Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteínas

• Processo: 07/04647-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2007
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Beneficiário: Ronaldo Júnio de Oliveira
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Dobramento de proteína
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Difusão | Enovelamento | Modelo C-alfa | Modelo de Rede | proteína | Simulação Computacional | Enovelamento de Proteínas

Resumo

O desenvolvimento de modelos e idéias teóricas/computacionais que predizem a estrutura nativa da proteína a partir de sua seqüência primária tem sido uma das motivações para os estudos experimentais do enovelamento. O processo de enovelamento é, em geral, mapeado através de uma equação de difusão aplicada ao longo da coordenada de reação Q, que descreve o grau de similaridade de uma determinada configuração com o estado nativo da proteína. Os tempos de enovelamento podem ser calculados a partir de potenciais efetivos e do coeficiente de difusão D. Na literatura, D é assumido constante durante esse processo. Usando modelo de rede, calculamos no trabalho de mestrado o coeficiente de difusão de um heteropolímero em função de Q obtendo tempos de enovelamento mais precisos que os da literatura. Nesse projeto, pretendemos estudar o coeficiente de difusão em função de Q e Z, sendo esse último o número de contatos totais presente numa determinada conformação. Com essa abordagen, estudaremos também a influência do grau de hidrofobicidade e temperatura no enovelamento. Dessa forma, pretendemos detalhar ainda mais a representação do enovelamento como processo difusivo. Utilizaremos para isso o modelo de rede para as simulações computacionais e para os cálculos da difusão. Também, melhorando o nível de resolução de simulação, utilizaremos o modelo C-alpha no qual compararemos os resultados obtidos via simulação de modelos de Go com os resultados experimentais descritos na literatura. O uso desses modelos, apesar de minimalistas e de razoável nível de resolução, nos permitirá estudar o enovelamento de pequenas proteínas globulares no objetivo de melhor compreender seu complexo mecanismo que os levam para sua estrutura nativa e funcional. (AU)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de. Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteína. 2011. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas. São José do Rio Preto São José do Rio Preto.