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Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteínas

Processo: 07/04647-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2007
Vigência (Término): 31 de julho de 2011
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Pesquisador responsável:Vitor Barbanti Pereira Leite
Beneficiário:Ronaldo Júnio de Oliveira
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto, SP, Brasil
Assunto(s):Dobramento de proteína

Resumo

O desenvolvimento de modelos e idéias teóricas/computacionais que predizem a estrutura nativa da proteína a partir de sua seqüência primária tem sido uma das motivações para os estudos experimentais do enovelamento. O processo de enovelamento é, em geral, mapeado através de uma equação de difusão aplicada ao longo da coordenada de reação Q, que descreve o grau de similaridade de uma determinada configuração com o estado nativo da proteína. Os tempos de enovelamento podem ser calculados a partir de potenciais efetivos e do coeficiente de difusão D. Na literatura, D é assumido constante durante esse processo. Usando modelo de rede, calculamos no trabalho de mestrado o coeficiente de difusão de um heteropolímero em função de Q obtendo tempos de enovelamento mais precisos que os da literatura. Nesse projeto, pretendemos estudar o coeficiente de difusão em função de Q e Z, sendo esse último o número de contatos totais presente numa determinada conformação. Com essa abordagen, estudaremos também a influência do grau de hidrofobicidade e temperatura no enovelamento. Dessa forma, pretendemos detalhar ainda mais a representação do enovelamento como processo difusivo. Utilizaremos para isso o modelo de rede para as simulações computacionais e para os cálculos da difusão. Também, melhorando o nível de resolução de simulação, utilizaremos o modelo C-alpha no qual compararemos os resultados obtidos via simulação de modelos de Go com os resultados experimentais descritos na literatura. O uso desses modelos, apesar de minimalistas e de razoável nível de resolução, nos permitirá estudar o enovelamento de pequenas proteínas globulares no objetivo de melhor compreender seu complexo mecanismo que os levam para sua estrutura nativa e funcional. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Estudo aumenta compreensão sobre funcionamento de proteínas 

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
RONALDO JUNIO DE OLIVEIRA. Estudo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteína. 2011. 115 f. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Campus de São José do Rio Preto) São José do Rio Preto.

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