Análise in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa

• Processo: 10/03382-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de agosto de 2010
• Vigência (Término): 30 de abril de 2012
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Aline Maria da Silva
• Beneficiário: Fernando Domingues Kummel Tria
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Regulação da expressão gênica Biologia computacional Promotores Fitopatógenos Genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Fitopatógeno | Genômica | Promotores | Regulação gênica | Sequências regulatórias | Bioinformática

Resumo

Xylella fastidiosa é uma bactéria que coloniza o xilema de uma diversidade de plantas cultivadas e silvestres em várias partes do mundo, sendo o agente causador de uma série de doenças em plantas economicamente importantes como citros, videiras e café. Diferentes cepas de X. fastidiosa foram identificadas, sendo que a sequência genômica para algumas destas já é conhecida. A comparação dos genomas de cepas de X. fastidiosa entre si e destas com o genoma de outros fitopatógenos, associada a abordagens de genômica funcional e de genética molecular, possibilitou a proposição de alguns mecanismos de virulência de X. fastidiosa, entre estes a formação do biofilme que promoveria a oclusão do xilema e consequente estresse hídrico. Entretanto, presume-se a existência de mecanismos e fatores adicionais importantes, ainda desconhecidos, para colonização de plantas e insetos por este fitopatógeno. Ainda que alguns regulons de X. fastidiosa tenham sido caracterizados, não há, contudo, estudos comparativos de regiões promotoras entre os diferentes genomas de X. fastidiosa ou de identificação em larga escala de elementos cis-regulatórios nestes genomas.O nosso objetivo neste projeto de pesquisa é realizar análises in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa com o intuito de arrecadar novas evidências para o melhor entendimento da dinâmica de regulação transcricional de seus genes, incluindo aqueles envolvidos em mecanismos de patogenicidade e virulência. Em uma primeira etapa do projeto serão analisadas regiões promotoras do genoma da cepa referência 9a5c para identificação em larga escala de motivos regulatórios. Em uma segunda etapa do projeto pretendemos realizar análises comparativas envolvendo promotores correspondentes de diversas cepas de X. fastidiosa. Nossa expectativa é que os resultados obtidos através da análise comparativa possibilitem a identificação de diferenças em elementos regulatórios putativamente associados a características fenotípicas distintas.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

TRIA, Fernando Domingues Kummel. Análise in silico de regiões promotoras de genes de Xylella fastidiosa. 2013. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.