Busca avançada
Ano de início
Entree

RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal

Processo: 11/14455-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de setembro de 2011
Vigência (Término): 30 de junho de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Felipe ten Caten
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Biologia sistêmica   Expressão gênica   Regulação da expressão gênica   Análise de sequência de RNA   Archaea

Resumo

Novas tecnologias de sequencimento em larga escala estão revolucionando as pesquisas no campo da transcritômica, fornecendo dados para uma compreensão mais abrangente da Biologia dos organismos ao nível molecular. A possibilidade de sequenciar os transcritos totais de um ser vivo e analisar como eles se manifestam em diferentes condições é um passo fundamental para a elaboração de modelos preditivos do funcionamento celular. Contudo, como a metodologia aplicando sequenciamento em larga escala para o estudo do transcritoma (RNA-seq) é extremamente recente, ela ainda impõe muitos desafios, sobretudo na análise e compreensão dos resultados obtidos. Neste projeto são propostas abordagens que visam o tratamento do sinal gerado através de RNA-seq, com o objetivo de minimizar os efeitos dos ruídos inerentes à técnica e busca por informações adicionais que vão além do mero nível de expressão. Um destes desafios é o que se chama, na área de processamento de sinais, de segmentação. Assim, poderemos delimitar corretamente as porções correspondentes aos transcritos e definir estruturas que podem apresentar papeis biológicos importantes, como novos RNA não-codificantes e regiões regulatórias presentes em RNAs. O desenvolvimento de um modelo para descrever os sinais delimitados de interesse deve auxiliar o mapeamento de novos elementos, contribuindo na compreensão de suas funções na dinâmica e regulação da expressão gênica. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (0 total):
Mais itensMenos itens
VEICULO: TITULO (DATA)
VEICULO: TITULO (DATA)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PEREIRA DE ALMEIDA, JOAO PAULO; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN P. R.; TEN-CATEN, FELIPE; GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; KOIDE, TIE. The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1. GENES, v. 10, n. 4 APR 2019. Citações Web of Science: 0.
TEN-CATEN, FELIPE; VENCIO, RICARDO Z. N.; LORENZETTI, ALAN PERICLES R.; ZARAMELA, LIVIA SOARES; SANTANA, ANA CAROLINA; KOIDE, TIE. Internal RNAs overlapping coding sequences can drive the production of alternative proteins in archaea. RNA BIOLOGY, v. 15, n. 8, p. 1119-1132, 2018. Citações Web of Science: 4.
ZARAMELA, LIVIA S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; TEN-CATEN, FELIPE; BALIGA, NITIN S.; KOIDE, TIE. Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) Are Ubiquitous in All Domains of Life. PLoS One, v. 9, n. 9 SEP 19 2014. Citações Web of Science: 8.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.