AbEvo (Antibodies Evolution) sistema inteligente para o desenvolvimento de anticorpos baseado na estrutura do antígeno

• Processo: 05/55689-7
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas - PIPE
• Vigência (Início): 01 de julho de 2005
• Vigência (Término): 31 de dezembro de 2005
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Imunologia - Imunologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Humberto D'Muniz Pereira
• Beneficiário: Humberto D'Muniz Pereira
• Empresa: Cientistas Associados Desenvolvimento Tecnológico Ltda
• Vinculado ao auxílio: 04/08297-3 - AbEvo - (Antibodies Evolution): sistema inteligente para o desenvolvimento de anticorpos baseado na estrutura do antígeno, AP.PIPE
• Assunto(s): Modelagem molecular Biologia computacional Inteligência artificial Anticorpos Antígenos Algoritmos evolutivos

Resumo

Como coordenador do projeto AbEvo, serei responsável pelas atividades das equipes de Bioinformática estrutural e de Computação. As principais atividades da equipe de Bioinformática são: construção e manutenção de dos bancos de dados de estruturas de anticorpos, sequências e principalmente a implantação do banco Kabatman, o qual relaciona a sequência com as estruturas do loops canônicos dos anticorpos. Será dada uma especial atenção ao módulo de modelagem molecular no qual será implementado o modulo Kabatman. A implementação do módulo de Docking e de scoring serão as atividades mais críticas de todo o projeto. Resultados incorretos de docking e avaliação deverão ser prontamente identificados e descartados. Diversos programas serão utilizados para compor o módulo de scoring, estes programas (APBS e SC) já vêm sendo sistematicamente testados e avaliados pelo coordenador de projeto, para a implementação seja realizada imediatamente. Irei trabalhar juntamente com a equipe de computação de software para a montagem do cluster que será utilizado no projeto. O coordenador já vem estudando e testando diversas soluções de cluster como OSCAR, ROCKS e OpenMosix com o intuito de avaliar qual é a melhor solução para o projeto em questão. Uma grande atenção terá de ser dada a equipe de computação, na montagem do algoritmo que irá integrar diversas funções do projeto, principalmente a função de scoring e o modulo de modelagem. (AU)