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Identificação de Seqüências de DNA alvo para modificações epigenéticas por meio de bioinformática

Processo: 11/06350-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de maio de 2011
Vigência (Término): 31 de agosto de 2011
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Simone Cristina Méo Niciura
Beneficiário:Suelen Scarpa de Mello
Instituição-sede: Pecuária Sudeste. Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA). Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Brasil). São Carlos , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/03916-8 - Efeito de polimorfismos e de origem parental sobre a diferenciação celular in vitro, a expressão e a epigenética em genes de interesse comercial em bovinos de corte, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Epigênese genética   Bovinos

Resumo

Identificar por meio de programas de bioinformática, como PromoterInspector (GENOMATIX,2008) e MatInspector (GENOMATIX, 2008), sequências alvo de DNA que sofrem modificações epigenéticas, em genes associados a características de interesse econômico: deposição de gordura e maciez da carne, em bovinos de corte. Também serão avaliados outros programas de bioinformática a partir do site BBCU- Sequence Analysis/Promoters (http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html) com o intuito de confirmar os resultados encontrados. A partir dos dados previamente obtidos, será selecionado entre os genes CAST, DGAT1 e leptina aquele que tiver maior expressão específica de tecido, alelo e origem parental, para identificação de pelo menos três regiões de DNA alvo de modificações epigenéticas. Serão analisadas regiões de promotores, sítios de fatores de transcrição, principalmente de CEBP, COMP, CTCF, GATA, MEF2, MEF3, MyoD, PERO, PPAR, TBPF e YY1F, e ilhas de CpG. Com esses resultados, serão desenhados primers para amplificação por PCR das regiões de interesse e posterior sequenciamento, visando à identificação de polimorfismos que serão avaliados em etapas posteriores do projeto.