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Modulação ampla da expressão gênica por variações do número de cópias em músculo esquelético

Processo: 18/02873-5
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Vigência: 01 de abril de 2018 - 30 de setembro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Luciana Correia de Almeida Regitano
Beneficiário:Luciana Correia de Almeida Regitano
Instituição-sede: Pecuária Sudeste. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Brasil). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Gado Nelore  Genômica funcional  Bos taurus indicus  Regulação da expressão gênica 

Resumo

A variação do número de cópias (CNV) é um desvio freqüentemente observado do estado diploide devido à duplicação ou exclusão de regiões genômicas. Embora intensamente analisados quanto à associação com doenças e traços de produção, os mecanismos específicos e a extensão pela qual tais variações afetam o fenótipo são incompletamente compreendidas. Apresentamos um estudo integrativo sobre a expressão de genes CNV e genoma em bovinos brasileiros Bos indicus. Analisamos CNVs inferidos a partir de dados de chip de SNP para efeitos na expressão de genes medidos com RNA-seq em amostras de músculo esquelético de 183 novilhos. Os efeitos locais, onde as alterações de expressão coincidiram com CNVs nos respectivos genes, foram restritos a genes do sistema imune. Os efeitos distantes foram atribuídos a várias CNV de alto impacto que modulavam a expressão remota de uma forma orquestrada e entrelaçada. Essas CNVs estavam localizadas na proximidade dos principais reguladores da via do músculo esquelético e os genes associados foram enriquecidos por proteólise, autofagia e desenvolvimento da estrutura muscular. A partir da análise de associação entre CNVs e vários traços de qualidade e produção de carne, encontramos que os efeitos de expressão associados à CNV se manifestam também ao nível do fenótipo. Com base na sequência do genoma de fundadores da população, demonstramos que os CNVs com impacto na expressão são passados de uma geração para outra. (AU)