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Leishmaniose visceral: abordagens genômicas para análise molecular integrada do hospedeiro e do parasito

Processo: 16/20258-0
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
Vigência: 01 de julho de 2017 - 31 de outubro de 2023
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Parasitologia
Pesquisador responsável:Sandra Regina Costa Maruyama
Beneficiário:Sandra Regina Costa Maruyama
Instituição Sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Anderson Ferreira da Cunha ; Felipe Roberti Teixeira ; Iran Malavazi ; João Santana da Silva
Bolsa(s) vinculada(s):22/01525-9 - Ferramentas e técnicas para manipulação de ácidos nucleicos em amostras de leishmaniose visceral., BP.TT
21/14615-3 - Treinamento Técnico em "Leishmaniose Visceral: Abordagens genômicas para análise molecular integrada do hospedeiro e do parasito", BP.TT
21/12464-8 - Desenvolvimento de ferramentas moleculares para o estudo de parasitas emergentes em Leishmaniose Visceral, BP.DD
+ mais bolsas vinculadas 21/10358-6 - Análise genômica de parasitos da subfamília Leishmaniinae isolados de casos de Leishmaniose visceral humana, BP.IC
20/14011-8 - Caracterização fenotípica e análise genômica de parasitos Crithidia-like obtidos de pacientes diagnosticados com Leishmaniose Visceral, BP.DD
19/24764-6 - Ferramentas e técnicas para manipulação de ácidos nucléicos em amostras de leishmaniose visceral, BP.TT
19/07718-0 - Ferramentas e técnicas para manipulação de ácidos nucleicos em amostras de leishmaniose visceral., BP.TT
19/03095-9 - Triagem de isolados clínicos de Leishmania sp. para sequenciamento genômico, BP.MS
18/26799-9 - Caracterização fenotípica e análise genômica de parasitos Crithidia-like obtidos de pacientes diagnosticados com leishmaniose visceral, BP.MS
18/05767-1 - Ferramentas e técnicas para manipulação de ácidos nucléicos em amostras de Leishmaniose Visceral, BP.TT
17/24914-2 - Ferramentas e técnicas para manipulação de ácidos nucléicos em amostras de leishmaniose visceral, BP.TT
17/16328-6 - Leishmaniose Visceral: abordagens genômicas para análise molecular integrada do hospedeiro e do parasito., BP.JP - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Genômica comparativa  Genômica funcional  Leishmania infantum  Leishmaniose visceral  Análise de sequência de DNA  Análise de sequência de RNA 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Comparative Genomics | Functional genomics | leishmania infantum | RNA-seq | Visceral Leishmaniasis | Whole-genome sequencing | Interação parasita/hospedeiro

Resumo

No Brasil, a leishmaniose visceral (LV) é causada pelo protozoário Leishmania infantum, cuja patologia apresenta-se de modo disseminado, crônico e potencialmente fatal. Entretanto, um fato interessante na LV é que a maioria dos indivíduos infectados permanecem assintomáticos. Sabe-se que fatores inerentes ao hospedeiro e ao parasito contribuem para o desenvolvimento da doença, mas quais e como esses fatores controlam a evolução da infecção para formas assintomáticas, brandas ou graves permanecem pouco elucidados. Diante disso, acreditamos que uma análise molecular comparativa de leucócitos de pacientes com a doença ativa, tratados (curados), assintomáticos e indivíduos saudáveis, bem como do genoma do parasito isolado de pacientes com formas brandas ou graves, refratários ou não ao tratamento convencional fornecerá dados e insights para elucidar os mecanismos da interação parasito/hospedeiro que permeiam as diferentes consequências da infecção. Assim, esse projeto tem por objetivo desenvolver uma análise molecular integrada da LV por meio da genômica funcional (RNA-seq) do hospedeiro e da genômica estrutural e comparativa do parasito (WGS, whole-genome sequencing), ambas confluindo para integração de dados que sejam úteis como novos alvos terapêuticos e de drogas. Nossos resultados preliminares de RNA-seq de leucócitos de pacientes com LV e de WGS de isolados clínicos de L. infantum mostram que esta proposta além de inovadora é altamente promissora. Por meio de análise de RNA-seq de leucócitos de sangue de pacientes com a LV antes e após o tratamento, indivíduos assintomáticos e indivíduos saudáveis identificaremos assinaturas transcricionais (genes e RNAs não codificantes) relacionadas à imunopatogênese da LV. O dual RNA-seq permitirá identificar transcritos de Leishmania a partir do transcriptoma dessas amostras. Para complementar esse perfil de assinaturas transcricionais do hospedeiro, também pretendemos desenvolver uma metodologia de estimulação antigênica de sangue total para análise de RNA-seq. A genômica estrutural de mais isolados clínicos por WGS identificará a ploidia e somia cromossômica, bem como as variantes genéticas (CNVs e SNPs). Na análise de genômica comparativa identificaremos genes e/ou regiões genômicas de L. infantum associadas à gravidade da doença e à resistência aos quimioterápicos convencionais; essa análise também fornecerá grande contribuição para a biologia das linhagens brasileiras do parasito. Por fim, em consonância com o propósito da modalidade JP/FAPESP, este projeto visa estabelecer uma nova linha de pesquisa no Departamento de Genética e Evolução (DGE) do CCBS/UFSCar, completamente inédita, já que nenhuma das linhas de pesquisa do DGE estuda qualquer aspecto das leishmanioses. (AU)

