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Análise estrutural e estudos de modelagem molecular para ligantes de origem natural e sintética relacionados a doenças negligenciadas

Processo: 16/24524-7
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de junho de 2017 - 31 de dezembro de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Kathia Maria Honorio
Beneficiário:Kathia Maria Honorio
Instituição Sede: Escola de Artes, Ciências e Humanidades (EACH). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados:João Henrique Ghilardi Lago ; Patrícia Rufino Oliveira
Assunto(s):Análise estrutural  Biologia computacional  Doenças negligenciadas 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Analise Estrutural | doenças negligenciadas | Interações ligante-alvo biológico | Bioinformática

Resumo

Doenças negligenciadas são consideradas um sério e crescente problema de saúde pública em países em desenvolvimento devido ao aumento de sua prevalência, morbidade e mortalidade. Sendo assim, este projeto propõe estudos estruturais e de modelagem molecular para conjuntos de ligantes de origem natural e sintética envolvidos em importantes doenças negligenciadas, tais como doença de Chagas e leishmaniose. O principal objetivo desse estudo é entender os fatores moleculares envolvidos durante a interação de ligantes conhecidos e alvos biológicos, assim como planejar novas substâncias bioativas, candidatas a medicamentos para tratar enfermidades como doença de Chagas e leishmaniose. Desta forma, duas abordagens serão empregadas: (1) estudo das relações entre estrutura química e atividade biológica de conjuntos de ligantes com propriedade biológica conhecida, e (2) estudos de acoplamento molecular (docking) e triagem virtual empregando as estruturas de alguns alvos biológicos relacionados a doenças negligenciadas. Para isso, serão utilizadas metodologias computacionais de grande importância no processo de descoberta e desenvolvimento de potenciais ligantes de alvos biológicos de interesse farmacológico. Dentre as metodologias computacionais que serão empregadas ao longo deste projeto, pode-se destacar: (i) métodos de mecânica quântica, utilizados para obtenção de propriedades moleculares; (ii) métodos estatísticos de análise, empregados durante a análise multivariada dos dados; (iii) métodos de acoplamento molecular e triagem virtual, utilizados para avaliar os fatores que governam o processo de interação ligante-receptor biológico. Desta forma, pode-se considerar que o emprego de metodologias computacionais avançadas será de fundamental importância para o planejamento de novos ligantes bioativos, potenciais candidatos ao tratamento de doenças negligenciadas. (AU)

