Ferramentas de integração para análise de SNP-array em variômica

• Processo: 11/08104-4
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Vigência (Início): 01 de agosto de 2011
• Vigência (Término): 31 de maio de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio
• Beneficiário: Diego Martinez Salvanha
• Instituição-sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 12/05392-1 - Modularizando o software Gaggle Genome-Browser para variômica, BE.EP.DD
• Assunto(s): Variações do número de cópias de DNA Polimorfismo de um único nucleotídeo

Resumo

Os RNAs não-codificantes (ncRNAs) estão recebendo cada vez mais atenção por pertencerem a uma classe abundante de genes que podem atuar como elementos estruturais de regulação gênica. Avanços tecnológicos da Biologia Molecular têm auxiliado na descoberta e melhor compreensão do papel desempenhado por ncRNAs em diversos organismos. Com a disponibilidade de múltiplas fontes de informações genômicas e transcritômicas, o uso integrado desses dados juntamente com predições estruturais de RNAs podem prover evidências de possíveis novas moléculas de ncRNAs.A integração dessas classes de dados obtidas através de metodologias experimentais e in silico permite que o usuário utilize sua capacidade natural de reconhecer padrões visuais para identificação de possíveis trechos genômicos com características estruturais associadas a transcritos. Essa capacidade natural nos humanos pode então ser utilizada para uma melhor percepção do fenômeno biológico estudado. No presente projeto, propõe-se a aplicação de uma abordagem sistêmica, integrando múltiplas fontes de informações em larga-escala juntamente com predições estruturais de RNAs obtidas através de diversas metodologias in silico com o objetivo de identificar ncRNAs no extremófilo Halobacterum salinarum NRC-1. Para isso, foram implementadas ferramentas de integração e visualização de dados em larga-escala que permitem representar estruturas secundárias de RNAs. A utilização da ferramenta para visualização permitiu iniciar a reanotação do genoma deste organismo, identificando 51 putativos novos ncRNAs. Essa integração deve auxiliar a identificação de novas moléculas de ncRNAs com estruturas associadas, o que permitirá uma melhor compreensão das complexas redes regulatórias que estas biomoléculas estão envolvidas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BORGES, GISELY T.; VENCIO, ENEIDA F.; QUEK, SUE-ING; CHEN, ADELINE; SALVANHA, DIEGO M.; VENCIO, RICARDO Z. N.; NGUYEN, HOLLY M.; VESSELLA, ROBERT L.; CAVANAUGH, CHRISTOPHER; WARE, CAROL B.; TROISCH, PAMELA; LIU, ALVIN Y. Conversion of Prostate Adenocarcinoma to Small Cell Carcinoma-Like by Reprogramming. Journal of Cellular Physiology, v. 231, n. 9, p. 2040-2047, SEP 2016. Citações Web of Science: 4.

BROOKS, AARON N.; REISS, DAVID J.; ALLARD, ANTOINE; WU, WEI-JU; SALVANHA, DIEGO M.; PLAISIER, CHRISTOPHER L.; CHANDRASEKARAN, SRIRAM; PAN, MIN; KAUR, AMARDEEP; BALIGA, NITIN S. A system-level model for the microbial regulatory genome. MOLECULAR SYSTEMS BIOLOGY, v. 10, n. 7 JUL 2014. Citações Web of Science: 28.