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A adaptação ao uso de codões vertebrados se relaciona com o potencial de emergência do Flavivirus?

Resumo

O índice de adaptação de codão (CAI) é uma medida de polarização de uso de codões sinônimo dada uma referência de uso. Através da mutação, seleção e deriva, os vírus podem otimizar sua eficiência de replicação e produzir mais prole, o que pode aumentar a chance de transmissão secundária. Para avaliar a forma como o maior CAI em relação ao hospedeiro foi associado a títulos virais mais altos, exploramos as tendências temporais de vários flavivírus e relacionamentos zoonoticos históricos e extensivamente sequenciados dentro do próprio gênero. Para mostrar relações evolutivas e epidemiológicas associadas a alterações sinônimas silenciosas e adaptativas de vírus, utilizamos tabelas de uso de codões de manutenções humanas e genes imunes antivirais, bem como tabelas de vetores de artrópodes e espécies de vertebrados envolvidas no ciclo de manutenção de flavivírus. Nós argumentamos que as tendências temporais das mudanças de CAI podem levar a uma melhor compreensão das emergências zoonóticas, da dinâmica evolutiva e da adaptação do hospedeiro. O CAI parece ajudar a ilustrar tendências historicamente relevantes de vírus bem caracterizados, em diferentes espécies virais e diversidade genética dentro de uma única espécie. O CAI pode ser uma ferramenta útil, juntamente com a cinética in vitro e in vitro, a filodinâmica e estudos genômicos funcionais adicionais para melhor compreender o tráfico de espécies e a emergência viral em um novo hospedeiro. (AU)