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Estudo de inverted repeats em genomas de mamíferos e plantas

Processo: 08/02647-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2008
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2010
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética
Pesquisador responsável:Michel Eduardo Beleza Yamagishi
Beneficiário:Roberto Hirochi Herai
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Genomas   Mamíferos   Plantas

Resumo

As sequências repetitivas (SR), complementares ou não, equivalem, aproximadamente, a 50% do genoma em mamíferos, podendo chegar até a 90% nas plantas. Em estudos voltados para a identificação de genes, tais sequências são previamente mascaradas e removidas para evitar vieses nas análises estatísticas. Contudo, ultimamente, as SR têm sido, elas próprias, objeto de pesquisa, visto que há evidências científicas de seu papel na regulação gênica, como, por exemplo, RNAi, que é uma SR (inverted repeat) quimicamente complementar, exata ou parcial, de uma molécula de mRNA, desativando ou reprimindo parcialmente a tradução. Uma dificuldade inerente ao estudo de SR é a complexidade do problema de identificá-las, uma vez que tal problema é NP-difícil. Há na literatura alguns algoritmos eficientes que usam a estrutura de dados Suffix Array para tal tarefa. O objetivo deste trabalho é, primeiramente, aprimorar os algoritmos de Suffix Array para identificar as classes mais comuns de SR, possibilitando a caracterização estatística de tais sequências, e, posteriormente, aproveitando essa caracterização e o banco de dados criados, estudar possíveis implicações biológicas, particularmente, para as inverted repeats que são objeto principal desse estudo. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
HERAI, ROBERTO HIROCHI; BELEZA YAMAGISHI, MICHEL E. Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 11, n. 2, p. 198-209, MAR 2010. Citações Web of Science: 26.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
HERAI, Roberto Hirochi. Metodologias de bioinformatica para detecção e estudo de sequencias repetitivas em loci genicos de transcritos quimericos. 2010. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia.

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Patente(s) depositada(s) como resultado deste projeto de pesquisa

MÉTODO E USO PARA VERIFICAÇÃO DE ERROS DE MONTAGEM EM GENOMAS BR102012031096-1 - Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) ; Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) . Roberto Hirochi Herai; Michel Eduardo Beleza Yamagishi - 05 de dezembro de 2012