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Caracterização da resposta de Citrus sinensis à infecção por Xylella Fastidiosa e filogenômica de suas diferentes linhagens

Processo: 11/01217-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de julho de 2011
Vigência (Término): 30 de junho de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Aline Maria da Silva
Beneficiário:Joaquim Martins Junior
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Xylella

Resumo

Neste projeto pretendemos investigar a interação de diferentes cepas de Xylella fastidiosa associadas à Clorose Variegada dos Citrus (CVC) e seu hospedeiro vegetal (Citrus sinensis) e,também, reconstruir a filogenia da X. fastidiosa, através de uma abordagem filogenômica. Temoscomo objetivos responder às seguintes questões: (i) Quais as variações no perfil de expressão gênica de C. sinensis ao longo da infecção com distintas cepas de citros (estirpes que exibem diferentes fenótipos quanto à formação de biofilme in vitro e/ou virulência in planta)? (ii) Como se deu a origem e a diversidade das diferentes cepas e patovares de X. fastidiosa, sua distribuição e qual sua relação filogenética? Para responder à primeira pergunta, pretendemos avaliar e comparar o transcritoma ao longo da infecção de plantas suscetíveis com as diferentes cepas utilizando-se sequenciamento intensivo de nova geração (RNA-seq). Para responder à segunda questão, o projeto prevê a análise filogenômica de cepas de X. fastidiosa isoladas de hospedeiros variados (videira, citros, café, amendoeira, espirradeira, ameixeira, hibiscus) cujas sequências genômicas já estão disponíveis ou em fase de obtenção e, também, o pirossequenciamento do genoma de outras cepas, em particular cepas sul-americanas. As análises serão realizadas utilizando-se diferentes métodos deconstrução de árvores filogenéticas. Em conjunto, tais estudos possibilitarão compreender como sedá a resposta da planta frente à infecção por Xylella e, também, qual a relação filogenética, adistribuição e origem das diferentes cepas.