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Abordagens para identificação de variantes de splicing associadas ao câncer de mama sob influência da alta expressão do oncogene ERBB2

Processo: 05/56289-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de abril de 2006
Vigência (Término): 31 de julho de 2010
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Dirce Maria Carraro
Beneficiário:Elisa Napolitano e Ferreira
Instituição-sede: Laboratório de Análise de Expressão Gênica. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer (ILPC). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:98/14335-2 - Antonio Prudente Cancer Research Center, AP.CEPID
Assunto(s):Processamento de RNA   Processamento alternativo   Células tumorais   Neoplasias mamárias   Reação em cadeia da polimerase em tempo real   Sequenciamento paralelo em massa

Resumo

Atualmente acredita-se que mais de 75% de todos os genes humanos sofrem splicing alternativo, sugerindo que este fenômeno, juntamente com outras modificações pós-transcricionais, contribui para a complexidade proteômica. Mudanças na produção de isoformas de diversos genes vêm sendo observadas em diferentes tumores. Diversos trabalhos sugerem que células neoplásicas podem apresentar um padrão de splicing alternativo especifico, resultando na produção de transcritos que raramente estariam presentes na célula sadia. Além disso, um estudo in silico recente identificou uma superexpressão de fatores reguladores de splicing em células tumorais em relação a células normais. No entanto, ainda não está claro se essas observações são eventos independentes, ou se há alguma correlação entre elas. O presente projeto pretende validar experimentalmente, por RT_PCR em Tempo Real, o nível de expressão de fatores de splicing, que através de análises bioinformáticas de MPSS estão superexpressos em linhagens de mama tumoral em relação à mama normal. Além disso, este projeto também têm por objetivo verificar a influência desta expressão diferencial na produção de diferentes isoformas de genes associados a tumor de mama. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FERREIRA, ELISA N.; MASCHIETTO, MARIANA; SILVA, SABRINA D.; BRENTANI, HELENA; CARRARO, DIRCE M. Evaluation of Quantitative RT-PCR Using Nonamplified and Amplified RNA. DIAGNOSTIC MOLECULAR PATHOLOGY, v. 19, n. 1, p. 45-53, MAR 2010. Citações Web of Science: 9.
FERREIRA‚ E.N.; RANGEL‚ M.C.R.; GALANTE‚ P.F.; DE SOUZA‚ J.E.; MOLINA‚ G.C.; DE SOUZA‚ S.J.; CARRARO‚ D.M. Alternative splicing enriched cDNA libraries identify breast cancer-associated transcripts. BMC Genomics, v. 11, n. Suppl 5, p. S4, 2010.

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