Análise estrutural e estudos de modelagem molecular para ligantes de origem natural e sintética relacionados a doenças negligenciadas

• Processo: 16/24524-7
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de junho de 2017 - 31 de dezembro de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Kathia Maria Honorio
• Beneficiário: Kathia Maria Honorio
• Instituição-sede: Escola de Artes, Ciências e Humanidades (EACH). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Pesq. associados: João Henrique Ghilardi Lago ; Patrícia Rufino Oliveira
• Assunto(s): Análise estrutural Biologia computacional Doenças negligenciadas

Resumo

Doenças negligenciadas são consideradas um sério e crescente problema de saúde pública em países em desenvolvimento devido ao aumento de sua prevalência, morbidade e mortalidade. Sendo assim, este projeto propõe estudos estruturais e de modelagem molecular para conjuntos de ligantes de origem natural e sintética envolvidos em importantes doenças negligenciadas, tais como doença de Chagas e leishmaniose. O principal objetivo desse estudo é entender os fatores moleculares envolvidos durante a interação de ligantes conhecidos e alvos biológicos, assim como planejar novas substâncias bioativas, candidatas a medicamentos para tratar enfermidades como doença de Chagas e leishmaniose. Desta forma, duas abordagens serão empregadas: (1) estudo das relações entre estrutura química e atividade biológica de conjuntos de ligantes com propriedade biológica conhecida, e (2) estudos de acoplamento molecular (docking) e triagem virtual empregando as estruturas de alguns alvos biológicos relacionados a doenças negligenciadas. Para isso, serão utilizadas metodologias computacionais de grande importância no processo de descoberta e desenvolvimento de potenciais ligantes de alvos biológicos de interesse farmacológico. Dentre as metodologias computacionais que serão empregadas ao longo deste projeto, pode-se destacar: (i) métodos de mecânica quântica, utilizados para obtenção de propriedades moleculares; (ii) métodos estatísticos de análise, empregados durante a análise multivariada dos dados; (iii) métodos de acoplamento molecular e triagem virtual, utilizados para avaliar os fatores que governam o processo de interação ligante-receptor biológico. Desta forma, pode-se considerar que o emprego de metodologias computacionais avançadas será de fundamental importância para o planejamento de novos ligantes bioativos, potenciais candidatos ao tratamento de doenças negligenciadas. (AU)

Publicações científicas

(10)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CHIARI, LAISE P. A.; DA SILVA, ALDINEIA P.; DE OLIVEIRA, ALINE A.; LIPINSKI, CELIO F.; HONORIO, KATHIA M.; DA SILVA, ALBERICO B. F. Drug design of new sigma-1 antagonists against neuropathic pain: A QSAR study using partial least squares and artificial neural networks. Journal of Molecular Structure, v. 1223, JAN 5 2021. Citações Web of Science: 0.

SERAFIM, MATEUS SA MAGALHAES; KRONENBERGER, THALES; OLIVEIRA, PATRICIA RUFINO; POSO, ANTTI; HONORIO, KATHIA MARIA; MOTA, BRUNO EDUARDO FERNANDES; MALTAROLLO, VINICIUS GONCALVES. The application of machine learning techniques to innovative antibacterial discovery and development. EXPERT OPINION ON DRUG DISCOVERY, v. 15, n. 10 JUN 2020. Citações Web of Science: 0.

ALMEIDA, MICHELL O.; FARIA, SERGIO H. D. M.; HONORIO, KATHIA M. An electronic point of view on the inhibition of ALK-5 by bioactive candidates related to cancer. THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS, v. 139, n. 5 MAY 6 2020. Citações Web of Science: 0.

DO CARMO, ALINE LAGOEIRO; BETTANIN, FERNANDA; ALMEIDA, MICHELL ALMEIDA; PANTALEAO, SIMONE QUEIROZ; RODRIGUES, TIAGO; HOMEM-DE-MELLO, PAULA; HONORIO, KATHIA MARIA. Competition Between Phenothiazines and BH3 Peptide for the Binding Site of the Antiapoptotic BCL-2 Protein. FRONTIERS IN CHEMISTRY, v. 8, APR 3 2020. Citações Web of Science: 0.

ARAUJO, SHEILA C.; MALTAROLLO, VINICIUS G.; ALMEIDA, MICHELL O.; FERREIRA, LEONARDO L. G.; ANDRICOPULO, ADRIANO D.; HONORIO, KATHIA M. Structure-Based Virtual Screening, Molecular Dynamics and Binding Free Energy Calculations of Hit Candidates as ALK-5 Inhibitors. Molecules, v. 25, n. 2 JAN 2 2020. Citações Web of Science: 0.

ALVES, KRISNNA M. A.; BONFIM CARDOSO, FABIO JOSE; HONORIO, KATHIA M.; DE MOLFETTA, FABIO A. Design of Inhibitors for Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase (GAPDH) Enzyme of Leishmania mexicana. Medicinal Chemistry, v. 16, n. 6, p. 784-795, 2020. Citações Web of Science: 0.

PANTALEAO, SIMONE QUEIROZ; PHILOT, ERIC ALLISON; ALMEIDA, MICHELL DE OLIVEIRA; LIMA, ANGELICA NAKAGAWA; DE SAIRRE, MIRELA INES; SCOTT, ANA LIGIA; HONORIO, KATHIA MARIA. Integrated Protocol to Design Potential Inhibitors of Dipeptidyl Peptidase-4 (DPP-4). CURRENT TOPICS IN MEDICINAL CHEMISTRY, v. 20, n. 3, p. 209-226, 2020. Citações Web of Science: 1.

LIPINSKI, CELIO F.; MALTAROLLO, VINICIUS G.; OLIVEIRA, PATRICIA R.; DA SILVA, ALBERICO B. F.; HONORIO, KATHIA MARIA. Advances and Perspectives in Applying Deep Learning for Drug Design and Discovery. FRONTIERS IN ROBOTICS AND AI, v. 6, NOV 5 2019. Citações Web of Science: 0.

FERREIRA, DAIANE D.; SOUSA, FERNANDA S.; COSTA-SILVA, THAIS A.; REIMAO, JULIANA Q.; TORRECILHAS, ANA C.; JOHNS, DEIDRE M.; SEAR, CLAIRE E.; HONORIO, KATHIA M.; LAGO, JOAO HENRIQUE G.; ANDERSON, EDWARD A.; TEMPONE, ANDRE G. Dehydrodieugenol B derivatives as antiparasitic agents: Synthesis and biological activity against Trypanosoma cruzi. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, v. 176, p. 162-174, AUG 15 2019. Citações Web of Science: 2.

DE ANGELO, RAFAELA MOLINA; ALMEIDA, MICHELL DE OLIVEIRA; DE PAULA, HEBERTH; HONORIO, KATHIA MARIA. Studies on the Dual Activity of EGFR and HER-2 Inhibitors Using Structure-Based Drug Design Techniques. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 19, n. 12 DEC 2018. Citações Web of Science: 1.