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Amando o veneno: bases moleculares do metabolismo e toxicidade do conservante de alimentos de ampla utilização, propionato, em Pseudomonas aeruginosa

Processo: 17/50116-6
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de abril de 2018 - 31 de março de 2020
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
Convênio/Acordo: BBSRC, UKRI
Pesquisador responsável:Rafael Silva Rocha
Beneficiário:Rafael Silva Rocha
Pesq. responsável no exterior: Martin Welch
Instituição no exterior: University of Cambridge, Inglaterra
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Proteômica  Transcriptômica  Metabolômica  Análise de sequência de RNA  Propionatos  Anti-infecciosos  Pseudomonas aeruginosa 
Publicação FAPESP:https://media.fapesp.br/bv/uploads/pdfs/fapesp_uk_J0d6Hwe_70_70.pdf

Resumo

Iremos investigar como Pseudomonas aeruginosa PA01 tipo selvagem catabolisa propionato (em comparação com um substrato controle succinato). Isso será feito através da integração de dados obtidos mediante análise transcriptômica (RNA-seq), metabolômica (1N NMR, GC-MS/MS e LC-MS) e proteômica (iTRAQ). O grupo do Dr. Welch possui expertise em RNA-seq, análises proteômicas e metabolômicas, enquanto o grupo do Dr. Silva-Rocha possui experiência na integração de dados, análise metabólica ao nível genômico e análise de redes regulatórias, fazendo desta colaboração uma excelente complementação de abordagens, sendo assim capaz de adicionar um grande valor ao projeto proposto. De maneira específica, usaremos dados de RNA-seq (obtidos no Brasil e em UK) e análises proteômica (UK) para identificar quais vias são expressas durante o crescimento da linhagem selvagem em meio mínimo contendo propinado ou succinato como fonte de carbono. Em paralelo, um modelo metabólico a escala genômica será construído (Brasil) baseado em dados do PseudoCyc e KEGG. Os dados de transcriptômica e proteômica serão utilizados para confirmar a dinâmica das vias estudadas e para "curar" o modelo. Novas interações candidatas serão testadas através dos ensaios fenotípicos feitos com mutantes existentes no banco de mutantes de PA existentes (UK). Confirmações adicionais serão realizadas mediante análises dos perfis metabólicos (UK) para investigar metabólicos chaves. Em geral, esperamos gerar um modelo robusto que permita predizer a arquitetura global e dinâmica do metabolismo de ácidos graxos de cadeia curta em PA. Cabe ressaltar que o metabolismo desses compostos vem sendo negligenciado em modelos anteriores do metabolismo de PA. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
OLIVEIRA MONTEIRO, LUMMY MARIA; SANCHES-MEDEIROS, ANANDA; WESTMANN, CAUA ANTUNES; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Unraveling the Complex Interplay of Fis and IHF Through Synthetic Promoter Engineering. FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY, v. 8, JUN 18 2020. Citações Web of Science: 0.

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