DE JESUS BENEVIDES, LEANDRO; SOARES, SIOMAR DE C.; et al. nsights about the epidemiology of Salmonella Typhimurium isolates from different sources in Brazil using comparative genomic. GUT PATHOGENS, v. 13, n. 1, . (16/24716-3, 19/19338-8, 17/06633-6)
GOMES, CAROLINA N.; CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE P.; DUQUE, SHEILA S.; FALCAO, JULIANA P.. Campylobacter coli strains from Brazil can invade phagocytic and epithelial cells and induce IL-8 secretion. Brazilian Journal of Microbiology, v. 52, n. 2, p. 859-867, . (15/23408-0, 16/24716-3)
GOMES, CAROLINA N.; FRAZAO, MILIANE R.; PASSAGLIA, JAQUELINE; DUQUE, SHEILA S.; CAZENTINI MEDEIROS, I, MARTA; FALCAO, JULIANA P.. Molecular Epidemiology and Resistance Profile of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli Strains Isolated from Different Sources in Brazil. MICROBIAL DRUG RESISTANCE, v. 26, n. 12, . (14/13029-0, 16/24716-3)
VILELA, FELIPE PINHEIRO; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; TIBA CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FALCAO, JULIANA PFRIMER; CAMPIONI, FABIO. High similarity and high frequency of virulence genes among Salmonella Dublin strains isolated over a 33-year period in Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, v. 51, n. 2, . (17/05756-7, 19/06947-6, 13/25191-3, 16/24716-3)
CAMPIONI, FABIO; GOMES, CAROLINA N.; BERGAMINI, ALZIRA M. M.; RODRIGUES, DALIA P.; FALCAO, JULIANA P.. Partial Correlation Between Phenotypic and Genotypic Antimicrobial Resistance of Salmonella enterica Serovar Enteritidis Strains from Brazil. MICROBIAL DRUG RESISTANCE, v. 26, n. 12, . (13/25191-3, 16/24716-3)
SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; CRUZ, MARCELO FERREIRA; VILELA, FELIPE PINHEIRO; FRAZAO, MILIANE RODRIGUES; PAZIANI, MARIO H.; ALMEIDA, FERNANDA; CAZENTINI MEDEIROS, MARTA INES; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; VON ZESKA KRESS, MARCIA R.; ALLARD, MARC W.; et al. Phenotypic and genotypic characterization of Salmonella Typhimurium isolates from humans and foods in Brazil. PLoS One, v. 15, n. 8, . (16/24716-3, 17/06633-6)
CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; YIN, LANLAN; ALLARD, MARC; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Whole genome sequencing analyses revealed that Salmonella enterica serovar Dublin strains from Brazil belonged to two predominant clades. SCIENTIFIC REPORTS, v. 12, n. 1, p. 6-pg., . (16/05817-3, 16/24716-3, 13/25191-3, 19/19338-8)
SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; FRAZAO, MILIANE RODRIGUES; GONZALES, JOLIA CUNHA; CAO, GUOJIE; LEON, MARIA SANCHEZ; KICH, JALUSA DEON; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of 20 Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Typhimurium Strains Isolated from Swine in Santa Catarina, Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 16, . (16/24716-3)
CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; MILLER, DANIELA; LEON, MARIA SANCHEZ; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FERNANDES, SUELI APARECIDA; RODRIGUES, DANA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; et al. Draft Genome Sequences of 112 Salmonella enterica Serovar Dublin Strains Isolated from Humans and Animals in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 24, . (17/05756-7, 16/05817-3, 15/10818-6, 16/24716-3, 13/25191-3)
SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; MACHADO RIBEIRO, TAMARA R.; DA SILVA, PATRICK; MARTINS, ISABELA MANCINI; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAZENTINI MEDEIROS, I, MARTA; PERONNI, KAMILA CHAGAS; DA SILVA JUNIOR, WILSON ARAUJO; MOREIRA, CRISTIANO GALLINA; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Salmonella Typhimurium ST313 isolated in Brazil revealed to be more invasive and inflammatory in murine colon compared to ST19 strains. JOURNAL OF MICROBIOLOGY, v. 59, n. 9, . (17/06633-6, 16/12744-2, 19/19338-8, 19/03049-7, 16/24716-3)
VILELA, FELIPE PINHEIRO; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; PAZIANI, MARIO HENRIQUE; BRAZ, VANIA SANTOS; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; VON ZESKA KRESS, MARCIA REGINA; FALCAO, JULIANA PFRIMER; CAMPIONI, FABIO. Virulence traits and expression of bstA, fliC and sopE2 in Salmonella Dublin strains isolated from humans and animals in Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 80, . (13/25191-3, 17/05756-7, 19/06947-6, 16/24716-3)
SERIBELLI, AMANDA AP.; DA SILVA, PATRICK; DA CRUZ, MARCELO FERREIRA; DE ALMEIDA, FERNANDA; FRAZAO, MILIANE R.; MEDEIROS, MARTA I. C.; RODRIGUES, DALIA DOS P.; KICH, JALUSA D.; DE JESUS BENEVIDES, LEANDRO; SOARES, SIOMAR DE C.; et al. Insights about the epidemiology of Salmonella Typhimurium isolates from different sources in Brazil using comparative genomics. GUT PATHOGENS, v. 13, n. 1, p. 15-pg., . (17/06633-6, 16/24716-3, 19/19338-8)
