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Caracterização de padrões estruturais em Sequências de DNA relacionadas a processos em redes metabólicas

Processo: 06/02281-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de abril de 2007
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2008
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica
Pesquisador responsável:Reinaldo Roberto Rosa
Beneficiário:Laurita dos Santos
Instituição-sede: Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE). Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (Brasil). São José dos Campos , SP, Brasil
Assunto(s):Respiração celular   Biologia computacional

Resumo

Com o avanço da computação aplicada a problemas biológicos a era da bioinformática surgiu e, dentre várias aplicações, permitiu que a classificação de seqüências de DNA tenha atualmente uma importância singular no avanço das pesquisas em biologia molecular, com destaque para a área conhecida como genômica. Neste contexto, este projeto tem por objetivo caracterizar o papel que alterações mínimas das bases nitrogenadas de uma seqüência longa acarretam na sua funcionalidade estrutural quando a mesma está diretamente relacionada a uma rede metabólica. Apesar da generalização da proposta do estudo, tomaremos como estudo de caso seqüências primárias e mutantes da levedura S. cerevisiae propondo caracterizar o papel global e local de modificações estruturais no processo metabólico envolvendo repressão por glicose, dentre outros. Modificações do padrão estrutural serão caracterizadas, de forma inédita, por meio de duas técnicas computacionais: (i) Estimativa dos Coeficientes de Dispersão em Padrões Clusterizados por Técnicas de Grafos e (ii) Cálculo dos Momentos Gradientes de Assimetrias e Entropias através da técnica conhecida como GPA (gradient pattern analysis). Como resultados principais esperamos: a) obter uma caracterização robusta da influência, das alterações nas bases nitrogenadas de seqüência da S. cerevisiae, na dinâmica do seu metabolismo respiratório e (b) discutir a importância desse fenômeno na evolução de diferentes atmosferas planetárias e a realização de experimentos com cepas de S. cerevisiae em condições de microgravidade.