Sequenciamento e análise comparativa do genoma de uma cepa do fitopatógeno Xylella fastidiosa.

• Processo: 09/13527-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de março de 2010
• Vigência (Término): 31 de agosto de 2011
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Aline Maria da Silva
• Beneficiário: Paulo Marques Pierry
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Fitopatógenos Xylella fastidiosa Genômica comparativa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Clorose variegada de citros | Escaldadura da folha da ameixeira | Fitopatógenos | genômica comparativa | Sequenciamento de genomas | Xylella fastidiosa | Genômica de fitopatógenos

Resumo

Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas de X. fastidiosa foram identificados, sendo que destes, seis já tiveram seus genomas completa ou parcialmente elucidados: cepa 9a5c, isolada de citros e agente etiológico da Clorose Variegada dos Citros; cepa Temecula-1, isolada de videiras e agente etiológico da doença de Pierce; cepas Dixon, M12 e M23, associadas à escaldadura da amendoeira e cepa Ann-1, agente causal escaldadura da espirradeira. Desde o sequenciamento completo destes genomas, muito se avançou na compreensão de processos envolvidos na colonização dos hospedeiros de X. fastidiosa, seja ele planta ou inseto vetor, e alguns dos potenciais mecanismos de virulência foram elucidados. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. É importante ressaltar que hoje se verifica a ausência da estirpe 9a5c nos pomares citrícolas com CVC em São Paulo em detrimento de outras estirpes virulentas, mesmo que em condições experimentais a cepa 9a5c ainda se mantenha virulenta. Estudos de genotipagem sugerem que a cepa 9a5c é geneticamente mais relacionada a estirpes isoladas de cafeeiros e a um isolado de citros da Argentina do que a outros isolados hoje encontrados nos pomares de citros de São Paulo (da Silva, V.S et al. 2007 BMC Genomics 8:474; Almeida, R.P.P. et al 2008 Appl Environ Microbiol 74:3690). Está em andamento em nosso grupo, um projeto que visa a identificação de novos genes potencialmente associados a aspectos evolutivos e de adaptação e virulência de X. fastidiosa através do sequenciamento e análise comparativa de genomas de estirpes isoladas de citros e que apresentam baixa e alta virulência e também de outras estirpes prevalentes na América do Sul. Neste projeto de Mestrado, temos como objetivo específico o sequenciamento de uma cepa de X. fastidiosa associada à escaldadura das folhas da ameixeira, a qual aparentemente está mais relacionada às estirpes prevalentes na América do Sul. O sequenciamento completo do genoma será realizado utilizando o equipamento 454 Roche, instalado no Centro Avançado de Tecnologias em Genômica (CATG) do Departamento de Bioquímica do IQUSP. A montagem, anotação e a análise comparativa com outros genomas de Xylella fastidiosa serão realizadas em colaboração com o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica.

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R.; SANTIAGO, CAIO R. N.; PIERRY, PAULO M.; ZAINI, PAULO A.; DE SANTANA, WESLEY O.; MARTINS, JOAQUIM; BARBOSA, DEIBS; DIGIAMPIETRI, LUCIANO A.; SETUBAL, JOAO C.; et al. Comparative Genomics of Xylella fastidiosa Explores Candidate Host-Specificity Determinants and Expands the Known Repertoire of Mobile Genetic Elements and Immunity Systems. MICROORGANISMS, v. 10, n. 5, p. 20-pg., 2022-05-01. (11/09409-3, 08/11703-4, 21/04062-7, 09/13527-1, 11/01217-8)

PIERRY, PAULO MARQUES; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS RODRIGUES; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA; DELLA COLETTA-FILHO, HELVECIO; ZAINI, PAULO ADRIANO; DA-SILVA, ALINE MARIA. Genetic Diversity ofXylella fastidiosaPlasmids Assessed by Comparative Genomics. TROPICAL PLANT PATHOLOGY, v. 45, n. 3, SI, JUN 2020. (09/13527-1, 08/11703-4, 11/01217-8)

PIERRY, PAULO MARQUES; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA; KITAJIMA, JOAO PAULO; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; ZAINI, PAULO ADRIANO; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R.; SILVA PESSOA, PATRICIA ISABELA; DELLA COLETTA-FILHO, HELVECIO; DE SOUZA, ALESSANDRA ALVES; et al. High-Quality Draft Genome Sequence Resources of Eight Xylella fastidiosa Strains Isolated from Citrus, Coffee, Plum, and Hibiscus in South America. PHYTOPATHOLOGY, v. 110, n. 11, p. 1751-1755, NOV 2020. (08/11703-4, 11/01217-8, 09/13527-1)

PIERRY, PAULO MARQUES; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO; FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS RODRIGUES; MARTINS-JUNIOR, JOAQUIM; DE SANTANA, WESLEY OLIVEIRA; DELLA COLETTA-FILHO, HELVECIO; ZAINI, PAULO ADRIANO; DA-SILVA, ALINE MARIA. Genetic Diversity ofXylella fastidiosaPlasmids Assessed by Comparative Genomics. ROPICAL PLANT PATHOLOG, v. 45, n. 3, p. 19-pg., 2020-06-10. (11/01217-8, 09/13527-1, 08/11703-4)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

PIERRY, Paulo Marques. Pirossequenciamento e análise comparativa de genomas do fitopatógeno Xylella fastidiosa. 2012. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.