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CAMPIONI, F.; GOMES, C. N.; BERGAMINI, A. M. M.; RODRIGUES, D. P.; TIBA-CASAS, M. R.; FALCAO, J. P.. Comparison of cell invasion, macrophage survival and inflammatory cytokines profiles between Salmonella enterica serovars Enteritidis and Dublin from Brazil. Journal of Applied Microbiology, v. 130, n. 6, . (16/24716-3)
GOMES, CAROLINA N.; PASSAGLIA, JAQUELINE; VILELA, FELIPE P.; PEREIRA DA SILVA, FATIMA M. H. S.; DUQUE, SHEILA S.; FALCAO, JULIANA P.. High survival rates of Campylobacter coli under different stress conditions suggest that more rigorous food control measures might be needed in Brazil. FOOD MICROBIOLOGY, v. 73, p. 327-333, . (15/23408-0, 16/24716-3)
AP SERIBELLI, AMANDA; GONZALES, JULIA C.; DE ALMEIDA, FERNANDA; BENEVIDES, LEANDRO; CAZENTINI MEDEIROS, I, MARTA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; SOARES, SIOMAR DE C.; ALLARD, MARC W.; FALCAO, JULIANA P.. Phylogenetic analysis revealed that Salmonella Typhimurium ST313 isolated from humans and food in Brazil presented a high genomic similarity. Brazilian Journal of Microbiology, v. 51, n. 1, p. 53-64, . (16/24716-3, 17/06633-6)
GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; BARKER, DILLON OLIVER REESE; DUQUE, SHEILA DA SILVA; CHE, EMILY VICTORIA; JAYAMANNA, VASENA; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Campylobacter coli isolated in Brazil typed by core genome Multilocus Sequence Typing shows high genomic diversity in a global context. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 95, . (18/26043-1, 16/24716-3, 15/23408-0, 19/19338-8)
SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; DA SILVA, PATRICK; FRAZAO, MILIANE RODRIGUES; KICH, JALUSA DEON; ALLARD, MARC W.; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Phylogenetic relationship and genomic characterization of Salmonella Typhimurium strains isolated from swine in Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 93, . (16/24716-3, 17/06633-6, 19/19338-8)
BRAZ, VANIA SANTOS; RUEDA FURLAN, JOAO PEDRO; PASSAGLIA, JAQUELINE; FALCAO, JULIANA PFRIMER; STEHLING, ELIANA GUEDES. Genotypic diversity and presence of beta-lactamase encoding genes in Pseudomonas aeruginosa isolated from Brazilian soils. APPLIED SOIL ECOLOGY, v. 129, p. 94-97, . (15/18990-2, 16/24716-3)
FRAZAO, MILIANE RODRIGUES; CAO, GUOJIE; MEDEIROS, MARTA INES CAZENTINI; DUQUE, SHEILA DA SILVA; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Antimicrobial Resistance Profiles and Phylogenetic Analysis ofCampylobacter jejuniStrains Isolated in Brazil by Whole Genome Sequencing. MICROBIAL DRUG RESISTANCE, v. 27, n. 5, p. 660-669, . (14/13029-0, 16/24716-3, 18/06904-2, 19/19338-8)
SERIBELLI, AMANDA APARECIDA; FRAZAO, MILIANE RODRIGUES; GONZALES, JOLIA CUNHA; CAO, GUOJIE; LEON, MARIA SANCHEZ; KICH, JALUSA DEON; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of 20 Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Typhimurium Strains Isolated from Swine in Santa Catarina, Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 16, p. 2-pg., . (16/24716-3)
CAMPIONI, FABIO; VILELA, FELIPE PINHEIRO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; MILLER, DANIELA; LEON, MARIA SANCHEZ; TIBA-CASAS, MONIQUE RIBEIRO; FERNANDES, SUELI APARECIDA; RODRIGUES, DANA DOS PRAZERES; COSTA, RENATA GARCIA; et al. Draft Genome Sequences of 112 Salmonella enterica Serovar Dublin Strains Isolated from Humans and Animals in Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 24, p. 4-pg., . (17/05756-7, 15/10818-6, 16/24716-3, 16/05817-3, 13/25191-3)
MARTINS IMORI, PRISCILLA FERNANDA; CAMPIONI, FABIO; CAO, GUOJIE; KASTANIS, GEORGE; LEON, MARIA SANCHEZ; ALLARD, MARC WILLIAM; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Draft Genome Sequences of Yersinia frederiksenii, Yersinia intermedia, and Yersinia kristensenii Strains from Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 32, p. 2-pg., . (13/25191-3, 16/24716-3, 16/05817-3)
CAMPIONI, FABIO; GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; RODRIGUES, DALIA DOS PRAZERES; BERGAMINI, ALZIRA MARIA MORATO; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Phenotypic analyses of Salmonella enterica serovar Enteritidis strains isolated in the pre- and post-epidemic period in Brazil. Brazilian Journal of Microbiology, v. 52, n. 1, p. 11-pg., . (13/25191-3, 16/24716-3)
GOMES, CAROLINA NOGUEIRA; CAMPIONI, FABIO; BARKER, DILLON OLIVER REESE; CHE, EMILY VICTORIA; DUQUE, SHEILA DA SILVA; TABOADA, EDUARDO NAPOLEON; FALCAO, JULIANA PFRIMER. Antimicrobial resistance genotypes and phenotypes of Campylobacter coli isolated from different sources over a 16-year period in Brazil. JOURNAL OF GLOBAL ANTIMICROBIAL RESISTANCE, v. 33, p. 5-pg., . (22/07013-0, 18/26043-1, 16/24716-3, 19/19338-8, 15/23408-0)

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