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Publicações científicas (20)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE ANGELO, RAFAELA MOLINA; ALMEIDA, MICHELL DE OLIVEIRA; DE PAULA, HEBERTH; HONORIO, KATHIA MARIA. Studies on the Dual Activity of EGFR and HER-2 Inhibitors Using Structure-Based Drug Design Techniques. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 19, n. 12, . (16/24524-7, 18/06680-7, 16/18840-3)
DO CARMO, ALINE LAGOEIRO; BETTANIN, FERNANDA; ALMEIDA, MICHELL ALMEIDA; PANTALEAO, SIMONE QUEIROZ; RODRIGUES, TIAGO; HOMEM-DE-MELLO, PAULA; HONORIO, KATHIA MARIA. Competition Between Phenothiazines and BH3 Peptide for the Binding Site of the Antiapoptotic BCL-2 Protein. FRONTIERS IN CHEMISTRY, v. 8, . (06/00995-9, 16/07367-5, 17/23416-9, 16/24524-7, 17/10118-0)
DA SILVA, ALDINEIA P.; CHIARI, LAISE P. A.; GUIMARAES, AMANDA R.; HONORIO, KATHIA M.; DA SILVA, ALBERICO B. F.. New D2R partial agonist candidates: an in silico approach from statistical models, molecular docking, and ADME/Tox properties. STRUCTURAL CHEMISTRY, . (16/24524-7, 13/07375-0)
DA SILVA, ALDINEIA P.; CHIARI, LAISE P. A.; GUIMARAES, AMANDA R.; HONORIO, KATHIA M.; DA SILVA, ALBERICO B. F.. New D2R partial agonist candidates: an in silico approach from statistical models, molecular docking, and ADME/Tox properties. STRUCTURAL CHEMISTRY, v. 32, n. 5, p. 2019-2033, . (16/24524-7, 13/07375-0)
ARAUJO, SHEILA CRUZ; DE ANGELO, RAFAELA MOLINA; BARBOSA, HENRIQUE; COSTA-SILVA, THAIS ALVES; TEMPONE, ANDRE GUSTAVO; LAGO, JOAO HENRIQUE GHILARDI; HONORIO, KATHIA MARIA. Identification of inhibitors as drug candidates against Chagas disease. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, v. 248, p. 17-pg., . (21/02789-7, 16/24524-7)
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FERREIRA, DAIANE D.; SOUSA, FERNANDA S.; COSTA-SILVA, THAIS A.; REIMAO, JULIANA Q.; TORRECILHAS, ANA C.; JOHNS, DEIDRE M.; SEAR, CLAIRE E.; HONORIO, KATHIA M.; LAGO, JOAO HENRIQUE G.; ANDERSON, EDWARD A.; et al. Dehydrodieugenol B derivatives as antiparasitic agents: Synthesis and biological activity against Trypanosoma cruzi. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, v. 176, p. 162-174, . (15/50075-2, 18/10279-6, 18/07885-1, 16/24524-7)
RIBEIRO, RAYSSA; ELOY, MARIANA A.; FRANCISCO, CARLA S.; JAVARINI, CLARA L.; AYUSSO, GABRIELA M.; FONSECA, VICTOR DA ROCHA; ROMAO, WANDERSON; REGASINI, LUIS O.; ARAUJO, SHEILA C.; ALMEIDA, MICHELL O.; et al. lavonoid Derivatives Targeting BCR-ABL Kinase: Semisynthesis, Molecular Dynamic Simulations and Enzymatic Inhibitio. CURRENT TOPICS IN MEDICINAL CHEMISTRY, v. 21, n. 22, p. 1999-2017, . (17/10118-0, 16/24524-7)
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SERAFIM, MATEUS SA MAGALHAES; KRONENBERGER, THALES; OLIVEIRA, PATRICIA RUFINO; POSO, ANTTI; HONORIO, KATHIA MARIA; MOTA, BRUNO EDUARDO FERNANDES; MALTAROLLO, VINICIUS GONCALVES. The application of machine learning techniques to innovative antibacterial discovery and development. EXPERT OPINION ON DRUG DISCOVERY, v. 15, n. 10, . (16/24524-7, 17/10118-0)
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PANTALEAO, SIMONE QUEIROZ; PHILOT, ERIC ALLISON; ALMEIDA, MICHELL DE OLIVEIRA; LIMA, ANGELICA NAKAGAWA; DE SAIRRE, MIRELA INES; SCOTT, ANA LIGIA; HONORIO, KATHIA MARIA. Integrated Protocol to Design Potential Inhibitors of Dipeptidyl Peptidase-4 (DPP-4). CURRENT TOPICS IN MEDICINAL CHEMISTRY, v. 20, n. 3, p. 209-226, . (16/18045-9, 16/24524-7, 17/10118-0, 15/20314-5)
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LIPINSKI, CELIO F.; MALTAROLLO, VINICIUS G.; OLIVEIRA, PATRICIA R.; DA SILVA, ALBERICO B. F.; HONORIO, KATHIA MARIA. Advances and Perspectives in Applying Deep Learning for Drug Design and Discovery. FRONTIERS IN ROBOTICS AND AI, v. 6, . (16/24524-7, 16/18840-3)
DO CARMO, ALINE LAGOEIRO; BETTANIN, FERNANDA; ALMEIDA, MICHELL ALMEIDA; PANTALEAO, SIMONE QUEIROZ; RODRIGUES, TIAGO; HOMEM-DE-MELLO, PAULA; HONORIO, KATHIA MARIA. Competition Between Phenothiazines and BH3 Peptide for the Binding Site of the Antiapoptotic BCL-2 Protein. RONTIERS IN CHEMISTR, v. 8, p. 13-pg., . (17/23416-9, 16/07367-5, 17/10118-0, 06/00995-9, 16/24524-7)
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SANTOS, GENISSON R.; CHIARI, LAISE P. A.; DA SILVA, ALDINEIA P.; LIPINSKI, CELIO F.; OLIVEIRA, ALINE A.; HONORIO, KATHIA M.; DE SOUSA, ALEXSANDRO GAMA; DA SILVA, ALBERICO B. F.. A partial least squares and artificial neural network study for a series of arylpiperazines as antidepressant agents. Journal of Molecular Modeling, v. 27, n. 10, . (17/10118-0, 18/06680-7, 13/07375-0, 16/24524-7)

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