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Identificação de genes regulados em resposta a carência de zinco em Caulobacter crescentus

Processo: 11/18847-4
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2012
Vigência (Término): 31 de outubro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Marilis Do Valle Marques
Beneficiário:Ricardo Ruiz Mazzon
Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Genômica funcional   Transportadores de cassetes de ligação de ATP
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:homeostase de zinco | regulacao genica em bacterias | regulon zur | transportadores ABC | Transportadores RND | Genomica funcional

Resumo

Em bactérias, o mecanismo mais comumente observado para solucionar o aparente paradoxo que surge entre a necessidade e toxicidade dos metais no metabolismo é a manutenção de genes envolvidos em captação, estocagem e efluxo destes metais. Na homeostase de zinco os mecanismos de captação, em geral, são regulados por um repressor transcricional, a proteína Zur, enquanto, genes codificantes para sistemas de efluxo são regulados por diversos ativadores transcricionais. Caulobacter crescentus, uma alfa-proteobactéria oligotrófica, possui em seu genoma um grande número de genes potencialmente envolvidos em captação e regulação da homeostase deste metal. Neste trabalho será realizada uma análise global dos genes diferencialmente expressos em resposta à limitação e excesso de zinco, através uma análise global de expressão por microarranjos de DNA. As fusões das sequências promotoras dirigindo a expressão do gene repórter lacZ serão utilizadas para a validação dos resultados obtidos via microarranjo de DNA, e para a determinação da presença de sítios de ligação da proteína Zur. A sequência consenso obtida será utilizada para uma busca in silico nas regiões intergênicas do genoma completo para encontrar novos promotores regulados por Zur que eventualmente não tenham sido identificados pelo ensaio de microarranjo de DNA. A validação destes sítios de ligação será realizada por técnicas bioquímicas in vitro e por análise da expressão destes genes numa linhagem mutante zur in vivo.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DA SILVA, CAROLINA A. P. T.; LOURENCO, ROGERIO F.; MAZZON, RICARDO R.; RIBEIRO, RODOLFO A.; MARQUES, MARILIS V.. Transcriptomic analysis of the stationary phase response regulator SpdR in Caulobacter crescentus. BMC Microbiology, v. 16, . (14/04046-8, 11/18847-4, 12/10563-0, 11/17513-5, 11/50604-4)
MAZZON, RICARDO RUIZ; BRAZ, VANIA SANTOS; DA SILVA NETO, JOSE FREIRE; MARQUES, MARILIS DO VALLE. Analysis of the Caulobacter crescentus Zur regulon reveals novel insights in zinc acquisition by TonB-dependent outer membrane proteins. BMC Genomics, v. 15, . (11/18847-4)

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