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Análise do transcriptoma de cepas de Xylella Fastidiosa isoladas de diferentes hospedeiros e busca por RNAs regulatórios

Processo: 11/24091-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de abril de 2012
Vigência (Término): 31 de março de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Aline Maria da Silva
Beneficiário:Paulo Marques Pierry
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Genômica funcional   Fitopatógenos   Doenças de plantas   Clorose variegada dos citros   Sequências reguladoras de ácido ribonucleico   Transcriptoma   Análise de sequência de RNA

Resumo

Bactérias patogênicas usam mecanismos específicos de regulação gênica para responder rapidamente a variações no ambiente normalmente hostil de seus hospedeiros. Tradicionalmente, estas regulações têm sido creditadas a atividades dos fatores de transcrição proteicos que ativam e desativam conjuntos de genes relevantes para sua sobrevivência no hospedeiro. Porém, alguns estudos recentes sugerem que RNAs não-codificantes (ncRNAs) também desempenham papel na regulação de mecanismos de patogênese bacteriana. Em nosso grupo recentemente concluímos o pirossequenciamento do genoma de seis linhagens sul-americanas do fitopatógeno Xylella fastidiosa, sendo três isoladas de citros (J1a12, U24D e Fb7) e três linhagens isoladas de ameixeira (Pr8x), cafeeiro (3124) e hibisco (Hib4). A análise comparativa dos genomas de X. fastidiosa nos permitiu associar diferenças genotípicas aos fenótipos dos distintos isolados. Neste projeto, propomos uma ampliação destes estudos através da análise do transcritoma completo destas linhagens através RNAseq. A análise completa do transcritoma irá possibilitar a descoberta de novos genes, em particular genes de ncRNAs, a definição precisa da estrutura de genes e operons e a detecção de regiões não-traduzidas, incluindo riboswitches e sítios de ligação de pequenos RNAs regulatórios (sRNAs). A expressão de alguns dos sRNAs candidatos identificados será confirmada e planejamos identificar os genes alvos da regulação pelo ncRNA identificados. A análise fenotípica das linhagens de X. fastidiosa em estudo será aprofundada através de microscopia eletrônica e de ensaios de adesão e motilidade em câmaras microfluídicas. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FEITOSA-JUNIOR, OSCIAS R.; STEFANELLO, ELIEZER; ZAINI, PAULO A.; NASCIMENTO, RAFAEL; PIERRY, PAULO M.; DANDEKAR, ABHAYA M.; LINDOW, STEVEN E.; DA SILVA, ALINE M. Proteomic and Metabolomic Analyses of Xylella fastidiosa OMV-Enriched Fractions Reveal Association with Virulence Factors and Signaling Molecules of the DSF Family. PHYTOPATHOLOGY, v. 109, n. 8, p. 1344-1353, AUG 2019. Citações Web of Science: 1.

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