Identificação e caracterização de RNAs não codificantes ligantes a Lsm no extremófilo Halobacterium salinarum

• Processo: 11/07487-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2011
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Lívia Soares Zaramela
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
• Assunto(s): Halobacterium salinarum RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Halobacterium salinarum | proteína Lsm | RNAs não codificantes | Biologia Sistêmica / Microbiologia

Resumo

O principal objetivo das abordagens sistêmicas é compreender como uma simples mudança genética ou perturbações ambientais influenciam o comportamento de um organismo a nível molecular e por fim determina o seu fenótipo. Tecnologias high-throughput que exploram dados de transcriptoma, proteoma, interações proteína-proteína, proteína-DNA, proteína-RNA, entre outros, representam poderosas ferramentas para atingir este alvo. Contudo, cada um desses conjuntos individuais de dados refletem uma imagem incompleta da dinâmica celular. Nos modelos preditivos existentes, que buscam integrar dados de diversas metodologias, uma importante classe de reguladores da expressão gênica, os RNA não-codificantes (ncRNA), ainda não estão contemplados. Muitos ncRNAs necessitam da interação com proteínas para exercerem seus papéis na regulação dos processos celulares. Em bactérias, a proteína Hfq, é uma importante parceira dos ncRNAs no reconhecimento dos mRNAs alvos. Proteínas semelhantes a Hfq bacteriana, como as proteínas Lsm são encontradas em eucariotos e em Archaea, o que sugere um papel importante dessas moléculas nos processos de regulação gênica. Diante disso, propõe-se neste projeto, estudar os ncRNAs que interagem com a proteína ligante a RNA Lsm de Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. Para a identificação desses ncRNAs, serão realizados experimentos de RIP-ChIP em diferentes fases da curva de crescimento de H. salinarum. Após a identificação, será selecionado um subgrupo de ncRNAs para caracterização funcional, incluindo construção de linhagens superexpressando o ncRNA de interesse e utilização de ferramentas de bioinformática. As informações obtidas deverão contribuir para a compreensão do papel dos ncRNAs e da proteína Lsm na regulação gênica global. (AU)

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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