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Rastreabilidade genética de suínos

Processo: 08/09403-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de outubro de 2008
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2009
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Inspeção de Produtos de Origem Animal
Pesquisador responsável:José Luiz Donato
Beneficiário:Fernando Girotto
Empresa:Biomicrogen Soluções em Biotecnologia Ltda
Vinculado ao auxílio:07/51759-6 - Rastreabilidade genética de suínos, AP.PIPE
Assunto(s):Genética animal   Técnicas de genotipagem   Polimorfismo de um único nucleotídeo   Rastreabilidade   DNA   Suínos

Resumo

A proposta tem como principal objetivo desenvolver um sistema de rastreabilidade genética em suínos com base no perfil de SNPs presentes no genoma destes animais. O projeto visa criar um banco de dados com o genótipo das matrizes fêmeas e promover a rastreabilidade de todos os animais da agroindústria participante através de testes de exclusão de genótipos. Inicialmente, investigaremos a presença de um grande número de SNPs nos cromossomos das matrizes e os marcadores com maior potencial informativo serão selecionados para integrar um painel de SNPs. A descoberta destes SNPs será feita de duas formas distintas, sendo elas: 1) Investigar a presença de SNPs em bancos públicos de seqüências de DNA de suínos, incluindo bancos de ESTs (expressed sequence tags), 2) Investigar a presença de novos SNPs em seqüências de DNA obtidas por sequenciamento direto de fragmentos do DNA amplificados por PCR. Neste caso, serão utilizadas amostras de DNA genômico originadas de diferentes animais das populações de matrizes das agroindústrias de suínos do estado de São Paulo. O potencial destes marcadores na rastreabilidade dos animais será testado através de um projeto piloto com animais que fazem parte da cadeia produtiva de granjas pré-selecionadas. Desta forma, a Biomicrogen Soluções em Biotecnologia Ltda pretende desenvolver um sistema de rastreabilidade genética que possibilite a identificação inequívoca da agroindústria de origem dos cortes de carne. Este sistema será disponibilizado para as agroindústrias brasileiras e sua implementação nos rebanhos proporcionará mais segurança aos produtores, evitando que problemas de saúde animal localizados fora do zoneamento onde estas agroindústrias estão instaladas causem perdas de mercados consumidores. Além disso, a conquista de novos e importantes mercados consumidores na Europa ou América do Norte, ou sua ampliação, depende obrigatoriamente da implementação de métodos eficientes de rastreabilidade, garantindo de forma inequívoca a origem de cada lote de animal após o abate. ATIVIDADES: Fase I: 1) Implementação do uso de ferramentas computacionais para análise de sequências obtidas de bancos de DNA. 2) Busca de sequências nos bancos de DNA e aprovação das sequências encontradas. 3) Avaliação final das sequências utilizando programa específico e promover o alinhamento para elaboração de "Contigs". Identificar e indicar os SNPs de cada análise. 4) Avaliação das sequências de DNA obtidas por sequenciamento. Aprovar resultados e promover avaliação em computador dos Contigs para identificação dos SNPs. Participar da confirmação manual dos resultados indicados automaticamente. 5) Calcular nível de informação genética de cada SNP e avaliar estatisticamente o grau de exatidão que o método proporcionará após escolha dos SNPs. 6) Redigir relatórios frequentes sobre as atividades executadas e resultados obtidos. JUSTIFICATIVA: O projeto como um todo é centrado na avaliação computacional tanto das sequências obtidas de bancos de DNA como nas obtidas após reações de sequenciamento. Será necessária a avaliação constante do nível de informação que cada SNP possui para decidir se será ou não adicionado ao sistema. Além disso, o sucesso do projeto depende da implementação de um banco de dados eficiente e que execute as tarefas de busca de forma eficiente. Um profissional com a experiência de um graduado com nível de mestrado e experiência em desenvolvimento de softwares é necessário para a condução do projeto de forma adequada. O Fernando já está estagiando no laboratório do Prof Dr. Gonçalo Amarante G. Pereira do departamento de Genética e Evolução do Instituto de Biologia da UNICAMP. O Prof. Gonçalo é responsável pelo Laboratório de Genômica e Expressão do Instituo de Biologia e coordena um importante grupo em bioinformática.