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Cariótipo molecular e evolução cromossômica em Trypanosoma cruzi: polimorfismo, análise sintênica e aneuploidia entre isolados de diferentes linhagens de T. cruzi e entre clones isolados de uma mesma cepa

Processo: 12/03137-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2012
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
Pesquisador responsável:José Franco da Silveira Filho
Beneficiário:Danielle Rodrigues Cortez Maldonado
Instituição-sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Sintenia   Cromossomos   Evolução cromossômica   Genômica estrutural   Aneuploidia   Trypanosoma cruzi

Resumo

Trypanosoma cruzi compreende um conjunto de populações distinto em termos de conteúdo de DNA, perfil de isoenzimas, crescimento e infectividade. Tem sido relatada a existência de heterogeneidade cariotípica entre diferentes cepas e entre isolados de uma mesma cepa parental, sugerindo que rearranjos cromossômicos ocorreram durante a evolução do parasita. O genoma de T. cruzi foi sequenciado de um isolado híbrido (CL Brener). Entretanto, devido a alta variação alélica e a natureza repetitiva do genoma, a sequência linear completa dos cromossomos não pôde ser determinada. Por esta razão, a determinação dos cromossomos e a ploidia são importantes para definir a organização genômica do parasita. T. cruzi é geralmente considerado um organismo diplóide, embora a ocorrência de aneuploidia cromossômica tenha sido observada por hibridização genômica comparativa (aCGH) em microarranjos de DNA. Tem sido sugerido que polimorfismos cromossômicos poderiam fazer parte do arsenal usado pelo parasita para responder a pressão ambiental.Neste projeto, propomos investigar o polimorfismo, sintenia e aneuploidia cromossômica entre isolados de diferentes linhagens e clones de uma mesma cepa parental pela combinação de duas abordagens: 1) comparação do cariótipo molecular - identificação de rearranjos cromossômicos por hibridização das bandas cromossômicas separadas por eletroforese de campo pulsado (PFGE) com marcadores cromossomos-específicos; e 2) hibridização genômica comparativa (aCGH). A análise do cariótipo e hibridização com marcadores específicos fornece dados sobre a sintenia e a ocorrência de rearranjos cromossômicos (deleção, duplicação e translocação). A técnica de aCGH é capaz de detectar perda, ganho e amplificação do número de cópias de genes nos cromossomos de uma população celular. Utilizaremos clones derivados de uma única célula de sua cepa parental: clone D11, isolado da cepa G (linhagem TcI), clone TCC2177 clone 4.2 derivado da cepa TCC2177 (TcIII) e clone TCC2124 Clone 1- T. cruzi can III isolado da cepa canIII. Em estudos preliminares, nós demonstramos que os cariótipos destes clones diferem do cariótipo de suas respectivas cepas parentais tanto em número quanto em tamanho das bandas cromossômicas. Procuraremos por mosaicismo cromossômico como uma característica constitutiva de T. cruzi, tal como foi descrito em Leishmania.