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Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum

Processo: 11/07487-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2011
Vigência (Término): 31 de julho de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Lívia Soares Zaramela
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
Assunto(s):Halobacterium salinarum   RNA

Resumo

O principal objetivo das abordagens sistêmicas é compreender como uma simples mudança genética ou perturbações ambientais influenciam o comportamento de um organismo a nível molecular e por fim determina o seu fenótipo. Tecnologias high-throughput que exploram dados de transcriptoma, proteoma, interações proteína-proteína, proteína-DNA, proteína-RNA, entre outros, representam poderosas ferramentas para atingir este alvo. Contudo, cada um desses conjuntos individuais de dados refletem uma imagem incompleta da dinâmica celular. Nos modelos preditivos existentes, que buscam integrar dados de diversas metodologias, uma importante classe de reguladores da expressão gênica, os RNA não-codificantes (ncRNA), ainda não estão contemplados. Muitos ncRNAs necessitam da interação com proteínas para exercerem seus papéis na regulação dos processos celulares. Em bactérias, a proteína Hfq, é uma importante parceira dos ncRNAs no reconhecimento dos mRNAs alvos. Proteínas semelhantes a Hfq bacteriana, como as proteínas Lsm são encontradas em eucariotos e em Archaea, o que sugere um papel importante dessas moléculas nos processos de regulação gênica. Diante disso, propõe-se neste projeto, estudar os ncRNAs que interagem com a proteína ligante a RNA Lsm de Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. Para a identificação desses ncRNAs, serão realizados experimentos de RIP-ChIP em diferentes fases da curva de crescimento de H. salinarum. Após a identificação, será selecionado um subgrupo de ncRNAs para caracterização funcional, incluindo construção de linhagens superexpressando o ncRNA de interesse e utilização de ferramentas de bioinformática. As informações obtidas deverão contribuir para a compreensão do papel dos ncRNAs e da proteína Lsm na regulação gênica global. (AU)

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Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
COELHO, PRISCILA DE O.; GUARNIER, FLAVIA A.; FIGUEIREDO, LEONARDO BRUNO; ZARAMELA, LIVIA S.; PACINI, ENIO S. A.; GODINHO, ROSELY O.; GOMES, MARCELO D. Identification of potential target genes associated with the reversion of androgen-dependent skeletal muscle atrophy. Archives of Biochemistry and Biophysics, v. 663, p. 173-182, MAR 15 2019. Citações Web of Science: 0.
TEN-CATEN, FELIPE; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN PERICLES R.; ZARAMELA, LIVIA SOARES; SANTANA, ANA CAROLINA; KOIDE, TIE. Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA BIOLOGY, v. 15, n. 8, p. 1119-1132, 2018. Citações Web of Science: 4.
SILVA-ROCHA, RAFAEL; PONTELLI, MARJORIE CORNEJO; FURTADO, GILVAN PESSOA; ZARAMELA, LIVIA SOARES; KOIDE, TIE. Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. PLoS One, v. 10, n. 6 JUN 10 2015. Citações Web of Science: 1.
GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, MAY 4 2015. Citações Web of Science: 7.
ZARAMELA, LIVIA S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; TEN-CATEN, FELIPE; BALIGA, NITIN S.; KOIDE, TIE. Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. PLoS One, v. 9, n. 9 SEP 19 2014. Citações Web of Science: 8.

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