Estudo de associação genômica para a detecção de regiões cromossômicas relacionadas ao perímetro escrotal de bovinos Nelore

• Processo: 11/16643-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2012
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
• Pesquisador responsável: José Fernando Garcia
• Beneficiário: Yuri Tani Utsunomiya
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Assunto(s): Genômica funcional Polimorfismo de um único nucleotídeo Bovinos Escroto
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biologia dos Sistemas | bovinos | Genômica Funcional | Gwas | Reprodução | Snp | Genômica Funcional

Resumo

Um dos parâmetros reprodutivos mais importantes em touros é o Perímetro Escrotal (PE), relacionado com o caráter quanti-qualitativo do sêmen, além de ser indicativo de fertilidade e do aparecimento da puberdade. Deste modo, estudos genéticos desta característica podem contribuir para o entendimento de aspectos complexos da fisiologia reprodutiva, trazendo luz a antigas questões neste campo. Recentemente, com o sequenciamento e mapeamento do primeiro genoma bovino de referência, estudos voltados à descoberta de polimorfismos de sítio único (SNP) abriram caminho para o desenvolvimento de poderosas ferramentas de caracterização do perfil genético por todo o genoma, denominadas de SNP chips. Esta tecnologia permite a interrogação simultânea de até 800 mil pontos distribuídos ao longo de todos os cromossomos bovinos, os quais podem ser analisados em busca de associações com fenótipos de interesse (Genome-wide Association Study - GWAS). Este tipo de estudo gera conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. O projeto proposto visa a aplicação do GWAS ao fenótipo PE utilizando a raça Nelore como modelo, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da reprodução bovina.

Publicações científicas

(12)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

O'BRIEN, ANA M. PEREZ; MESZAROS, GABOR; UTSUNOMIYA, YURI T.; SONSTEGARD, TAD S.; GARCIA, J. FERNANDO; VAN TASSELL, CURTIS P.; CARVALHEIRO, ROBERTO; DA SILVA, MARCOS V. B.; SOLKNER, JOHANN. Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. LIVESTOCK SCIENCE, v. 166, n. SI, p. 121-132, AUG 2014. (10/52030-2, 11/16643-2)

BOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; DA SILVA, M. V. G. B.; SOELKNER, J.; GARCIA, J. F.. Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. LIVESTOCK SCIENCE, v. 166, n. SI, p. 176-189, AUG 2014. (10/52030-2, 11/16643-2)

UTSUNOMIYA, YURI TANI; O'BRIEN, ANA MARIA PEREZ; SONSTEGARD, TAD STEWART; VAN TASSELL, CURTIS PAUL; DO CARMO, ADRIANA SANTANA; MESZAROS, GABOR; SOELKNER, JOHANN; GARCIA, JOSE FERNANDO. Detecting Loci under Recent Positive Selection in Dairy and Beef Cattle by Combining Different Genome-Wide Scan Methods. PLoS One, v. 8, n. 5, MAY 16 2013. (10/52030-2, 11/16643-2)

UTSUNOMIYA, YURI TANI; BOMBA, LORENZO; LUCENTE, GIORDANA; COLLI, LICIA; NEGRINI, RICCARDO; LENSTRA, JOHANNES ARJEN; ERHARDT, GEORG; GARCIA, JOSE FERNANDO; AJMONE-MARSAN, PAOLO; DIVERSITY, EUROPEAN CATTLE GENETIC. Revisiting AFLP fingerprinting for an unbiased assessment of genetic structure and differentiation of taurine and zebu cattle. BMC GENETICS, v. 15, APR 17 2014. (13/12829-0, 11/16643-2)

O'BRIEN, ANA M. PEREZ; UTSUNOMIYA, YURI T.; MESZAROS, GABOR; BICKHART, DEREK M.; LIU, GEORGE E.; VAN TASSELL, CURTIS P.; SONSTEGARD, TAD S.; DA SILVA, MARCOS V. B.; GARCIA, JOSE FERNANDO; SOELKNER, JOHANN. Assessing signatures of selection through variation in linkage disequilibrium between taurine and indicine cattle. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 46, MAR 4 2014. (10/52030-2, 11/16643-2)

