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Caracterização molecular e funcional e RNAs enriquecidos no núcleo de células de mamíferos

Processo: 11/51803-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2012
Vigência (Término): 31 de março de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Eduardo Moraes Rego Reis
Beneficiário:Ana Carolina Ayupe de Oliveira Beckedorff
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Espectrometria de massas   Diferenciação neuronal   Ribonucleoproteínas   Processamento de RNA

Resumo

Evidências da literatura indicam que uma fração significativa dos RNAs poliadenilados produzidos em células eucarióticas se acumulam no núcleo. A funcionalidade de RNAs codificadores e não-codificadores que se acumulam de forma estável no núcleo, e a contribuição deste pool de transcritos para o controle da expressão gênica ainda não são conhecidos. Neste projeto, pretende-se investigar a estrutura, biogênese, processamento e a associação em ribonucleoproteínas (RNPs) de RNAs celulares que se encontram enriquecidos em frações nucleares de linhagens humanas. Serão caracterizados inicialmente três mRNAs associados com a proteína nuclear PSP1 e que se encontram enriquecidos na fração nuclear de células humanas em cultura (SLC38A1, SLC38A2 e PTP4A1), identificados em trabalho prévio realizado em nosso grupo. Iremos investigar a contribuição de mecanismos de processamento pós-transcricional, como a edição adenosina-inosina e/ou o splicing alternativo no mecanismo de retenção nuclear dos candidatos selecionados. Para identificar proteínas associadas aos RNAs candidatos que possam estar envolvidas no mecanismo de retenção nuclear, iremos realizar ensaios de pull-down dos RNAs candidatos. Proteínas co-purificadas que se associem com os RNAs em complexos ribonucleoprotéicos serão identificadas através de espectrometria de massa em tandem (MS-MS). Também avaliaremos a dinâmica da retenção nuclear de RNAs durante a diferenciação celular e a relevância deste processo para a manutenção do estado de pluripotência em um modelo de diferenciação neuronal murino (P19), através da análise do transcriptoma nuclear e citoplasmático de células indiferenciadas e diferenciadas em neurônios ou glia. O conjunto de experimentos propostos irá fornecer novas informações acerca dos mecanismos moleculares envolvidos na retenção nuclear de RNAs assim como da relevância funcional deste mecanismo para o ajuste fino do controle da expressão gênica em células de mamífero. (AU)