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Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MARUYAMA, SANDRA REGINA; ROGERIO, LUANA APARECIDA; FREITAS, PATRICIA DOMINGUES; GERALDES TEIXEIRA, MARTA MARIA; CHAVES RIBEIRO, JOSE MARCOS. Total Ortholog Median Matrix as an alternative unsupervised approach for phylogenomics based on evolutionary distance between protein coding genes. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, . (16/20258-0, 17/16328-6, 18/26799-9)
TAKAMIYA, NAYORE TAMIE; ROGERIO, LUANA APARECIDA; TORRES, CAROLINE; LEONEL, JOAO AUGUSTO FRANCO; VIOTI, GEOVANNA; OLIVEIRA, TRICIA MARIA FERREIRA DE SOUSA; VALERIANO, KAROLINE CAMILA; PORCINO, GABRIANE NASCIMENTO; SANTOS, ISABEL KINNEY FERREIRA DE MIRANDA; COSTA, CARLOS H. N.; et al. Parasite Detection in Visceral Leishmaniasis Samples by Dye-Based qPCR Using New Gene Targets of Leishmania infantum and Crithidia. TROPICAL MEDICINE AND INFECTIOUS DISEASE, v. 8, n. 8, p. 25-pg., . (21/12464-8, 16/18527-3, 18/26799-9, 19/19789-0, 16/20258-0, 21/10358-6, 20/15771-6, 20/14011-8, 17/16328-6)
ROGERIO, LUANA APARECIDA; TAKAHASHI, TALITA YURI; CARDOSO, LURIA; TAKAMIYA, NAYORE TAMIE; DE MELO, ENALDO VIEIRA; DE JESUS, AMELIA RIBEIRO; DE OLIVEIRA, FABRICIA ALVISI; FORRESTER, SARAH; JEFFARES, DANIEL C.; RIBEIRO, JOSE MARCOS; et al. Co-infection of Leishmania infantum and a Crithidia- related species in a case of refractory relapsed visceral leishmaniasis with non-ulcerated cutaneous manifestation in Brazil. INTERNATIONAL JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, v. 133, p. 4-pg., . (21/12464-8, 19/03095-9, 19/12142-0, 16/20258-0, 20/14011-8, 17/16328-6)
GOMES, ELLEN; ROGERIO, LUANA APARECIDA; TAKAMIYA, NAYORE TAMIE; TORRES, CAROLINE; DA SILVA, JOAO SANTANA; ALMEIDA, ROQUE PACHECO; MARUYAMA, SANDRA REGINA. Dataset of dual RNA-seq mapping in visceral leishmaniasis: Inquiry on parasite transcripts in human blood transcriptome upon Leishmania infantum infection. DATA IN BRIEF, v. 46, p. 7-pg., . (16/20258-0, 17/16328-6, 21/12464-8, 22/01525-9, 20/14011-8, 13/08216-2, 21/10358-6)
MARUYAMA, SANDRA R.; DE SANTANA, ALYNNE K. M.; TAKAMIYA, NAYORE T.; TAKAHASHI, TALITA Y.; ROGERIO, LUANA A.; OLIVEIRA, CAIO A. B.; MILANEZI, CRISTIANE M.; TROMBELA, VIVIANE A.; CRUZ, ANGELA K.; JESUS, AMELIA R.; et al. Non-Leishmania Parasite in Fatal Visceral Leishmaniasis Like Disease, Brazil. Emerging Infectious Diseases, v. 25, n. 11, p. 2088-2092, . (18/05767-1, 18/26799-9, 13/08216-2, 16/20258-0, 17/16328-6, 19/03095-9)
DOS PASSOS, PATRICIA M. S.; SPAGNOL, VALENTINE; DE CORREIA, CAMILA R. S. T. B.; TEIXEIRA, FELIPE R.. Evaluation of Substrate Ubiquitylation by E3 Ubiquitin-ligase in Mammalian Cell Lysates. JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS, v. N/A, n. 183, p. 11-pg., . (20/15771-6, 16/20258-0)

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