Elementos de transposição transcricionalmente ativos em café: caracterização de transcritos putativamente completos e construção de sondas para identificação de TES por southern blot.

• Processo: 10/02974-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2010
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Claudia Marcia Aparecida Carareto
• Beneficiário: Angelo Lusuardi
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/05894-1 - Análise da expressão de genes portadores de cassetes de elementos transponíveis e elementos ativos em espécies diplóides (C. canephora, C. eugenoides, C. racemosa) e poliplóide (C. arabica) de Coffea, AP.R
• Assunto(s): Coffea arabica Coffea canephora Elementos de DNA transponíveis
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: atividade transcricional | Coffea arabica | Coffea canephora | Coffea racemosa | Elementos transponíveis | Genética e Evolução de Elementos de Transposição

Resumo

Mesmo diante do grande interesse econômico sobre a produção cafeeira, havia nenhuma informação disponível na literatura com relação à análise de elementos de transposição (TEs) em espécies de Coffea até a publicação de nossos estudos (LOPES et al., 2008). Adicionalmente, ainda não há na literatura estudos sobre a expressão de genes hospedeiros contendo fragmentos de TEs, nem mesmo cenário geral da expressão de TEs ativos em decorrência da ausência de estudos comparativos emdiferentes tecidos e condições de estresse. Além disso, a dinâmica de tolerância ou ativação de TEs em relação as diferenças de ploidia entre espécies parentais e descendentes híbridas ainda não foi abordada em escala genômica. Estas três considerações apontam para a relevância da caracterização da atividade transcricional de TEs e de genes contendo TEs em diferentes tecidos nas três espécies de Coffea (C. arabica, C. canephora e C. racemosa); como também, justificam a análise da ativação da transposição de TEs e do aumento do número de cópias em decorrência da hibridização e poliploidização pela comparação da espécie híbrida poliplóide (C. arabica) com suas parentais diplóides (C. canephora e C. eugenoides). Neste projeto, será caracterizada a expressão de 78 clones de cDNA de TEs ativos e de 169 de genes contendo fragmentos de TEs por meio de análises de macroarranjos em sete tecidos (semente, calos, raiz, caule, folha, flor e fruto), e confirmada a expressão de alguns clones nesses tecidos por meio de PCR quantitativa em Tempo Real. Para a análise de possível ativação de TEs em espécies poliplóides, serão utilizadas as seqüências dos 72 clones de C. arabica como sonda para análise de suas expressões por macroarranjos nos sete tecidos supramencionados nas espécies parentais (C. canephora e C. eugenoides). Os clones com maior e menor expressão nas espécies parentais serão selecionados para realização de Southern blot com o objetivo de avaliar o número de cópias genômicas desses TEs nessas nas três espécies.