Identificação e estudo de expressão de variantes de poliadenilação e de microRNAs através de sequenciamento em larga escala em amostras de tumor colorretal

• Processo: 09/17785-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de abril de 2010
• Vigência (Término): 31 de janeiro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Raphael Bessa Parmigiani
• Beneficiário: Camila Miranda Lopes Ramos
• Instituição Sede: Laboratório de Biologia Molecular e Genômica. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer (ILPC). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): MicroRNAs Sequenciamento de nucleotídeos em larga escala Oncologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: microRNA | poliadenilação alternativa | Sequenciamento em larga escala | tumor colorretal | oncologia

Resumo

Durante a maturação, a maioria dos mRNAs de eucariotos passa por um processo denominado poliadenilação, que consiste na clivagem da porção 3' UTR em um sítio específico e a posterior adição de uma cauda não codificante de adeninas. Mais da metade dos genes de mamíferos apresentam múltiplos sítios de poliadenilação, o que pode levar à formação de transcritos variáveis com tamanhos diferentes da 3' UTR ou mesmo regiões codificantes diferentes, o que denomina-se poliadenilação alternativa. Esse processo, além de gerar variabilidade, pode influenciar a localização, estabilidade e transporte dos transcritos, resultando ao final na alteração da expressão da proteína codificada pelos mesmos. As variantes que apresentam grande parte da extremidade 3' eliminadas podem escapar do potencial regulatório das longas 3' UTR. Isto se deve ao fato de muitos elementos em cis envolvidos na regulação pós-transcricional estarem localizados nas 3' UTRs, sendo um destes elementos os sítios alvo de microRNAs (miRNA). Assim, transcritos com 3' UTRs mais longos apresentam 30% mais sítios alvo para miRNA, em relações as 3' UTRs mais curtas. Os miRNAs são pequenos RNAs não codificantes que podem reduzir a expressão de um gene alvo em nível pós-transcricional. Os miRNAs estão envolvidos em importantes processos biológicos, como proliferação celular, diferenciação e apoptose, de maneira que alterações no perfil de expressão de miRNAs tem sido relatadas em diversos processos patológicos, incluindo o câncer. Esse projeto pretende identificar e avaliar a expressão de variantes de poliadenilação em amostras de tumor de colorretal através de sequenciamento em larga escala. Para tanto será desenvolvido um protocolo de construção de bibliotecas de transcritos enriquecidas para a porção 3' e compatíveis com o sequenciador 454 (Roche). Tal metodologia ainda não está disponível e aumentará a capacidade de análise de eventos de poliadenilação alternativa para inúmeros genes. Nas mesmas amostras também será analizada a expressão de miRNAs em larga escala através do SOLiD (Applied Biosystems), o que possibilitará a correlação entre a expressão de variantes de poliadenilação e a expressão dos miRNAs correspondentes. Tal estudo de correlação em larga escala é inédito e poderá trazer evidências da participação do mecanismo de poliadenilação alternativa no câncer, no qual genes escapariam da repressão mediada por miRNAs.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

LOPES-RAMOS, CAMILA MIRANDA; HABR-GAMA, ANGELITA; QUEVEDO, BRUNA DE SOUZA; FELCIO, NATLIA MARIANA; BETTONI, FABIANA; KOYAMA, FERNANDA CHRISTTANINI; ASPRINO, PAULA FONTES; GALANTE, PEDRO ALEXANDRE; GAMA-RODRIGUES, JOAQUIM; CAMARGO, ANAMARIA ARANHA; et al. Overexpression of miR-21-5p as a predictive marker for complete tumor regression to neoadjuvant chemoradiotherapy in rectal cancer patients. BMC MEDICAL GENOMICS, v. 7, DEC 11 2014. (09/17785-5, 09/54349-9)

MARCOLA, MARINA; LOPES-RAMOS, CAMILA M.; PEREIRA, ELIANA P.; CECON, ERIKA; FERNANDES, PEDRO A.; TAMURA, EDUARDO K.; CAMARGO, ANAMARIA A.; PARMIGIANI, RAPHAEL B.; MARKUS, REGINA P.. Light/Dark Environmental Cycle Imposes a Daily Profile in the Expression of microRNAs in Rat CD133(+) Cells. Journal of Cellular Physiology, v. 231, n. 9, p. 1953-1963, SEP 2016. (13/13691-1, 09/17785-5, 09/17923-9, 12/04508-6, 11/01304-8)