Análise do transcriptoma de cepas de Xylella Fastidiosa isoladas de diferentes hospedeiros e busca por RNAs regulatórios

• Processo: 11/24091-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de abril de 2012
• Vigência (Término): 31 de março de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Aline Maria da Silva
• Beneficiário: Paulo Marques Pierry
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Genômica funcional Fitopatógenos Doenças de plantas Clorose variegada dos citros Sequências reguladoras de ácido ribonucleico Transcriptoma Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Clorose variegada dos citros | Doença de Pierce | Fitopatógeno | RNAseq | sRNA | transcritoma | Genômica Funcional

Resumo

Bactérias patogênicas usam mecanismos específicos de regulação gênica para responder rapidamente a variações no ambiente normalmente hostil de seus hospedeiros. Tradicionalmente, estas regulações têm sido creditadas a atividades dos fatores de transcrição proteicos que ativam e desativam conjuntos de genes relevantes para sua sobrevivência no hospedeiro. Porém, alguns estudos recentes sugerem que RNAs não-codificantes (ncRNAs) também desempenham papel na regulação de mecanismos de patogênese bacteriana. Em nosso grupo recentemente concluímos o pirossequenciamento do genoma de seis linhagens sul-americanas do fitopatógeno Xylella fastidiosa, sendo três isoladas de citros (J1a12, U24D e Fb7) e três linhagens isoladas de ameixeira (Pr8x), cafeeiro (3124) e hibisco (Hib4). A análise comparativa dos genomas de X. fastidiosa nos permitiu associar diferenças genotípicas aos fenótipos dos distintos isolados. Neste projeto, propomos uma ampliação destes estudos através da análise do transcritoma completo destas linhagens através RNAseq. A análise completa do transcritoma irá possibilitar a descoberta de novos genes, em particular genes de ncRNAs, a definição precisa da estrutura de genes e operons e a detecção de regiões não-traduzidas, incluindo riboswitches e sítios de ligação de pequenos RNAs regulatórios (sRNAs). A expressão de alguns dos sRNAs candidatos identificados será confirmada e planejamos identificar os genes alvos da regulação pelo ncRNA identificados. A análise fenotípica das linhagens de X. fastidiosa em estudo será aprofundada através de microscopia eletrônica e de ensaios de adesão e motilidade em câmaras microfluídicas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FEITOSA-JUNIOR, OSCIAS R.; STEFANELLO, ELIEZER; ZAINI, PAULO A.; NASCIMENTO, RAFAEL; PIERRY, PAULO M.; DANDEKAR, ABHAYA M.; LINDOW, STEVEN E.; DA SILVA, ALINE M.. Proteomic and Metabolomic Analyses of Xylella fastidiosa OMV-Enriched Fractions Reveal Association with Virulence Factors and Signaling Molecules of the DSF Family. PHYTOPATHOLOGY, v. 109, n. 8, p. 1344-1353, AUG 2019. (11/24091-0, 08/11703-4)

FEITOSA-JUNIOR, OSEIAS R.; SOUZA, ANA PAULA S.; ZAINI, PAULO A.; BACCARI, CLELIA; IONESCU, MICHAEL; PIERRY, PAULO M.; UCEDA-CAMPOS, GUILLERMO; LABROUSSAA, FABIEN; ALMEIDA, RODRIGO P. P.; LINDOW, STEVEN E.; et al. The XadA Trimeric Autotransporter Adhesins in Xylella fastidiosa Differentially Contribute to Cell Aggregation, Biofilm Formation, Insect Transmission and Virulence to Plants. MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS, v. 35, n. 9, p. 10-pg., 2022-09-01. (11/09409-3, 11/24091-0, 14/03617-1, 10/16409-7, 08/11703-4)

DE SOUZA, JESSICA BRITO; ALMEIDA-SOUZA, HEBREIA OLIVEIRA; ZAINI, PAULO ADRIANO; ALVES, MONICA NELI; DE SOUZA, ALINE GOMES; PIERRY, PAULO MARQUES; DA SILVA, ALINE MARIA; GOULART, LUIZ RICARDO; DANDEKAR, ABHAYA M.; NASCIMENTO, RAFAEL. Xylella fastidiosasubsp.paucaStrains Fb7 and 9a5c from Citrus Display Differential Behavior, Secretome, and Plant Virulence. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 21, n. 18, SEP 2020. (11/24091-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

PIERRY, Paulo Marques. Transcritômica comparativa de cepas de Xylella fastidiosa. 2017. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.