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Métodos de análise de bioinformática de dados complexos de genética molecular

Processo: 11/20069-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2011
Vigência (Término): 31 de março de 2013
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina
Pesquisador responsável:Fernando Cendes
Beneficiário:Rodrigo Secolin
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Médicas (FCM). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:05/56578-4 - Centro multimodal de neuroimagens para estudos em epilepsia, AP.CINAPCE.TEM
Assunto(s):Epilepsia   Biologia computacional   Neurologia   Mutação

Resumo

O presente projeto de TT visa: (1) Identificação, avaliação e validação de softwares/base de dados públicos ou comerciais. (2) Desenvolvimento de métodos para manipulação e interpretação de dados de NSG (Nextgeneration sequencing) no contexto de pesquisa de genética médica. O objetivo específico será o de fornecer um método capaz de extrair e classificar as variantes de um conjunto de reads curtos obtidos a partir de um genoma humano. (3) Análise de genes/miRNAs diferencialmente expressos em microarrays, para diferentes formas de epilepsia. (4) Criação e desenvolvimento de banco de dados. (5) Desenvolvimento de estratégia in silico para análise de dados: filtragem de variantes de acordo com as regras de mineração de dados. (6) Extração de dados, utilizando os recursos disponíveis para investigar os mecanismos moleculares de patogenicidade, incluindo bases de dados de mutações de genes (OMIM) e patologia (dados clínicos e genéticos).