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Em tempo real, rápida detecção e sequenciamento de arbovírus no Brasil: Zika, dengue, Chikungunya e febre amarela

Processo: 17/08012-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de novembro de 2017 - 31 de outubro de 2019
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Convênio/Acordo: University of Birmingham
Pesquisador responsável:Ester Cerdeira Sabino
Beneficiário:Ester Cerdeira Sabino
Pesq. responsável no exterior: Nicholas Loman
Instituição no exterior: University of Birmingham, Inglaterra
Instituição-sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Doenças negligenciadas  Arbovirus 

Resumo

As infecções por arbovírus no Brasil, incluindo Zika, chikungunya, dengue e febre amarela, resultam em consideráveis morbidades e mortalidades e ainda, preocupações de saúde pública. No entanto, a nossa compreensão destes surtos é dificultada pela disponibilidade limitada de dados de vigilância epidemiológica. Tipicamente, estes dados são gerados por ensaios de diagnóstico molecular que são caros e carecem de especificidade. Consequentemente, temos uma compreensão limitada das interações entre arbovírus em populações humanas e de mosquitos no Brasil, como demonstrado pelo vírus Zika no Brasil, onde a detecção foi adiada pelo menos um ano após o início do surto. Recentemente fomos pioneiros de uma nova abordagem para a vigilância de arboviroses utilizando um sequenciador portátil, que utiliza tecnologia nanopore para sequenciamento em tempo real - a chamada "epidemiologia genômica".Isso permite uma detecção sensível e atribuição em genótipos virais. No entanto, atualmente, os custos e a complexidade dessa poderosa técnica (cerca de US $ 100) atualmente impedem sua utilização como uma ferramenta de vigilância de rotina em ambientes de laboratório de pesquisa e de saúde pública. Nesta proposta pretendemos resolver três problemas prementes com o sequenciamento portátil para detecção de arbovírus. Esta proposta irá continuar uma colaboração altamente produtiva entre a Universidade de São Paulo, a Universidade de Birmingham e a Universidade de Nottingham, que já resultou em publicações de alto impacto na revista Nature e Nature Protocols (Faria et al., 2017, Quick et al . 2017). Por meio do treinamento da aluna Ingra Morales, uma jovem pesquisadora de talento, durante uma visita de pesquisa de três meses no Reino Unido e depois aplicando os resultados desta pesquisa a coleções de amostras de alta qualidade existentes na Universidade de São Paulo, este projeto terá um impacto imediato sobre a vigilância de arbovírus no Brasil e nossa compreensão deste urgente problema de saúde pública. (AU)