| Processo: | 07/04647-8 |
| Linha de fomento: | Bolsas no Brasil - Doutorado |
| Vigência (Início): | 01 de novembro de 2007 |
| Vigência (Término): | 31 de julho de 2011 |
| Área do conhecimento: | Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular |
| Pesquisador responsável: | Vitor Barbanti Pereira Leite |
| Beneficiário: | Ronaldo Júnio de Oliveira |
| Instituição-sede: | Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil |
| Assunto(s): | Dobramento de proteína |
Resumo O desenvolvimento de modelos e idéias teóricas/computacionais que predizem a estrutura nativa da proteína a partir de sua seqüência primária tem sido uma das motivações para os estudos experimentais do enovelamento. O processo de enovelamento é, em geral, mapeado através de uma equação de difusão aplicada ao longo da coordenada de reação Q, que descreve o grau de similaridade de uma determinada configuração com o estado nativo da proteína. Os tempos de enovelamento podem ser calculados a partir de potenciais efetivos e do coeficiente de difusão D. Na literatura, D é assumido constante durante esse processo. Usando modelo de rede, calculamos no trabalho de mestrado o coeficiente de difusão de um heteropolímero em função de Q obtendo tempos de enovelamento mais precisos que os da literatura. Nesse projeto, pretendemos estudar o coeficiente de difusão em função de Q e Z, sendo esse último o número de contatos totais presente numa determinada conformação. Com essa abordagen, estudaremos também a influência do grau de hidrofobicidade e temperatura no enovelamento. Dessa forma, pretendemos detalhar ainda mais a representação do enovelamento como processo difusivo. Utilizaremos para isso o modelo de rede para as simulações computacionais e para os cálculos da difusão. Também, melhorando o nível de resolução de simulação, utilizaremos o modelo C-alpha no qual compararemos os resultados obtidos via simulação de modelos de Go com os resultados experimentais descritos na literatura. O uso desses modelos, apesar de minimalistas e de razoável nível de resolução, nos permitirá estudar o enovelamento de pequenas proteínas globulares no objetivo de melhor compreender seu complexo mecanismo que os levam para sua estrutura nativa e funcional. (AU) | |
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa: | |
| Estudo aumenta compreensão sobre funcionamento de proteínas | |
| Study increases the understanding of protein function | |