Avaliação da diversidade de rizóbios em amostras ambientais através do uso de sondas moleculares e primers específicos

• Processo: 97/01213-3
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de janeiro de 1998
• Vigência (Término): 30 de abril de 1999
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: Gilson Paulo Manfio
• Beneficiário: Valeria Maia Merzel
• Instituição-sede: Fundação André Tosello de Pesquisa e Tecnologia (FAT). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Rhizobium Biodiversidade Sondagem dos solos

Resumo

Com a finalidade de se detectar rizóbios em amostras ambientais de solo, assim como avaliar a sua diversidade em função do tratamento agrícola empregado em experimentos de campo, uma estratégia molecular direta e rápida será desenvolvida como alternativa ao método clássico de isolamento utilizando plantas-isca e plaqueamento em meios de cultivo. Para isso, sondas e primers específicos para grupos de rizóbios serão desenhados com base no alinhamento e análise de seqüências de RNAr 16S recuperadas de bases de dados de linhagens de Rhizobium, Bradyrhizobium e Azorhizobium, assim como de espécies filogeneticamente relacionadas. A especificidade destas seqüências a serem utilizadas como sondas e primers será testada empregando-se linhagens referência em experimentos de Southern blot e PCR. A avaliação da diversidade de rizóbios nas amostras de solo será realizada através da extração direta de DNA da comunidade microbiana, amplificação do DNAr com primers para regiões conservadas e hibridação com as sondas desenhadas. As amostras que apresentarem sinal positivo de hibridação terão as seqüências de DNAr clonadas e posteriormente 'submetidas à restrição enzimática para análise e comparação dos perfis de bandas produzidos. A comparação destes entre as diferentes amostras de solo permitirá o estabelecimento de correlação com os tratamentos agrícolas utilizados. No caso de se utilizar primers específicos, seqüências de DNAr de rizóbios poderão ser diretamente amplificadas do DNA da comunidade microbiana e ser submetidas ao DGGE para separação das seqüências distintas. Este método permitirá a análise direta da diversidade de rizóbios em função do número de bandas visualizadas no gel denaturante para cada amostra de solo. (AU)