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Prospecção de regiões cromossômicas, genes e SNP relacionados à marcha Batida e análise genômica da estrutura populacional em cavalos da raça brasileira Mangalarga Marchador

Processo: 16/19081-9
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de abril de 2017 - 31 de março de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Rogério Abdallah Curi
Beneficiário:Rogério Abdallah Curi
Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Guilherme de Camargo Ferraz ; Henrique Nunes de Oliveira ; Josineudson Augusto Ii de Vasconcelos Silva ; Júlio Cesar de Carvalho Balieiro
Assunto(s):Marcador molecular  Estudo de associação genômica ampla  Equinos 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Arranjo de SNP | equinos | equus caballus | Gwas | marcadores moleculares | Melhoramento Genético de Equinos

Resumo

O DMRT3 tem sido descrito como o principal gene a atuar na determinação do fenótipo da marcha em diversas raças equinas. O alelo A do SNP 22999655C>A do DMRT3 foi apontado como responsável por essa característica. Na raça brasileira Mangalarga Marchador, a qual apresenta dois padrões de marcha com características bem definidas, os genótipos AA e CA foram associados à marcha Picada e o genótipo CC à marcha Batida. Dessa forma, nesta raça o alelo A da marcha foi somente relacionado a um tipo de marcha, a Picada. Em estudo de associação ampla do genoma (GWAS) caso-controle recentemente conduzido na FMVZ, Botucatu-SP e FCAV, Jaboticabal-SP (Unesp), com o Equine SNP70 BeadChip (Illumina, Inc., EUA) na raça Mangalarga Marchador, foi possível demonstrar que ao contrário do que ocorre com a marcha Picada, a marcha Batida parece ser controlada por número maior de genes. Entretanto, devido ao pequeno número de animais (n= 48: n= 28 - marcha Batida; n= 20 - marcha Picada) e a baixa densidade do chip (65.157 SNP) utilizados nessa pesquisa, não foi possível identificar regiões genômicas significativamente associadas à marcha Batida. Com base no exposto, o objetivo inicial desta pesquisa será realizar, a partir de amostra maior de animais e de arranjo de maior densidade, a prospecção de regiões genômicas que contenham possíveis genes e SNP responsáveis pelo fenótipo da marcha Batida na raça Mangalarga Marchador. Como objetivo complementar será analisado o desequilíbrio de ligação (DL) e a partir deste o tamanho efetivo e a ocorrência de assinaturas de seleção recente na raça Mangalarga Marchador. Para atingir os objetivos, serão genotipados com o Axiom Equine Genotyping Array (670.796 SNP: Affymetrix, EUA), 192 equinos (96 marcha Batida e 96 marcha Picada) registrados pelo Serviço de Registro Genealógico da Associação Brasileira dos Criadores do Cavalo Mangalarga Marchador (ABCCMM). Dessa forma, após a realização de processo de imputação entre os genótipos dos animais analisados com os diferentes chips, os estudos populacionais e o GWAS Bayesiano (BayesB) serão conduzidos com 240 animais, sendo 124 de marcha Batida e 116 de marcha Picada. As amostras de sangue dos animais serão coletadas durante a Exposição Nacional da raça, a realizar-se em junho de 2017 na cidade de Belo Horizonte-MG. A presença de irmãos completos será evitada na amostra. (AU)

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Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BUSSIMAN, FERNANDO DE OLIVEIRA; DOS SANTOS, BRUNA APARECIDA; ABREU SILVA, BARBARA DA CONCEICAO; MAMANI MAMANI, GERARDO CORNELIO; GRIGOLETTO, LAIS; PEREIRA, GUILHERME LUIS; FERRAZ, GUILHERME DE CAMARGO; STERMAN FERRAZ, JOSE BENTO; MATTOS, ELISANGELA CHICARONI; ELER, JOANIR PEREIRA; et al. Genome-wide association study: Understanding the genetic basis of the gait type in Brazilian Mangalarga Marchador horses, a preliminary study. LIVESTOCK SCIENCE, v. 231, . (16/17834-0, 16/19081-9)
DOS SANTOS, BRUNA A.; PEREIRA, GUILHERME L.; BUSSIMAN, FERNANDO DE O.; PASCHOAL, VICTORIA R.; DE SOUZA JUNIOR, SERGIO M.; BALIEIRO, JULIO CESAR DE C.; CHARDULO, LUIS ARTUR L.; CURI, ROGERIO A.. Genomic analysis of the population structure in horses of the Brazilian Mangalarga Marchador breed. LIVESTOCK SCIENCE, v. 229, p. 49-55, . (16/19081-9)
SANTOS, WELLINGTON B.; SCHETTINI, GUSTAVO P.; MAIORANO, AMANDA M.; BUSSIMAN, FERNANDO O.; BALIEIRO, JULIO C. C.; FERRAZ, GUILHERME C.; PEREIRA, GUILHERME L.; BALDASSINI, WELDER ANGELO; NETO, OTAVIO R. M.; OLIVEIRA, HENRIQUE N.; et al. Genome-wide scans for signatures of selection in Mangalarga Marchador horses using high-throughput SNP genotyping. BMC Genomics, v. 22, n. 1, . (16/19081-9)
BUSSIMAN, F. O.; DOS SANTOS, B. A.; ABREU SILVA, B. C.; PEREZ, B. C.; PEREIRA, G. L.; CHARDULO, L. A. L.; ELER, J. P.; FERRAZ, J. B. S.; MATTOS, E. C.; CURI, R. A.; et al. Allelic and genotypic frequencies of the DMRT3 gene in the Brazilian horse breed Mangalarga Marchador and their association with types of gait. Genetics and Molecular Research, v. 18, n. 1, . (16/17834-0, 16/19081-9, 14/07566-2)
BIZARRIA DOS SANTOS, WELLINGTON; PIMENTA SCHETTINI, GUSTAVO; FONSECA, MAYARA GONCALVES; PEREIRA, GUILHERME LUIS; LOYOLA CHARDULO, LUIS ARTUR; RODRIGUES MACHADO NETO, OTAVIO; BALDASSINI, WELDER ANGELO; NUNES DE OLIVEIRA, HENRIQUE; ABDALLAH CURI, ROGERIO. Fine-scale estimation of inbreeding rates, runs of homozygosity and genome-wide heterozygosity levels in the Mangalarga Marchador horse breed. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 138, n. 2, p. 161-173, . (16/19081-9)
BUSSIMAN, FERNANDO DE OLIVEIRA; E SILVA, FABYANO FONSECA; BUENO CARVALHO, RACHEL SANTOS; VENTURA, RICARDO VIEIRA; DE OLIVEIRA, HENRIQUE NUNES; ABREU SILVA, BARBARA DA CONCEICAO; FONSECA, MAYARA GONCALVES; DOS SANTOS, BRUNA APARECIDA; PEREIRA, GUILHERME LUIS; ELER, JOANIR PEREIRA; et al. Model comparisons for genetic evaluation of gait type in Mangalarga Marchador horses. LIVESTOCK SCIENCE, v. 239, . (16/17834-0, 16/19081-9)

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