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Pirossequenciamento de alta cobertura e análise de polimorfismo de base única da proteína não-estrutural 5ª e região hipervariável 1 do Vírus da Hepatite C associado à resposta ao tratamento

Processo: 10/00976-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2011
Vigência (Término): 30 de abril de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Pesquisador responsável:Paula Rahal
Beneficiário:Lílian Hiromi Tomonari Yamasaki
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Hepatite C   Vírus da hepatite C   Virologia

Resumo

A Hepatite C é um grande problema de saúde pública mundial, e a terapia utilizada atualmente, baseada em Interferon e Ribavirina, tem sucesso em aproximadamente 50% dos pacientes. Embora os mecanismos envolvidos na resistência viral ainda não sejam totalmente esclarecidos, sugere-se que fatores virais e do hospedeiro participam destes. Dentre os fatores virais, a alta variabilidade do seu genoma de RNA, incluindo a presença de variantes intra-hospedeiro denominadas de quasispecies, pode estar relacionada à resposta ao tratamento. A proteína não-estrutural 5A (NS5A) e a região hipervariável l da proteína do envelope (HVR1) apresentam esta variação intra-hospedeiro e são componentes essenciais para a infecção viral. Além disso, estas proteínas podem estar relacionadas à resistência ao tratamento. Entretanto, as quasispecies resistentes podem não representar a maioria na população viral no hospedeiro antes da aplicação do tratamento, e técnicas tradicionais de sequenciamento são incapazes de detectá-las. O pirossequenciamento de alta capacidade é uma técnica inovadora que apresenta diversas vantagens sobre as técnicas tradicionais de sequenciamento, além de demonstrar alta sensibilidade na detecção de mutações pontuais (SNP) e quasispecies em minoria de uma amostra para o estudo de resistência a antivirais. Em adição é necessária a validação dos SNPs por técnicas de sequenciamento de nova geração como o Sequenom. Com base nestes dados, o objetivo do presente estudo é relacionar dados sobre a composição de quasispecies do HCV e resposta ao tratamento de Interferon, em amostras de pacientes infectados com o vírus de genótipos 1 e 3. Em colaboração com o Dr. Yuri Khudyakov do CDC (Estados Unidos), a análise será realizada com técnicas recentes como o sequenciamento 454, análise de espectroscopia de massa (MassCLEAVE Sequenon) e estatística Bayesiana.

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
YAMASAKI, Lílian Hiromi Tomonari. Pirossequenciamento de alta cobertura da região hipervariável 1 do Vírus da Hepatite C. 2014. 64 f. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociencias, Letras e Ciencias Exatas..

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