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Bioinformática para projetos de metagenoma da bactéria Candidatus Liberibacter, agente do huanglongbing (ex-greening) e transcriptoma e shotgun do ácaro da leprose dos citros (Brevipalpus phoenicis)

Processo: 06/00768-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de maio de 2006
Vigência (Término): 31 de julho de 2007
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Marcos Antonio Machado
Beneficiário:Marcelo da Silva Reis
Instituição-sede: Instituto Agronômico (IAC). Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:05/00718-2 - Estudos da bactéria Candidatus Liberibacter spp., agente causal do huanglongbing (ex-greening) dos citros: diagnóstico, biologia e manejo, AP.TEM
Assunto(s):Sistemas de informação   Biologia computacional   Metagenoma   Transcriptoma   Candidatus liberibacter   Greening (doença de planta)

Resumo

Os avanços das técnicas de Biologia Molecular registrados nos últimos anos, somados aos avanços no campo da Computação, levaram ao desenvolvimento da disciplina conhecida hoje como Bioinformática. A grande massa de dados gerada pelo seqüenciamento de nucleotídeos exige que parte considerável do trabalho seja feita in silico, desde a organização dos dados em um sistema de informação apropriado, passando pelo tratamento das seqüências e de sua posterior identificação computacional e anotação. O profissional de bioinformática precisa ter necessariamente bons conhecimentos tanto de Computação quanto de Biologia. O Centro APTA Citros “Sylvio Moreira” possui a maior biblioteca de ESTs (Expressed Sequence Tags) e shotgun de citros do mundo, além de outras bases de dados de vírus (vírus da tristeza, vírus da leprose, viróides da exocorte e xiloporese), de bactérias (Xylella fastidiosa e Xanthomonas axonopodis pv citri) e de fungos prontas (Phytophthora parasítica) ou em estruturação (Guignardia citricarpa e Alternaria alternata). A manutenção desses sistemas de informação, assim como as análises in silico necessárias, é feita pelo candidato à bolsa. O huanglongbing (HLB), também conhecido como greening, é considerado uma das mais devastadoras doenças dos citros em todo o mundo (Halbert & Manjunath, 2004). Até então restrita a países da Ásia e da África, a doença teve seu agente causal recentemente identificada no Estado de São Paulo (Coletta Filho et al., 2004). Seu agente é a bactéria Candidatus Liberibacter spp. endocelular, não cultivável e limitada ao floema da planta hospedeira. Embora nas plantas cítricas a presença de Ca. Liberibacter resulte em sintomas bastante evidentes, dados de literatura têm mostrado que esta bactéria apresenta distribuição bastante irregular e pode estar presente em baixas concentrações (Hung et al., 1999). Além do mais, a expressão dos sintomas é lenta, podendo variar de 6 a 12 meses (Hung et al., 2000). Em um esforço multidisciplinar envolvendo equipes de vários grupos de pesquisa e desenvolvimento no Estado de São Paulo, a proposta de Projeto Temático vinculado a esse pedido de bolsa de Treinamento Técnico-Nível V, tem como objetivo maior a ampliação da base de conhecimentos sobre o patossistema do huanglongbing, ainda completamente desconhecido nas condições do Estado de São Paulo. Para tanto, propõe ações que vão desde o seqüenciamento parcial do genoma da bactéria, passando por desenvolvimento de sistemas alternativos de diagnóstico, estudo de diversidade da bactéria, estudo de biologia de multiplicação em citros e alguns gêneros afins, avaliação do efeito de temperatura na severidade e intensidade de sintomas da doença e na multiplicação da bactéria, assim como avaliação da aquisição e persistência da bactéria no vetor, ao mesmo tempo em que busca avaliar sistemas de manejo da doença e do vetor.