| Processo: | 11/24091-0 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de abril de 2012 |
| Data de Término da vigência: | 31 de março de 2016 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular |
| Pesquisador responsável: | Aline Maria da Silva |
| Beneficiário: | Paulo Marques Pierry |
| Instituição Sede: | Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
| Assunto(s): | Genômica funcional Fitopatógenos Doenças de plantas Clorose variegada dos citros Sequências reguladoras de ácido ribonucleico Transcriptoma Análise de sequência de RNA |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Clorose variegada dos citros | Doença de Pierce | Fitopatógeno | RNAseq | sRNA | transcritoma | Genômica Funcional |
Resumo Bactérias patogênicas usam mecanismos específicos de regulação gênica para responder rapidamente a variações no ambiente normalmente hostil de seus hospedeiros. Tradicionalmente, estas regulações têm sido creditadas a atividades dos fatores de transcrição proteicos que ativam e desativam conjuntos de genes relevantes para sua sobrevivência no hospedeiro. Porém, alguns estudos recentes sugerem que RNAs não-codificantes (ncRNAs) também desempenham papel na regulação de mecanismos de patogênese bacteriana. Em nosso grupo recentemente concluímos o pirossequenciamento do genoma de seis linhagens sul-americanas do fitopatógeno Xylella fastidiosa, sendo três isoladas de citros (J1a12, U24D e Fb7) e três linhagens isoladas de ameixeira (Pr8x), cafeeiro (3124) e hibisco (Hib4). A análise comparativa dos genomas de X. fastidiosa nos permitiu associar diferenças genotípicas aos fenótipos dos distintos isolados. Neste projeto, propomos uma ampliação destes estudos através da análise do transcritoma completo destas linhagens através RNAseq. A análise completa do transcritoma irá possibilitar a descoberta de novos genes, em particular genes de ncRNAs, a definição precisa da estrutura de genes e operons e a detecção de regiões não-traduzidas, incluindo riboswitches e sítios de ligação de pequenos RNAs regulatórios (sRNAs). A expressão de alguns dos sRNAs candidatos identificados será confirmada e planejamos identificar os genes alvos da regulação pelo ncRNA identificados. A análise fenotípica das linhagens de X. fastidiosa em estudo será aprofundada através de microscopia eletrônica e de ensaios de adesão e motilidade em câmaras microfluídicas. (AU) | |
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