SANTANA, MIGUEL H. A.; UTSUNOMIYA, YURI T.; NEVES, HAROLDO H. R.; GOMES, RODRIGO C.; GARCIA, JOSE F.; FUKUMASU, HEIDGE; SILVA, SAULO L.; OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; ALEXANDRE, PAMELA A.; LEME, PAULO R.; et al. Genome-wide association analysis of feed intake and residual feed intake in Nellore cattle. BMC GENETICS, v. 15, FEB 11 2014. (12/03551-5, 11/16643-2, 12/02039-9)

UTSUNOMIYA, YURI T.; CARMO, ADRIANA S.; NEVES, HAROLDO H. R.; CARVALHEIRO, ROBERTO; MATOS, MARCIA C.; ZAVAREZ, LUDMILLA B.; ITO, PIER K. R. K.; O'BRIEN, ANA M. PEREZ; SOELKNER, JOHANN; PORTO-NETO, LAERCIO R.; et al. Genome-Wide Mapping of Loci Explaining Variance in Scrotal Circumference in Nellore Cattle. PLoS One, v. 9, n. 2, FEB 18 2014. (10/52030-2, 11/16643-2)

BOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; DA SILVA, M. V. G. B.; SOELKNER, J.; GARCIA, J. F.. Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. LIVESTOCK SCIENCE, v. 166, p. 14-pg., 2014-08-01. (11/16643-2, 10/52030-2)

SANTANA, M. H. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; NEVES, H. H. R.; GOMES, R. C.; GARCIA, J. F.; FUKUMASU, H.; SILVA, S. L.; LEME, P. R.; COUTINHO, L. L.; ELER, J. P.; et al. Genome-wide association study for feedlot average daily gain in Nellore cattle (Bos indicus). JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 131, n. 3, p. 210-216, JUN 2014. (12/03551-5, 11/16643-2, 12/02039-9)

NEVES, HAROLDO H. R.; CARVALHEIRO, ROBERTO; PEREZ O'BRIEN, ANA M.; UTSUNOMIYA, YURI T.; DO CARMO, ADRIANA S.; SCHENKEL, FLAVIO S.; SOELKNER, JOHANN; MCEWAN, JOHN C.; VAN TASSELL, CURTIS P.; COLE, JOHN B.; et al. Accuracy of genomic predictions in Bos indicus (Nellore) cattle. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 46, FEB 27 2014. (10/52030-2, 11/16643-2, 10/06185-4)

UTSUNOMIYA, YURI T.; DO CARMO, ADRIANA S.; CARVALHEIRO, ROBERTO; NEVES, HAROLDO H. R.; MATOS, MARCIA C.; ZAVAREZ, LUDMILLA B.; O'BRIEN, ANA M. PEREZ; SOELKNER, JOHANN; MCEWAN, JOHN C.; COLE, JOHN B.; et al. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC GENETICS, v. 14, JUN 13 2013. (10/52030-2, 11/16643-2)

O'BRIEN, ANA M. PEREZ; MESZAROS, GABOR; UTSUNOMIYA, YURI T.; SONSTEGARD, TAD S.; GARCIA, J. FERNANDO; VAN TASSELL, CURTIS P.; CARVALHEIRO, ROBERTO; DA SILVA, MARCOS V. B.; SOLKNER, JOHANN. Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. LIVESTOCK SCIENCE, v. 166, p. 12-pg., 2014-08-01. (11/16643-2, 10/52030-2)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

UTSUNOMIYA, Yuri Tani. Varreduras genômicas para a detecção de loci envolvidos na biologia reprodutiva de bovinos. 2013. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista (Unesp).