Busca avançada
Ano de início
Entree

Estudo estrutural gênico de BACs de cana-de-açúcar pelo método de pirosequenciamento

Processo: 11/05317-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência (Início): 01 de abril de 2011
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2011
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: FAPEMIG
Pesquisador responsável:Glaucia Mendes Souza
Beneficiário:Sideny Lima Nunes
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52146-0 - Sugarcane signaling and regulatory networks, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Melhoramento genético   Transcriptoma   Pirosequenciamento   Cana-de-açúcar

Resumo

O sequenciamento do transcriptoma da cana-de-açúcar, através do Projeto SUCEST gerou por volta de 43 mil genes e proporcionou um aprofundamento e aprimoramento nos estudos bioquímicos, moleculares e computacionais de uma das plantas mais importantes economicamente no mundo, a cana-de-açúcar. A identificação de genes alvo, bem como localização de suas respectivas regiões promotores, nos permite estudos da função de cada proteína, como por exemplo, quinases e fosfatases (PKs e PPases), para geração de plantas transgênicas, resistentes a seca ou com alto teor de fibras. Para isso é importante a obtenção das sequências gênicas completas e promotores. O objetivo deste projeto é o pirosequenciamento de 30 BACs de cana, identificação e anotação estrutural gênica dos dados gerados. Como justificativa, o projeto SUCEST-FUN, proporcionou o desenvolvimento de ferramentas para estudos e análises dos dados de microarray, aplicação de métodos estatísticos e relacionamento com informações de genes envolvidos com vias de transdução de sinal e metabolismo de cana-de-açúcar. Visando buscar uma coleção de ferramentas biotecnológicas para o descobrimento de regiões ricas em genes no genoma de cana e um aumento da eficiência de sequenciamento, para o desenvolvimento desse projeto, optamos pela seleção de 30 BACs contendo genes de interesse que serão sequenciados do cultivar R570 de cana-de-açúcar. O sequenciamento desses BACs será feito com a tecnologia 454 Pyrosequencing High-throughput (Roche), no equipamento do Laboratório do Centro Avançado de Tecnologias em Genômica (CATG), no Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP). (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE SETTA, NATHALIA; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA BARROS; METCALFE, CUSHLA JANE; QUEIROGA CRUZ, GUILHERME MARCELO; DEL BEM, LUIZ EDUARDO; VICENTINI, RENATO; SILVEIRA NOGUEIRA, FABIO TEBALDI; CAMPOS, ROBERTA ALVARES; NUNES, SIDENY LIMA; GASPERAZZO TURRINI, PAULA CRISTINA; VIEIRA, ANDREIA PRATA; OCHOA CRUZ, EDGAR ANDRES; SILVEIRA CORREA, TATIANA CAROLINE; HOTTA, CARLOS TAKESHI; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO; VAUTRIN, SONIA; DA TRINDADE, ADILSON SILVA; VILELA, MARIANE DE MENDONCA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; SATO, PALOMA MIEKO; DE ANDRADE, RODRIGO FANDINO; NISHIYAMA, JR., MILTON YUTAKA; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; SCORTECCI, KATIA CASTANHO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; KIM, CHANGSOO; PATERSON, ANDREW H.; BERGES, HELENE; D'HONT, ANGELIQUE; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; SOUZA, GLAUCIA MENDES; VINCENTZ, MICHEL; KITAJIMA, JOAO PAULO; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Building the sugarcane genome for biotechnology and identifying evolutionary trends. BMC Genomics, v. 15, JUN 30 2014. Citações Web of Science: 54.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.