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Análise da diversidade e expressão de retrotransposons ativos em espécies de Coffea

Processo: 11/18226-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2011
Vigência (Término): 31 de julho de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Claudia Marcia Aparecida Carareto
Beneficiário:Elaine Silva Dias
Instituição-sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
Assunto(s):Retroelementos   Evolução molecular   Coffea   Marcador molecular

Resumo

A utilização de retrotransposons (RTs) como marcadores moleculares contribuem no entendimento da organização e da dinâmica em larga escala do genoma. Diversas características tornam os RTs bons marcadores moleculares, como sua atividade de integração, sua persistência e dispersão no genoma, bem como, a presença de estrutura e de motivos conservados em sua sequências. O uso dessas sequências repetidas como marcadores moleculares tem contribuído para o melhor entendimento da dinâmica evolutiva dos genomas, destaque para os genomas poliplóides, e da evolução dessas sequências repetidas. Espécies do gênero Coffea se destacam por sua importância econômica e pela ampla variedade tanto de espécies quanto de cultivares existentes. Alguns retrotransposons ativos tem sido identificados no gênero Coffea, e podem ser investigados como potenciais marcadores de diversidade genética. O presente projeto tem como objetivo avaliar o uso de seis RTs ativos, com diferentes níveis de atividades (pré-selecionados: Melmoth, Dea1, Tst1, Clem2, Clem6 e Rom13), como marcadores moleculares em seis espécies do gênero Coffea: o híbrido alotetraplóide, C. arabica e suas prováveis espécies parentais, C. canephora e C. eugenioides; e em três espécies aparentadas às espécies de estudo (C. heterocalyx, C. pseudozanguebariae e C. congensis); como também em cultivares de C. arabica submetidos a diferentes condições de estresse. Para isso, os RTs selecionados terão tanto sua estrutura completa caracterizada e seu perfil de expressão gerado, quanto serão utilizados na investigação como potenciais marcadores moleculares pelas técnicas de RBIP, SSAP, REMAP e IRAP. Assim, o presente projeto contribuirá na caracterização dos retrotransposons ativos em espécies do gênero Coffea, na obtenção da diversidade genética das mesmas, no entendimento de possíveis efeitos de estresse abiótico sobre a atividade dos RTs e, ainda, com informações no que concerne na evolução dessas sequências repetidas em genomas poliplóides.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DIAS, ELAINE SILVA; HATT, CLEMENCE; HAMON, SERGE; HAMON, PERLA; RIGOREAU, MICHEL; CROUZILLAT, DOMINIQUE; CARARETO, CLAUDIA MARCIA APARECIDA; DE KOCHKO, ALEXANDRE; GUYOT, ROMAIN. Large distribution and high sequence identity of a Copia-type retrotransposon in angiosperm families. Plant Molecular Biology, v. 89, n. 1-2, p. 83-97, SEP 2015. Citações Web of Science: 5.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
DIAS, Elaine Silva. Análise de diversidade e expressão de retrotransposons ativos em espécies de Coffea. 2015. 175 f. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas..

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