Amando o veneno: bases moleculares do metabolismo e toxicidade do conservante de alimentos de ampla utilização, propionato, em Pseudomonas aeruginosa

• Processo: 17/50116-6
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2020
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
• Acordo de Cooperação: BBSRC, UKRI
• Pesquisador responsável: Rafael Silva Rocha
• Beneficiário: Rafael Silva Rocha
• Pesquisador Responsável no exterior: Martin Welch
• Instituição Parceira no exterior: University of Cambridge, Inglaterra
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Proteômica Transcriptômica Metabolômica Análise de sequência de RNA Propionatos Anti-infecciosos Pseudomonas aeruginosa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Antimicrobial Development | Gene Regulatory Networks | Metabolomics Proteomics | Opportunistic Human Pathogen | Propionate Metabolism | Rna Seq
• Publicação FAPESP: https://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/fapesp_uk_J0d6Hwe_70_70.pdf

Resumo

Iremos investigar como Pseudomonas aeruginosa PA01 tipo selvagem catabolisa propionato (em comparação com um substrato controle succinato). Isso será feito através da integração de dados obtidos mediante análise transcriptômica (RNA-seq), metabolômica (1N NMR, GC-MS/MS e LC-MS) e proteômica (iTRAQ). O grupo do Dr. Welch possui expertise em RNA-seq, análises proteômicas e metabolômicas, enquanto o grupo do Dr. Silva-Rocha possui experiência na integração de dados, análise metabólica ao nível genômico e análise de redes regulatórias, fazendo desta colaboração uma excelente complementação de abordagens, sendo assim capaz de adicionar um grande valor ao projeto proposto. De maneira específica, usaremos dados de RNA-seq (obtidos no Brasil e em UK) e análises proteômica (UK) para identificar quais vias são expressas durante o crescimento da linhagem selvagem em meio mínimo contendo propinado ou succinato como fonte de carbono. Em paralelo, um modelo metabólico a escala genômica será construído (Brasil) baseado em dados do PseudoCyc e KEGG. Os dados de transcriptômica e proteômica serão utilizados para confirmar a dinâmica das vias estudadas e para "curar" o modelo. Novas interações candidatas serão testadas através dos ensaios fenotípicos feitos com mutantes existentes no banco de mutantes de PA existentes (UK). Confirmações adicionais serão realizadas mediante análises dos perfis metabólicos (UK) para investigar metabólicos chaves. Em geral, esperamos gerar um modelo robusto que permita predizer a arquitetura global e dinâmica do metabolismo de ácidos graxos de cadeia curta em PA. Cabe ressaltar que o metabolismo desses compostos vem sendo negligenciado em modelos anteriores do metabolismo de PA. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Unraveling the Complex Interplay of Fis and IHF Through Synthetic Promoter Engineering. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, JUN 18 2020. (18/04810-0, 12/22921-8, 16/05472-6, 16/19179-9, 17/50116-6)