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Análise da metilação do DNA de seleções de figueira (Ficus carica L.) por MSAP e sequenciamento.

Processo: 10/05763-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2010
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Silvana Giuliatti
Beneficiário:Maria Gabriela Fontanetti Rodrigues
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Melhoramento genético vegetal   Sequenciamento   Metilação

Resumo

A figueira (Ficus carica L.) é uma frutífera de grande importância mundial, estando entre as vinte principais frutas exportadas pelo Brasil; neste sentido, pesquisas que possam encontrar soluções para melhoria da cultura trariam enorme contribuição para a mesma. Desse modo, o melhoramento genético, com o uso de mutagênicos, se torna uma linha de pesquisa importante, sendo necessário reunir informações sobre esta espécie, principalmente em relação à sua variabilidade genética, para que projetos de propagação e manejo adequados sejam realizados. Diante o exposto, o presente trabalho tem como objetivo verificar a existência de variabilidade epigenética devido à metilação do DNA em seleções de figueira, entre si e quando comparados à principal cultivar comercial, Roxo-de-Valinhos, utilizando-se a análise MSAP e posterior sequenciamento do DNA polimórfico a fim de padronizar as regiões de metilação, analisando os reads por meio de ferramentas de bioinformática, uma vez que a análise molecular pelas técnicas RAPD e AFLP, como verificado em trabalho anterior, não evidenciou polimorfismo entre elas. O experimento será conduzido na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Campus de Jaboticabal-SP em parceria com a Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP e com a Universidade de Ribeirão Preto - UNAERP. Na análise do bandeamento produzido por cada combinação de "primer" utilizado nas análises de MSAP, será conferido o parâmetro "1" para a presença de banda e "0" para a ausência de banda, obtendo-se assim, uma matriz binária. A qualidade das bases dos cromatogramas e o arranjo das sequências serão analisadas por programas computacionais tais como Phred e Phrap e os reads resultantes da técnica MASP serão mapeados pelo software BSMAP para determinar o posicionamento da metilação nas ilhas CpG.

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
RODRIGUES, Maria Gabriela Fontanetti. Análise da Metilação do DNA de Seleções de Figueira (Ficus carica L.) por MSAP e Sequenciamento. 2015. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto Ribeirão Preto.

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