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Desenvolvimento e aplicação de campo de força coarse-graining em sistemas auto-organizados

Resumo

Modelagem molecular é uma importante ferramenta para avaliar processos e mecanismos em nível nanoscópico, auxiliando a compreensão dos fenômenos envolvidos e interpretação de dados experimentais. Procura-se aumentar a potencialidade desta técnica via descrição melhorada do comportamento molecular, ou seja, há um constante interesse no desenvolvimento de campos de força que reproduzam detalhadamente o que ocorre experimentalmente. Por outro lado, tem-se aliado a este interesse a busca por modelos simplificados (coarse-grained) que contenham um número menor sítios de interação ou descritos por potenciais efetivos, visando abranger maiores escalas espaços-temporais. Este projeto pretende desenvolver e/ou adaptar um campo de força coarse-grained (ELBA) para sistemas auto-organizados (p.e., biomembranas, peptídeos, copolímeros, surfatantes) de forma que as simulações reproduzam consistentemente as interações eletrostáticas e de Van der Waals e, conseqüentemente, reproduzam os fenômenos de interesse de forma inequívoca. As simulações com campos de força coarse-grained auxiliarão na interpretação de resultados experimentais. (AU)

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Modelo computacional pode ajudar a otimizar baterias de íons de sódio 
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Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE SOUZA, R. M.; RATOCHINSKI, R. H.; KARTTUNEN, MIKKO; DIAS, L. G. Self-Assembly of Phosphocholine Derivatives Using the ELBA Coarse-Grained Model: Micelles, Bicelles, and Reverse Micelles. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 522-536, FEB 2020. Citações Web of Science: 1.
FREITAS, ADILSON A.; SHIMIZU, KARINA; DIAS, LUIS G.; QUINA, FRANK H. Computational insights into substituent effects on the stability and reactivity of flavylium cation analogs of anthocyanins. ARKIVOC, n. 2, p. 146+, 2020. Citações Web of Science: 0.
HABENSCHUS, MAISA DANIELA; NARDINI, VIVIANI; DIAS, LUIS GUSTAVO; ROCHA, BRUNO ALVES; BARBOSA, JR., FERNANDO; MORAES DE OLIVEIRA, ANDERSON RODRIGO. In vitro enantioselective study of the toxicokinetic effects of chiral fungicide tebuconazole in human liver microsomes. ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY, v. 181, p. 96-105, OCT 15 2019. Citações Web of Science: 1.
ALVES, NELSON A.; DIAS, LUIS G.; FRIGORI, RAFAEL B. Synergistic long-range effects of mutations underlie aggregation propensities of amylin analogues. Journal of Molecular Modeling, v. 25, n. 9 SEP 2019. Citações Web of Science: 0.
FONSECA, FRANCIELE S.; CARRAO, DANIEL B.; DE ALBUQUERQUE, NAYARA C. P.; NARDINI, VIVIANI; DIAS, LUIS G.; DA SILVA, RODRIGO M.; LOPES, NORBERTO P.; DE OLIVEIRA, ANDERSON R. M. Myclobutanil enantioselective risk assessment in humans through in vitro CYP450 reactions: Metabolism and inhibition studies. Food and Chemical Toxicology, v. 128, p. 202-211, JUN 2019. Citações Web of Science: 4.
SIANI, P.; KHANDELIA, H.; ORSI, M.; DIAS, L. G. Parameterization of a coarse-grained model of cholesterol with point-dipole electrostatics. Journal of Computer-Aided Molecular Design, v. 32, n. 11, p. 1259-1271, NOV 2018. Citações Web of Science: 1.

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