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Análise da ocorrência de elementos de transposição em ESTs de três espécies de Coffea geradas pelo Projeto Genoma Café

Processo: 05/57212-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2006
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2008
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Claudia Marcia Aparecida Carareto
Beneficiário:Fabrício Ramon Lopes
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Coffea arabica   Coffea canephora   Elementos de DNA transponíveis   Etiquetas de sequências expressas

Resumo

O genoma dos eucariotos contém substancial quantidade de seqüências intrônicas e intergênicas que abriga grande quantidade de elementos de transposição (TEs). Existe uma grande concentração de trabalhos em Zea mays e Arabidopsis thaliana, entretanto, para Coffea arábica, que apresenta um genoma mais complexo, não há qualquer tipo de informação com relação a ocorrência de TEs. Neste projeto, serão realizados um screnning completo nas bibliotecas de Coffea geradas pelo projeto Genoma Café. Para identificar seqüências derivadas de TEs em regiões codificadoras, as ESTs serão comparadas por meio da ferramenta BLASTN com o banco de dadosjte elementos de transposição do RepeatMasker, selecionando a classe de elementos presente em plantas. O parâmetro utilizado durante a pesquisa do BLAST será e-value igual a e-10. Serão ainda desenvolvidas ferramentas de Bioinformática específicas que permitam explorar o banco de dados eficientemente. Além das análises de freqüências de TEs das diferentes classes, nas três espécies de Coffea seqüenciadas (Coffea arábica, Coffea canephora e Coffea racemosa), o principal objetivo será identificar seqüências de TEs dentro de éxons, bem como serão avaliar a preferência ou freqüência de inserções tecido-específicas ou associadas a condições experimentais específicas. Ainda, serão realizadas comparações de retenções preferenciais de partes de TEs em grupos de éxons com funções homólogas nas três espécies. (AU)