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Identificação de cópias alélicas de locos que controlam caracteres de importância econômica e análise de sua variação entre cromossomos hom(e)ologas em cana-de-açúcar (Saccharum spp.)

Processo: 10/50119-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de outubro de 2010
Vigência (Término): 14 de abril de 2013
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Anete Pereira de Souza
Beneficiário:Danilo Augusto Sforça
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Análise de sequência de DNA   Polimorfismo genético   Desequilíbrio alélico   Cromossomos artificiais bacterianos   Marcador molecular

Resumo

O conhecimento da variação na sequência de bases dos diferentes alelos possibilita a obtenção de informações da variação inter e intra-genótipos de uma espécie. O conhecimento das variações alélicas dos genes de interesse no melhoramento, bem como dos haplótipos existentes envolvendo os diferentes locos em cada genitor de um cruzamento, é fundamental para a compreensão do desequilíbrio de ligação. Consequentemente, também é essencial para a construção de mapas de associação em cana-de-açúcar por meio de marcadores SNPs e mapeamento de QTLs. Uma maneira eficiente de se acessar a variação alélica entre locos homólogos em uma espécie é através do sequenciamento de locos gênicos específicos e de interesse, identificados em clones de BACs. Nesse projeto, será construída uma biblioteca de BACs que servirá como importante recurso genômico para a descoberta e análise de polimorfismos alélicos existentes em diferentes regiões de interesse, através do sequenciamento de clones de BACs. Será utilizado DNA da variedade SP80-3280. Esta variedade será sequenciada no programa BIOEN e no Consórcio Internacional em desenvolvimento, e foi utilizada como um dos genitores em cruzamentos biparentais usados para o mapeamento genético por grupos da UNICAMP-ESALQ/USP, RIDESA e IAC. Pretende-se efetuar o sequenciamento de clones de BACs referentes a cinco regiões genômicas associadas a genes de interesse, de modo a analisar comparativamente a organização alélica presente nos diferentes hom(e)ólogos, bem como identificar os cromossomos correspondentes através de Fish entre os as sequências desses genes de diferentes clones BACs e os cromossomos da variedade em estudo. Durante o sequenciamento, serão identificados marcadores (SNP e SSR), os quais serão avaliados quanto ao polimorfismo, desenvolvidos como marcadores e integrados ao mapa em desenvolvimento pela RIDESA, IAC e UNICAMP-ESALQ/USP. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SFORCA, DANILO AUGUSTO; VAUTRIN, SONIA; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; MANCINI, MELINA CRISTINA; ROMERO-DA CRUZ, MARIA VICTORIA; PEREIRA, GUILHERME DA SILVA; CONTE, MONICA; BELLEC, ARNAUD; DAHMER, NAIR; FOURMENT, JOELLE; RODDE, NATHALIE; VAN SLUYS, MARIE-ANNE; VICENTINI, RENATO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; FORNI-MARTINS, ELIANA REGINA; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; HOFFMANN, HERMANN PAULO; PINTO, LUCIANA ROSSINI; DE ANDRADE LANDELL, MARCOS GUIMARAES; VINCENTZ, MICHEL; BERGES, HELENE; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. Gene Duplication in the Sugarcane Genome: A Case Study of Allele Interactions and Evolutionary Patterns in Two Genic Regions. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 10, MAY 7 2019. Citações Web of Science: 0.
MANCINI, MELINA C.; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO B.; SFORCA, DANILO A.; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. ``Targeted Sequencing by Gene Synteny,{''} a New Strategy for Polyploid Species: Sequencing and Physical Structure of a Complex Sugarcane Region. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, MAR 28 2018. Citações Web of Science: 0.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

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